Diagnóstico microbiológico de las infecciones por Chlamydia spp. y especies relacionadas / Microbiological diagnosis of infections due to Chlamydia spp. and related species

RESUMEN

Hasta fechas muy recientes eran muy pocos los genomas de Chlamydia trachomatis disponibles, a pesar de su importancia en salud pública. Actualmente se están secuenciando 66 genomas completos de C. trachomatis. Esta revolución genómica está permitiendo comprender su biología, mejorar la sensibilidad y especificidad en el diagnóstico o desarrollar herramientas epidemiológicas no solo de C. trachomatis sino también de especies relacionadas, como C. pneumoniae o C. psittaci. El diagnóstico basado en cultivo celular, serología o microinmunofluorescencia está siendo progresivamente sustituido por técnicas de amplificación de ácidos nucleicos, al superarse los inconvenientes de escaso rendimiento o reacciones cruzadas y mejorar la estandarización entre laboratorios. Por otra parte, el desarrollo de técnicas de tipificación (MLST y VNTR) aplicadas a Chlamydiae ha aumentado el conocimiento de la epidemiología local y global aportando información sobre cómo esas bacterias evolucionan, causan brotes o adquieren mecanismos de resistencia. Esta revisión se centra en los grandes avances alcanzados en el conocimiento de las diferentes especies de Chlamydia, en parte debido a la innovación tecnológica aplicada a la genómica como una aproximación para explicar la revolución que, tanto en el diagnóstico como en su epidemiología, se ha observado en este grupo de bacterias en los últimos años

ABSTRACT

Until recently the number of completed genomes belonging to Chlamydia trachomatis was very low, despite its importance in Public Health. Now, there are currently sixty-six completed genomes of C. trachomatis sequenced in different parts of the world. This genomic revolution has helped in understanding its biology, as well as improved the sensitivity and specificity in the diagnosis, and the development of epidemiological tools, not only for in C. trachomatis, but also for related species such as C. pneumonia and C. psittaci. The diagnosis based on cell culture, serology and microimmunofluorescence is gradually being replaced by molecular techniques based on PCR or real-time PCR. This is because these molecular tests do not have cross-reactions problems and the procedures are easily standardised between laboratories. Moreover, molecular epidemiology tools described recently, such as Multi-Locus Sequence Typing(MLST) and Variable Number Tandem Repeat (VNTR), have increased our knowledge on local and global epidemiology. This article focuses on the impact of the genomics advances achieved over the last few years as applied to the diagnosis, epidemiology and biology of the family Chlamydiaceae family and related species