The urogenital microbiome in chronic kidney disease patients on peritoneal dialysis / El microbioma urogenital en pacientes con enfermedad renal crónica en diálisis peritoneal

ABSTRACT

Introduction and objectives: Diabetes, dyslipidemia, older age, gender, urinary tract infections, and recent antibiotic intake have been associated with a decrease in the urobiome richness and other fluctuations in this microbiome. Gut and blood microbiome have been reported to be altered in patients with chronic kidney disease (CKD), and specifically in peritoneal dialysis (PD) patients. Still, there are currently no studies describing the urogenital microbiome in CKD-PD patients. In this study we characterized the urobiome profile in 46 PD patients and analyzed its clinical and inflammatory parameters. Materials and methods: Mid-stream urine, fecal and blood samples were collected from 46 patients undergoing PD at Centro Hospitalar Universitário de São João (CHUSJ) in Porto, Portugal. Exclusion criteria were age under 18 years old, inability to give informed consent, history of infection in the last three months, and antibiotic intake in the last three months. The microbiome communities were analyzed by amplification and sequencing of the V3–V4 region of the bacterial 16S rRNA gene. Correlations with the patients’ clinical data and inflammatory profile were performed. Results: CKD-PD patients presented a unique urobiome profile dominated by Bacillota, Actinomycetota and Pseudomonadota and characterized by a lower Shannon diversity than fecal and blood microbiome. The taxonomic profiles of urogenital samples were organized in multiple subtypes dominated by populations of Lactobacillus, Staphylococcus, Streptococcus, Gardnerella, Prevotella, Escherichia-Shigella, being similar to other non-PD-CKD patients. Gender, sCD14, residual diuresis and history of peritonitis were significantly associated to variations in the urobiome. Although not reaching statistical significance, diabetes and the time on PD also showed association with particular taxonomic groups... (AU)

RESUMEN

Introducción y objetivos: Diabetes, dislipemia, edad avanzada, género, infecciones del tracto urinario y toma reciente de antibióticos, entre otras, se han asociado a una disminución en la riqueza del urobioma y a otras fluctuaciones de dicho microbioma.Recientemente, se han descrito alteraciones en losmicrobiomas intestinal y en sangreen pacientes con enfermedad renal crónica (ERC) y, específicamente, en pacientes en diálisis peritoneal (DP).A pesar de ello, aún no existen estudios que describan el microbioma urogenital en pacientes en DP. En el presente trabajo, caracterizamos el urobioma en 46 pacientes en DP. Pacientes y métodos: Se recogieron muestras de orina (micción espontánea), heces y sangre de 46 pacientes en DP del Centro HospitalarUniversitário de São João en Oporto, Portugal. Los criterios de exclusión fueron edad menor a 18 años, incapacidad para entenderel consentimiento informado, e historia de infección y toma de antibióticos en los últimos 3 meses. Las comunidades microbiológicas fueron analizadas por amplificación y secuenciación de las regiones V3-V4 del 16S rRNA bacteriano. Se realizaron correlaciones con los datos clínicos y el perfil inflamatorio de los pacientes. Resultados: Los pacientes en DP presentaron un urobioma único dominado por Bacillota, Actinomycetota yPseudomonadota, y caracterizado por una menor diversidad de Shannon que los microbiomas en sangre e intestinal. Los perfiles taxonómicos de las muestras urogenitales se organizaron en múltiples subtipos dominados por poblaciones de Lactobacillus, Staphylococcus, Streptococcus, Gardnerella, Prevotella, Escherichia-Shigella, siendo similar al descrito para otros pacientes con ERC no en DP.Género, factor sCD14, diuresis residual yantecedentes de peritonitis se asociaron de forma significativa a cambios en el urobioma... (AU)