Este artigo é um Preprint
Preprints são relatos preliminares de pesquisa que não foram certificados pela revisão por pares. Eles não devem ser considerados para orientar a prática clínica ou comportamentos relacionados à saúde e não devem ser publicados na mídia como informação estabelecida.
Preprints publicados online permitem que os autores recebam feedback rápido, e toda a comunidade científica pode avaliar o trabalho independentemente e responder adequadamente. Estes comentários são publicados juntamente com os preprints para qualquer pessoa ler e servir como uma avaliação pós-publicação.
MINERVA: A facile strategy for SARS-CoV-2 whole genome deep sequencing of clinical samples
Preprint
em En
| PREPRINT-BIORXIV
| ID: ppbiorxiv-060947
Artigo de periódico
Um artigo publicado em periódico científico está disponível e provavelmente é baseado neste preprint, por meio do reconhecimento de similaridade realizado por uma máquina. A confirmação humana ainda está pendente.
Ver artigo de periódico
Um artigo publicado em periódico científico está disponível e provavelmente é baseado neste preprint, por meio do reconhecimento de similaridade realizado por uma máquina. A confirmação humana ainda está pendente.
Ver artigo de periódico
ABSTRACT
The novel coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic poses a serious public health risk. Analyzing the genome of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) from clinical samples is crucial for the understanding of viral spread and viral evolution, as well as for vaccine development. Existing sample preparation methods for viral genome sequencing are demanding on user technique and time, and thus not ideal for time-sensitive clinical samples; these methods are also not optimized for high performance on viral genomes. We have developed MetagenomIc RNA EnRichment VirAl sequencing (MINERVA), a facile, practical, and robust approach for metagenomic and deep viral sequencing from clinical samples. This approach uses direct tagmentation of RNA/DNA hybrids using Tn5 transposase to greatly simplify the sequencing library construction process, while subsequent targeted enrichment can generate viral genomes with high sensitivity, coverage, and depth. We demonstrate the utility of MINERVA on pharyngeal, sputum and stool samples collected from COVID-19 patients, successfully obtaining both whole metatranscriptomes and complete high-depth high-coverage SARS-CoV-2 genomes from these clinical samples, with high yield and robustness. MINERVA is compatible with clinical nucleic extracts containing carrier RNA. With a shortened hands-on time from sample to virus-enriched sequencing-ready library, this rapid, versatile, and clinic-friendly approach will facilitate monitoring of viral genetic variations during outbreaks, both current and future.
cc_by_nd
Texto completo:
1
Coleções:
09-preprints
Base de dados:
PREPRINT-BIORXIV
Tipo de estudo:
Prognostic_studies
Idioma:
En
Ano de publicação:
2020
Tipo de documento:
Preprint