An integrated analysis of mRNA and sRNA transcriptional profiles in Coffea arabica L. roots: insights on nitrogen starvation responses.

Dos Santos, Tiago Benedito; Soares, João D M; Lima, Joni E; Silva, Juliana C; Ivamoto, Suzana T; Baba, Viviane Y; Souza, Silvia G H; Lorenzetti, Alan P R; Paschoal, Alexandre R; Meda, Anderson R; Nishiyama Júnior, Milton Y; de Oliveira, Úrsula C; Mokochinski, João B; Guyot, Romain; Junqueira-de-Azevedo, Inácio L M; Figueira, Antônio V O; Mazzafera, Paulo; Júnior, Osvaldo R; Vieira, Luiz G E; Pereira, Luiz F P; Domingues, Douglas S

Dos Santos, Tiago Benedito; Soares, João D M; Lima, Joni E; Silva, Juliana C; Ivamoto, Suzana T; Baba, Viviane Y; Souza, Silvia G H; Lorenzetti, Alan P R; Paschoal, Alexandre R; Meda, Anderson R; Nishiyama Júnior, Milton Y; de Oliveira, Úrsula C; Mokochinski, João B; Guyot, Romain; Junqueira-de-Azevedo, Inácio L M; Figueira, Antônio V O; Mazzafera, Paulo; Júnior, Osvaldo R; Vieira, Luiz G E; Pereira, Luiz F P; Domingues, Douglas S.

Afiliação

Dos Santos TB; Laboratório de Biotecnologia Vegetal, Instituto Agronômico do Paraná, Londrina, 86047-902, Brazil. tiagobio02@yahoo.com.br.
Soares JDM; Universidade do Oeste Paulista, Rodovia Raposo Tavares Km 572, Presidente Prudente, 19067-175, Brazil. tiagobio02@yahoo.com.br.
Lima JE; Laboratório de Biotecnologia Vegetal, Instituto Agronômico do Paraná, Londrina, 86047-902, Brazil.
Silva JC; Centro de Energia Nuclear na Agricultura, Universidade de São Paulo, Piracicaba, 13400-970, Brazil.
Ivamoto ST; Departamento de Botânica, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, 31270-901, Brazil.
Baba VY; Laboratório de Biotecnologia Vegetal, Instituto Agronômico do Paraná, Londrina, 86047-902, Brazil.
Souza SGH; Programa de pós-graduação em Bioinformática, Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Cornélio Procópio, 86300-000, Brazil.
Lorenzetti APR; Laboratório de Biotecnologia Vegetal, Instituto Agronômico do Paraná, Londrina, 86047-902, Brazil.
Paschoal AR; Departamento de Botânica, Instituto de Biociências de Rio Claro, Universidade Estadual Paulista, Rio Claro, 13506-900, Brazil.
Meda AR; Laboratório de Biotecnologia Vegetal, Instituto Agronômico do Paraná, Londrina, 86047-902, Brazil.
Nishiyama Júnior MY; Laboratório de Biologia Molecular, Universidade Paranaense, Umuarama, 87502-210, Brazil.
de Oliveira ÚC; Programa de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecular, Universidade Estadual de Londrina, Londrina, 86057-970, Brazil.
Mokochinski JB; Programa de pós-graduação em Bioinformática, Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Cornélio Procópio, 86300-000, Brazil.
Guyot R; Laboratório de Biotecnologia Vegetal, Instituto Agronômico do Paraná, Londrina, 86047-902, Brazil.
Junqueira-de-Azevedo ILM; Laboratório Especial de Toxinologia Aplicada, Instituto Butantan, São Paulo, 05503-900, Brazil.
Figueira AVO; Laboratório Especial de Toxinologia Aplicada, Instituto Butantan, São Paulo, 05503-900, Brazil.
Mazzafera P; Departamento de Biologia Vegetal, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, 13083-970, Brazil.
Júnior OR; IRD, UMR IPME, COFFEEADAPT, BP 64501, 34394, Montpellier Cedex 5, France.
Vieira LGE; Laboratório Especial de Toxinologia Aplicada, Instituto Butantan, São Paulo, 05503-900, Brazil.
Pereira LFP; Centro de Energia Nuclear na Agricultura, Universidade de São Paulo, Piracicaba, 13400-970, Brazil.
Domingues DS; Departamento de Biologia Vegetal, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, 13083-970, Brazil.

Funct Integr Genomics ; 19(1): 151-169, 2019 Jan.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-30196429

Assuntos

Coffea/genética; MicroRNAs/genética; Nitrogênio/deficiência; RNA Mensageiro/genética; RNA de Plantas/genética; Pequeno RNA não Traduzido/genética; Aminoácidos/isolamento & purificação; Aminoácidos/metabolismo; Compostos de Amônio/metabolismo; Coffea/metabolismo; Regulação da Expressão Gênica de Plantas; Ontologia Genética; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala; MicroRNAs/classificação; MicroRNAs/metabolismo; Anotação de Sequência Molecular; Nitratos/metabolismo; Folhas de Planta/genética; Folhas de Planta/metabolismo; Raízes de Plantas/genética; Raízes de Plantas/metabolismo; Poli A/genética; Poli A/metabolismo; RNA Mensageiro/classificação; RNA Mensageiro/metabolismo; RNA de Plantas/classificação; RNA de Plantas/metabolismo; Pequeno RNA não Traduzido/classificação; Pequeno RNA não Traduzido/metabolismo; Sementes/genética; Sementes/metabolismo; Estresse Fisiológico; Transcriptoma

Palavras-chave

Coffee; Differential gene expression; Nitrogen transport; RNA-seq; microRNA

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: RNA Mensageiro / RNA de Plantas / Coffea / MicroRNAs / Pequeno RNA não Traduzido / Nitrogênio Idioma: En Revista: Funct Integr Genomics Assunto da revista: BIOLOGIA MOLECULAR / GENETICA Ano de publicação: 2019 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Alemanha

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