Chemical crosslinking enhances RNA immunoprecipitation for efficient identification of binding sites of proteins that photo-crosslink poorly with RNA.

Patton, Robert D; Sanjeev, Manu; Woodward, Lauren A; Mabin, Justin W; Bundschuh, Ralf; Singh, Guramrit

Patton, Robert D; Sanjeev, Manu; Woodward, Lauren A; Mabin, Justin W; Bundschuh, Ralf; Singh, Guramrit.

Afiliação

Patton RD; Department of Physics, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210, USA.
Sanjeev M; Center for RNA Biology, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210, USA.
Woodward LA; Center for RNA Biology, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210, USA.
Mabin JW; Department of Molecular Genetics, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210, USA.
Bundschuh R; Center for RNA Biology, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210, USA.
Singh G; Department of Molecular Genetics, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210, USA.

RNA ; 26(9): 1216-1233, 2020 09.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-32467309

Assuntos

Sítios de Ligação/genética; Ligação Proteica/genética; RNA/química; RNA/genética; Ribonucleoproteínas/genética; Ribonucleoproteínas/metabolismo; Linhagem Celular; Células Eucarióticas/metabolismo; Éxons/genética; Células HEK293; Humanos; Imunoprecipitação/métodos; Splicing de RNA/genética; Proteínas de Ligação a RNA/genética; Proteínas de Ligação a RNA/metabolismo; Transcriptoma/genética

Palavras-chave

CLIP-seq; RNA binding proteins; UV crosslinking; exon junction complex; formaldehyde crosslinking; pre-mRNA splicing

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Ligação Proteica / Ribonucleoproteínas / Sítios de Ligação / RNA Tipo de estudo: Diagnostic_studies / Prognostic_studies Limite: Humans Idioma: En Revista: RNA Assunto da revista: BIOLOGIA MOLECULAR Ano de publicação: 2020 Tipo de documento: Article País de afiliação: Estados Unidos País de publicação: Estados Unidos

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