Estudio de la desregulación de los transposones en el carcinoma epidermoide, el adenocarcinoma y el carcinoma microcítico de pulmón: en busca de nuevos biomarcadores / Study on the deregulation of transposons in squamous cell carcinoma, adenocarcinoma and small cell carcinoma of the lung: in search of new biomarkers

RESUMEN

OBJETIVO: Determinar si existen biomarcadores entre los transposones, tanto para diagnóstico como pronóstico de adenocarcinoma, carcinoma epidermoide y carcinoma microcítico de pulmón, así como valorar diferencias y similitudes entre estos tres tipos histológicos. MATERIAL Y MÉTODOS: Se ha secuenciado el RNA total del tejido tumoral y sano adyacente de muestras de adenocarcinoma y carcinoma epidermoide de dieciséis pacientes intervenidos en el Hospital Regional de Málaga. En el caso del carcinoma microcítico, se han utilizado pacientes externos cuyos datos proceden de los repositorios genómicos disponibles para la comunidad científica. Esas secuencias se han analizado con un flujo de trabajo bioinformático específico que conlleva varios pasos 1º) Preprocesar las lecturas, 2º) Mapearlas sobre el genoma humano de referencia, 3º) Determinar la expresión de los transposones en cada una de las muestras, y 4º) Calcular su expresión diferencial entre el tejido sano y el tumoral de cada paciente. RESULTADOS: En un primer paso, hemos analizado los transposones con expresión diferencial en cada uno de los tipos histológicos estudiados por separado. El análisis del adenocarcinoma, carcinoma microcítico y carcinoma epidermoide de pulmón ha dado como resultado un total de 7, 72 y 12 transposones diferencialmente expresados (TDE), respectivamente. Hemos encontrado transposones comunes a los tres tipos histológicos y otros cuyo comportamiento es específico en cada uno de ellos. CONCLUSIONES: Los transposones se reprograman específicamente cuando una célula normal del pulmón se vuelve cancerosa. Esta reprogramación es una fuente de biomarcadores que podría ayudar al diagnóstico precoz del cáncer

ABSTRACT

OBJECTIVE: To determine whether biomarkers exist among transposons for both the diagnosis and prognosis of adenocarcinoma, squamous cell carcinoma and small cell carcinoma of the lung, as well as to evaluate differences and similarities between these three histological types. MATERIAL AND METHODS: The total RNA was sequenced for the tumor tissue and adjacent healthy tissue in adenocarcinoma and squamous cell carcinoma samples from sixteen patients being treated at the Hospital Regional de Málaga. In the case of small cell carcinoma, external patients were used whose data came from genomic repositories available to the scientific community. These sequences were analyzed with a specific bioinformatic workflow which includes several steps: 1) Pre-process readings, 2) Map them on the reference human genome, 3) Determine transposon expression in each of the samples, and 4) Calculate the differential expression between the healthy and tumor tissue in each patient. RESULTS: In the first step, we analyzed the transposons with differential expression in each of the histological types studied separately. The analysis of adenocarcinoma, small cell carcinoma and squamous cell carcinoma of the lung has resulted in a total of 7, 72 and 12 differentially expressed transposons, respectively. We found transposons common to all three histological types and others whose behavior is specific to each type. CONCLUSIONS: Transposons are specifically reprogrammed when a normal lung cell becomes cancerous. This reprogramming is a source of biomarkers that could help with the early diagnosis of cancer