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Assembling the perfect bacterial genome using Oxford Nanopore and Illumina sequencing
Preprint
em Inglês
| SciELO Preprints
| ID: pps-5053
Biblioteca responsável:
BR1.1
ABSTRACT
A perfect bacterial genome assembly is one where the assembled sequence is an exact match for the organism's genome each replicon sequence is complete and contains no errors of any scale. While this has been difficult to achieve in the past, improvements in long-read sequencing, assemblers and polishers have brought perfect assemblies within reach. Here we describe our recommended approach for assembling a bacterial genome to perfection using a combination of Oxford Nanopore Technologies long reads and Illumina short reads Trycycler long-read assembly, Medaka long-read polishing, Polypolish short-read polishing, followed by other short-read polishing tools with manual curation. We also discuss potential pitfalls one might encounter when assembling challenging genomes, and we provide an online tutorial with sample data (github.com/rrwick/perfect-bacterial-genome-tutorial).
Texto completo:
Disponível
Coleções:
Preprints
Base de dados:
SciELO Preprints
Idioma:
Inglês
Ano de publicação:
2022
Tipo de documento:
Preprint