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Genomic, epidemiological and digital surveillance of Chikungunya virus in the Brazilian Amazon.
Naveca, Felipe Gomes; Claro, Ingra; Giovanetti, Marta; de Jesus, Jaqueline Goes; Xavier, Joilson; Iani, Felipe Campos de Melo; do Nascimento, Valdinete Alves; de Souza, Victor Costa; Silveira, Paola Paz; Lourenço, José; Santillana, Mauricio; Kraemer, Moritz U G; Quick, Josh; Hill, Sarah C; Thézé, Julien; Carvalho, Rodrigo Dias de Oliveira; Azevedo, Vasco; Salles, Flavia Cristina da Silva; Nunes, Márcio Roberto Teixeira; Lemos, Poliana da Silva; Candido, Darlan da Silva; Pereira, Glauco de Carvalho; Oliveira, Marluce Aparecida Assunção; Meneses, Cátia Alexandra Ribeiro; Maito, Rodrigo Melo; Cunha, Claudeth Rocha Santa Brígida; Campos, Daniela Palha de Sousa; Castilho, Marcia da Costa; Siqueira, Thalita Caroline da Silva; Terra, Tiza Matos; de Albuquerque, Carlos F Campelo; da Cruz, Laura Nogueira; Abreu, André Luis de; Martins, Divino Valerio; Simoes, Daniele Silva de Moraes Vanlume; Aguiar, Renato Santana de; Luz, Sérgio Luiz Bessa; Loman, Nicholas; Pybus, Oliver G; Sabino, Ester C; Okumoto, Osnei; Alcantara, Luiz Carlos Junior; Faria, Nuno Rodrigues.
Afiliação
  • Naveca FG; Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia, Instituto Leônidas e Maria Deane, FIOCRUZ, Manaus, Brazil.
  • Claro I; Instituto de Medicina Tropical e Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
  • Giovanetti M; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Rio de Janeiro, Brazil.
  • de Jesus JG; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
  • Xavier J; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Iani FCM; Laboratório de Patologia Experimental, Instituto Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Salvador, Bahia, Brazil.
  • do Nascimento VA; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Rio de Janeiro, Brazil.
  • de Souza VC; Laboratório de Patologia Experimental, Instituto Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Salvador, Bahia, Brazil.
  • Silveira PP; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
  • Lourenço J; Laboratório Central de Saúde Pública, Instituto Octávio Magalhães, FUNED, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
  • Santillana M; Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia, Instituto Leônidas e Maria Deane, FIOCRUZ, Manaus, Brazil.
  • Kraemer MUG; Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia, Instituto Leônidas e Maria Deane, FIOCRUZ, Manaus, Brazil.
  • Quick J; Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Hill SC; Department of Zoology, University of Oxford, South Parks Road, Oxford, United Kingdom.
  • Thézé J; Harvard Medical School, Department of Pediatrics, Boston, MA, United States of America.
  • Carvalho RDO; Computational Health Informatics Program, Boston Children's Hospital, Boston, MA, United States of America.
  • Azevedo V; Department of Zoology, University of Oxford, South Parks Road, Oxford, United Kingdom.
  • Salles FCDS; Computational Epidemiology Lab, Boston Children's Hospital, Boston, MA, United States of America.
  • Nunes MRT; Institute of Microbiology and Infection, University of Birmingham, Birmingham, United Kingdom.
  • Lemos PDS; Department of Zoology, University of Oxford, South Parks Road, Oxford, United Kingdom.
  • Candido DDS; Department of Zoology, University of Oxford, South Parks Road, Oxford, United Kingdom.
  • Pereira GC; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
  • Oliveira MAA; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
  • Meneses CAR; Instituto de Medicina Tropical e Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
  • Maito RM; Evandro Chagas Institute, Brazilian Ministry of Health, Ananindeua, Brazil.
  • Cunha CRSB; Evandro Chagas Institute, Brazilian Ministry of Health, Ananindeua, Brazil.
  • Campos DPS; Department of Zoology, University of Oxford, South Parks Road, Oxford, United Kingdom.
  • Castilho MDC; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
  • Siqueira TCDS; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
  • Terra TM; Laboratório Central de Saúde Pública, Boa Vista, Roraima, Brazil.
  • de Albuquerque CFC; Laboratório Central de Saúde Pública, Boa Vista, Roraima, Brazil.
  • da Cruz LN; Laboratório Central de Saúde Pública, Boa Vista, Roraima, Brazil.
  • Abreu AL; Superintendência de Vigilância em Saúde, Secretaria Municipal de Saúde de Boa Vista, Roraima, Brazil.
  • Martins DV; Departamento de Virologia, Fundação de Medicina Tropical Doutor Heitor Vieira Dourado, Manaus, Amazonas, Brazil.
  • Simoes DSMV; Superintendência de Vigilância em Saúde, Secretaria Municipal de Saúde de Boa Vista, Roraima, Brazil.
  • Aguiar RS; Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas, Manaus, Amazonas, Brazil.
  • Luz SLB; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde-(OPAS/OMS), Brasília-DF, Brazil.
  • Loman N; Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde (SVS/MS), Brasília-DF, Brazil.
  • Pybus OG; Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde (SVS/MS), Brasília-DF, Brazil.
  • Sabino EC; Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde (SVS/MS), Brasília-DF, Brazil.
  • Okumoto O; Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde (SVS/MS), Brasília-DF, Brazil.
  • Alcantara LCJ; Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Faria NR; Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia, Instituto Leônidas e Maria Deane, FIOCRUZ, Manaus, Brazil.
PLoS Negl Trop Dis ; 13(3): e0007065, 2019 03.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-30845267
BACKGROUND: Since its first detection in the Caribbean in late 2013, chikungunya virus (CHIKV) has affected 51 countries in the Americas. The CHIKV epidemic in the Americas was caused by the CHIKV-Asian genotype. In August 2014, local transmission of the CHIKV-Asian genotype was detected in the Brazilian Amazon region. However, a distinct lineage, the CHIKV-East-Central-South-America (ECSA)-genotype, was detected nearly simultaneously in Feira de Santana, Bahia state, northeast Brazil. The genomic diversity and the dynamics of CHIKV in the Brazilian Amazon region remains poorly understood despite its importance to better understand the epidemiological spread and public health impact of CHIKV in the country. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: We report a large CHIKV outbreak (5,928 notified cases between August 2014 and August 2018) in Boa vista municipality, capital city of Roraima's state, located in the Brazilian Amazon region. We generated 20 novel CHIKV-ECSA genomes from the Brazilian Amazon region using MinION portable genome sequencing. Phylogenetic analyses revealed that despite an early introduction of the Asian genotype in 2015 in Roraima, the large CHIKV outbreak in 2017 in Boa Vista was caused by an ECSA-lineage most likely introduced from northeastern Brazil. Epidemiological analyses suggest a basic reproductive number of R0 of 1.66, which translates in an estimated 39 (95% CI: 36 to 45) % of Roraima's population infected with CHIKV-ECSA. Finally, we find a strong association between Google search activity and the local laboratory-confirmed CHIKV cases in Roraima. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: This study highlights the potential of combining traditional surveillance with portable genome sequencing technologies and digital epidemiology to inform public health surveillance in the Amazon region. Our data reveal a large CHIKV-ECSA outbreak in Boa Vista, limited potential for future CHIKV outbreaks, and indicate a replacement of the Asian genotype by the ECSA genotype in the Amazon region.
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Zoonoses / Vírus Chikungunya / Surtos de Doenças / Genoma Viral / Febre de Chikungunya Tipo de estudo: Screening_studies Limite: Animals / Humans País/Região como assunto: America do sul / Brasil Idioma: En Revista: PLoS Negl Trop Dis Assunto da revista: MEDICINA TROPICAL Ano de publicação: 2019 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Estados Unidos
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Zoonoses / Vírus Chikungunya / Surtos de Doenças / Genoma Viral / Febre de Chikungunya Tipo de estudo: Screening_studies Limite: Animals / Humans País/Região como assunto: America do sul / Brasil Idioma: En Revista: PLoS Negl Trop Dis Assunto da revista: MEDICINA TROPICAL Ano de publicação: 2019 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Estados Unidos