Diseño de un sistema de PCR para la detección del virus del papiloma humano mediante el uso de oligonucleótidos degenerados de la región E6 / Desing of PCR system for detection of human papilloma virus by using degenerate oligonucleotides of the E6 region

RESUMEN

Diseñar y estandarizar un sistema de PCR para detectar un amplio espectro de tipos de VPH en una sola reacción utilizando como blanco la región E6 del genoma viral. Utilizando secuencias del gen E6 de distintos tipos de VPH del NCBI y las herramientas informáticas Mult Alin versión 5.4.1. y Oligo Analyzer 1.1.2 se diseñaron oligonucleótidos degenerados que permitían la amplificación de un fragmento de aproximadamente 214 pb. Las muestras seleccionadas incluyen: 25 muestras de ADN, cada una positiva para un solo tipo de VPH tipificados por el sistema PCR-RFLP MY11/MY09 del gen L1. Se obtuvieron amplificados de aproximadamente 214 pb de 25 tipos distintos de VPH, se detectaron amplificados de E6 en muestras negativas para el sistema MY09/MY11. Se pudo determinar que el diseño de los oligonucleótidos degenerados fue altamente eficiente para la amplificación de por lo menos 25 tipos distintos de VPH lo que facilitaría la detección en muestras clínicas

ABSTRACT

Design and standardize a PCR system to detect a broad spectrum of HPV types in a single reaction using target the E6 region of the viral genome. Using E6 gene sequences of different HPV types and NCBI tools Mult Alin Oligo Analyzer version 1.1.2 5.4.1. Degenerate oligonucleotides were designed that allowed amplification of a fragment of approximately 214 bp. Selected samples include: 25 DNA samples, each positive for a single HPV type typified by PCR-RFLP system MY11/MY09 L1 gene. We obtained approximately 214 bp amplified from 25 different HPV types were detected in samples amplified from E6 negative MY09/MY11 system. It was determined that the design of degenerate oligonucleotides was highly efficient for amplification of at least 25 different HPV types which would facilitate detection in clinical samples