Comparação filogenética de seqüências de genes e espécies aplicada à análise de receptores acoplados à proteína-G / Phylogenetic comparison of gene amd species sequences applied to the analisys of G-protein coupled receptors

RESUMO

A maioria dos métodos utilizados para a predição de função de proteínas a partir de sua estrutura primária são baseados na similaridade com seqüências com função conhecida. No entanto, esta abordagem não considera a ocorrência de duplicação gênica (paralogia) ou evolução convergente de genes. Nesta tese, foi desenvolvido um programa para a análise de proteínas correlacionadas que compartilham um domínio comum. Este programa leva em consideração a história evolucionária dos genes sendo analisados, resultando numa anotação mais confiável de proteínas com funções desconhecidas. 0 Phylogenetic Genome Annotator (PGA) é um programa de computador que permite a comparação em tempo real entre árvores filogenéticas de genes e de espécies. Utilizando proteínas preditas a partir de regiões codificadoras em genomas completos e proteínas conhecidas que contenham um domínio protéico comum ao das seqüências preditas, é inferida a árvore dos genes. A filogenia das espécies é predita a partir de dados de RNA ribossômico. Seqüências com domínios protéicos correlacionados, definidos pela PFAM, são apresentados lado a lado com a filogenia das espécies correspondentes. 0 suporte estatístico para o agrupamento de genes é dado através do método dos quartetos. Esta análise permite identificar prontamente as proteínas originadas através de duplicação de genes e a predição de possíveis divergências funcionais em grupos de seqüências similares. A ferramenta foi testada em três diferentes classes da super-família de receptores acoplados à proteína-G