A Comparative Study of Gene Co-Expression Thresholding Algorithms.

Bleker, Carissa; Grady, Stephen K; Langston, Michael A

Bleker, Carissa; Grady, Stephen K; Langston, Michael A.

Afiliação

Bleker C; Department of Biotechnology and Systems Biology, National Institute of Biology, Ljubljana, Slovenia.
Grady SK; Department of Electrical Engineering and Computer Science, University of Tennessee, Knoxville, Tennessee, USA.
Langston MA; Department of Electrical Engineering and Computer Science, University of Tennessee, Knoxville, Tennessee, USA.

J Comput Biol ; 31(6): 539-548, 2024 Jun.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-38781420

ABSTRACT

ABSTRACT

The thresholding problem is studied in the context of graph theoretical analysis of gene co-expression data. A number of thresholding methodologies are described, implemented, and tested over a large collection of graphs derived from real high-throughput biological data. Comparative results are presented and discussed.

Assuntos

Algoritmos; Perfilação da Expressão Gênica; Perfilação da Expressão Gênica/métodos; Humanos; Biologia Computacional/métodos; Redes Reguladoras de Genes

Palavras-chave

biological data analysis; graph theoretical algorithms; thresholding

Texto completo

Adicionar na Minha BVS

Imprimir

XML

PubMed Links

Buscar no Google

Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Algoritmos / Perfilação da Expressão Gênica Limite: Humans Idioma: En Revista: J Comput Biol Assunto da revista: BIOLOGIA MOLECULAR / INFORMATICA MEDICA Ano de publicação: 2024 Tipo de documento: Article País de afiliação: Eslovênia País de publicação: Estados Unidos

Texto completo

Adicionar na Minha BVS

Imprimir

XML

PubMed Links

Buscar no Google