Este artigo é um Preprint
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A Web Portal and Workbench for Biological Dissection of Single Cell COVID-19 Host Responses
Preprint
em Inglês
| bioRxiv
| ID: ppbiorxiv-447287
ABSTRACT
Numerous studies have provided single-cell transcriptome profiles of host responses to SARS-CoV-2 infection. Critically lacking however is a datamine that allows users to compare and explore cell profiles to gain insights and develop new hypotheses. To accomplish this, we harmonized datasets from COVID-19 and other control condition blood, bronchoalveolar lavage, and tissue samples, and derived a compendium of gene signature modules per cell type, subtype, clinical condition, and compartment. We demonstrate approaches to probe these via a new interactive web portal (http//toppcell.cchmc.org/ COVID-19). As examples, we develop three hypotheses (1) a multicellular signaling cascade among alternatively differentiated monocyte-derived macrophages whose tasks include T cell recruitment and activation; (2) novel platelet subtypes with drastically modulated expression of genes responsible for adhesion, coagulation and thrombosis; and (3) a multilineage cell activator network able to drive extrafollicular B maturation via an ensemble of genes strongly associated with risk for developing post-viral autoimmunity.
cc_by_nc
Texto completo:
Disponível
Coleções:
Preprints
Base de dados:
bioRxiv
Tipo de estudo:
Estudo prognóstico
Idioma:
Inglês
Ano de publicação:
2021
Tipo de documento:
Preprint