Efecto de la fijación en la calidad del ADN: estudio controlado con cinco fijadores / Effect of fixation on DNA quality: controlled study with five fixatives

RESUMEN

Antecedentes Los tejidos fijados y embebidos en parafina son una fuente importante de material para diagnóstico e investigación. La amplificación de ADN desde este tipo de tejidos, mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR), es afectada por el tipo de fijador y los tiempos de fijación empleados. Para determinar el parámetro que mejor se adecue a las condiciones de trabajo de nuestro laboratorio de Patología Molecular, evaluamos el efecto de cinco fijadores sobre la calidad del ADN bajo condiciones controladas. Material y Método: Muestras de mucosa gástrica fueron fijadas, embebidas en parafina y luego procesadas para extracción de ADN empleando un protocolo basado en digestión con proteinasa K. La calidad del ADN se evaluó mediante amplificación de tres fragmentos del gen β-globina (268, 536 y 989 pb). Resultados: No observamos mayores diferencias entre fijadores ni tiempos de fijación en la amplificación de ADN de 268 y 536 pb. No obstante, la amplificación del fragmento mayor (981 pb) se vio alterada al aumentar el tiempo de fijación, a excepción de aquellas muestras fijadas en etanol 70% que presentaron una banda de similar intensidad a la obtenida para muestras control (tejido fresco congelado). Conclusiones: Estos resultados nos proporcionan una pauta para el diseño de experimentos de acuerdo a la calidad del material archivado, optimizando recursos humanos e insumos

ABSTRACT

Background: Fixed and paraffin-embedded tissues from pathological archives are an important source for research. DNA amplification by polymerase chain reaction (PCR) from those materials is affected by fixatives and fixation time. In order to determine the best condition for our laboratory work, we evaluated the effect of five different fixatives on DNA quality under controlled conditions. Material and Method: Gastric mucosa samples from two patients were fixed, embedded in paraffin and then processed for DNA extraction using a routine method based on proteinase K digestion. DNA quality was evaluated by amplifying three Beta-globin gene fragments (268, 536 and 989 bp). Results: We did not observe major differences among fixatives nor fixation times for 268 and 536 bp fragments but the amplification of the greatest fragment was altered by increasing the fixation time, by excepting those samples fixed in 70% ethanol which present a similar band intensity than control samples (snap-frozen tissue). Conclusions: These results give us a good guideline to design experiments considering the quality of our archival material: