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Protein disorder is positively correlated with gene expression in Escherichia coli.
Paliy, Oleg; Gargac, Shawn M; Cheng, Yugong; Uversky, Vladimir N; Dunker, A Keith.
Afiliação
  • Paliy O; Department of Biochemistry and Molecular Biology, Wright State University, Dayton, Ohio 45435, USA. oleg.paliy@wright.edu
J Proteome Res ; 7(6): 2234-45, 2008 Jun.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-18465893
ABSTRACT
We considered, on a global scale, the relationship between the predicted fraction of protein disorder and the RNA and protein expression in Escherichia coli. Fraction of protein disorder correlated positively with both measured RNA expression levels of E. coli genes in three different growth media and with predicted abundance levels of E. coli proteins. Though weak, the correlation was highly significant. Correlation of protein disorder with RNA expression did not depend on the growth rate of E. coli cultures and was not caused by a small subset of genes showing exceptionally high concordance in their disorder and expression levels. Global analysis was complemented by detailed consideration of several groups of proteins.
Assuntos
Proteínas de Escherichia coli/genética; Escherichia coli/genética; Perfilação da Expressão Gênica; Regulação Bacteriana da Expressão Gênica; Acetil-CoA Carboxilase/química; Acetil-CoA Carboxilase/genética; Acetil-CoA Carboxilase/metabolismo; Proteína de Transporte de Acila/química; Proteína de Transporte de Acila/genética; Proteína de Transporte de Acila/metabolismo; Aciltransferases/química; Aciltransferases/genética; Aciltransferases/metabolismo; Apoproteínas/química; Apoproteínas/genética; Apoproteínas/metabolismo; Proteínas da Membrana Bacteriana Externa/química; Proteínas da Membrana Bacteriana Externa/genética; Proteínas da Membrana Bacteriana Externa/metabolismo; Proteínas de Bactérias/química; Proteínas de Bactérias/genética; Proteínas de Bactérias/metabolismo; ATPases Bacterianas Próton-Translocadoras/química; ATPases Bacterianas Próton-Translocadoras/genética; ATPases Bacterianas Próton-Translocadoras/metabolismo; Proteínas de Transporte/química; Proteínas de Transporte/genética; Proteínas de Transporte/metabolismo; Chaperonina 10/química; Chaperonina 10/genética; Chaperonina 10/metabolismo; Meios de Cultura/farmacologia; Proteínas de Ligação a DNA/química; Proteínas de Ligação a DNA/genética; Proteínas de Ligação a DNA/metabolismo; RNA Polimerases Dirigidas por DNA/química; RNA Polimerases Dirigidas por DNA/genética; RNA Polimerases Dirigidas por DNA/metabolismo; Di-Hidrolipoil-Lisina-Resíduo Acetiltransferase/química; Di-Hidrolipoil-Lisina-Resíduo Acetiltransferase/genética; Di-Hidrolipoil-Lisina-Resíduo Acetiltransferase/metabolismo; Escherichia coli/efeitos dos fármacos; Escherichia coli/metabolismo; Proteínas de Escherichia coli/química; Proteínas de Escherichia coli/metabolismo; Ácido Graxo Sintase Tipo II; Proteína H do Complexo Glicina Descarboxilase/química; Proteína H do Complexo Glicina Descarboxilase/genética; Proteína H do Complexo Glicina Descarboxilase/metabolismo; Lipoproteínas/química; Lipoproteínas/genética; Lipoproteínas/metabolismo; Chaperonas Moleculares/química; Chaperonas Moleculares/genética

Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Regulação Bacteriana da Expressão Gênica / Perfilação da Expressão Gênica / Proteínas de Escherichia coli / Escherichia coli Tipo de estudo: Prognostic_studies Idioma: En Revista: J Proteome Res Assunto da revista: BIOQUIMICA Ano de publicação: 2008 Tipo de documento: Article País de afiliação: Estados Unidos

Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Regulação Bacteriana da Expressão Gênica / Perfilação da Expressão Gênica / Proteínas de Escherichia coli / Escherichia coli Tipo de estudo: Prognostic_studies Idioma: En Revista: J Proteome Res Assunto da revista: BIOQUIMICA Ano de publicação: 2008 Tipo de documento: Article País de afiliação: Estados Unidos
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