Seasonal microbial ribotype shifts in the sulfurous karstic lakes Cisó and Vilar, in northeastern Spain / Cambios estacionales en los ribotipos microbianos en los lagos cársticos y sulfurosos Cisó y Vilar, en el nordeste de España

ABSTRACT

Spatio-temporal changes in two sulfurous lakes from the karstic area of Banyoles (Girona, Spain), holomictic lake Cisó and meromictic lake Vilar, were studied over one year. Samples were collected at different depths from the two lakes on the same days, during each of the four seasons, and several physico-chemical variables (temperature, light, pH, conductivity, sulfide, oxygen concentration, pigment concentrations, etc.) were measured. To fingerprint bacterial populations from each sample, DNA was extracted, bacterial 16S rRNA genes were amplified by PCR, and restriction fragment length polymorphism (RFLP) analyses of the total bacterial 16S rDNAs were performed. Each 16S rDNA pool was independently digested with three restriction endonucleases (AluI, HinfI, and RsaI) and separated electrophoretically. More restriction fragments were obtained from the Lake Vilar samples than from the Lake Cisó samples. Moreover, intrasample and intersample differences were observed in each lake. RFLP patterns were compared by scoring similarities using the Jaccard coefficient and then building a multidimensional scaling (MDS) map from the resulting similarities matrix. In both lakes, results indicated that seasonality was mostly responsible for the observed fluctuations in the RFLP patterns, while the effect of stratification was less pronounced (AU)

RESUMEN

Se estudió a lo largo de un año el cambio espacio-temporal que se produjo en dos lagos sulfurosos de la zona cárstica de Banyoles (Girona, España), el lago Cisó, holomíctico, y el Lago Vilar, meromíctico. Se tomaron muestras a diferentes profundidades en los dos lagos los mismos días durante las cuatro estaciones y se midieron algunas variables fisicoquímicas (temperatura, luz, pH, conductividad, sulfuro, concentraciones de oxígeno y de pigmentos, etc.). Para obtener la impronta genética de las poblaciones bacterianas de cada muestra, se extrajo el DNA, se amplificaron los genesdel 16S rRNA mediante PCR y se analizó el polimorfismo en la longitud de los fragmentos de restricción (RFLP) del total de 16S rDNA bacteriano. Los diferentes conjuntos de 16S rDNA bacteriano fueron digeridos de manera independiente con tres endonucleasas de restricción (AluI, HinfI, y RsaI) y separados por electroforesis. Se obtuvieron más fragmentos de restricción de las muestras del lago Vilar que del Cisó. Además, en cada lago se observaron también diferencias dentro de cada muestra y entre las diferentes muestras. Luego se compararon los patrones de RFLP puntuando las similitudes mediante el coeficiente Jaccard y la creación un mapa de escalamiento multidimensional (MDS) a partir de la matriz de similitudes resultante. Los resultados indicaron que la estacionalidad era la principal causa de las fluctuaciones observadas en los patrones de RFLP en ambos lagos, mientras que el efecto de la estratificación era menos pronunciado (AU)