How accurately do force fields represent protein side chain ensembles?

Petrovic, Dusan; Wang, Xue; Strodel, Birgit

Petrovic, Dusan; Wang, Xue; Strodel, Birgit.

Afiliação

Petrovic D; Institute of Complex Systems, Structural Biochemistry, Forschungszentrum Jülich, Jülich, 52425, Germany.
Wang X; Department of Cell and Molecular Biology, Uppsala University, BMC Box 596, Uppsala, 751 24, Sweden.
Strodel B; Institute of Complex Systems, Structural Biochemistry, Forschungszentrum Jülich, Jülich, 52425, Germany.

Proteins ; 86(9): 935-944, 2018 09.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-29790608

Assuntos

Antígenos Glicosídicos Associados a Tumores/química; Ubiquitina/química; Simulação de Dinâmica Molecular; Ligação Proteica; Conformação Proteica; Multimerização Proteica; Teoria Quântica

Palavras-chave

AMBER; CHARMM; GROMOS; OPLS; force field benchmark; molecular dynamics; molecular mechanics; side-chain rotamer

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Antígenos Glicosídicos Associados a Tumores / Ubiquitina Tipo de estudo: Prognostic_studies Idioma: En Revista: Proteins Assunto da revista: BIOQUIMICA Ano de publicação: 2018 Tipo de documento: Article País de afiliação: Alemanha País de publicação: Estados Unidos

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