Progreso en el conocimiento de la microbiota intestinal humana / Progress in the knowledge of the intestinal human microbiota

RESUMEN

La aparición de nuevas técnicas de secuenciación así como el desarrollo de herramientas bioinformáticas han permitido no sólo describir la composición de la comunidad bacteriana que habita el tracto gastrointestinal, sino también las funciones metabólicas de las que proveen al huésped. La mayoría de los miembros de esta amplia comunidad bacteriana pertenecen a Dominio Bacteria, aunque encontramos también Archaea y formas eucariotas y virus. Únicamente entre 7 y 9 de las 55 Phyla del Dominio Bacteria conocidos están presentes en flora fecal humana. Su mayoría pertenecen además a las Divisiones Bacteroidetes and Firmicutes, encontrando también Proteobacteria, Actinobacteria, Fusobacteria y Verrucomicrobia. Bacteroides, Faecalibacterium y Bifidobacterium son los Géneros más abundantes aunque su abundancia relativa es muy variable entre individuos. El análisis metagenómico de la flora intestinal ha permitido describir una colección de 5 millones de genes microbianos que codifican para aproximadamente 20.000 funciones biológicas relacionadas con la vida de las bacterias. El ecosistema intestinal humano puede clasificarse en torno a tres grupos de acuerdo a la abundancia relativa de tres Géneros Bacteroides (enterotipo 1), Prevotella (enterotipo 2) y Ruminococcus (enterotype 3). Estos grupos han sido denominados «enterotipos» y su descripción sugiere que las variaciones entre individuos están estratificadas. Una vez descrita la composición bacteriana sería interesante establecer la relación entre la alteración de equilibrios ecológicos con estados de enfermedad que puedan desembocar en una novedosa vía terapéutica (AU)

ABSTRACT

New sequencing technologies together with the development of bio-informatics allow a description of the full spectrum of the microbial communities that inhabit the human intestinal tract, as well as their functional contributions to host health. Most community members belong to the domain Bacteria, but Archaea, Eukaryotes (yeasts and protists), and Viruses are also present. Only 7 to 9 of the 55 known divisions or phyla of the domain Bacteria are detected in faecal or mucosal samples from the human gut. Most taxa belong to just two divisions Bacteroidetes and Firmicutes, and the other divisions that have been consistently found are Proteobacteria, Actinobacteria, Fusobacteria, and Verrucomicrobia. Bacteroides, Faecalibacterium and Bifidobacterium are the most abundant genera but their relative proportion is highly variable across individuals. Full metagenomic analysis has identified more than 5 million non-redundant microbial genes encoding up to 20,000 biological functions related with life in the intestinal habitat. The overall structure of predominant genera in the human gut can be assigned into three robust clusters, which are known as "enterotypes". Each of the three enterotypes is identifiable by the levels of one of three genera Bacteroides (enterotype 1), Prevotella (enterotype 2) and Ruminococcus (enterotype 3). This suggests that microbiota variations across individuals are stratified, not continuous. Next steps include the identification of changes that may play a role in certain disease states. A better knowledge of the contributions of microbial symbionts to host health will help in the design of interventions to improve symbiosis and combat disease (AU)