Genetic diversity and heterotic grouping of sorghum lines using SNP markers

Sorghum breeding programs are based predominantly on developing homozygous lines to produce single cross hybrids, frequently with relatively narrow genetic bases. The adoption of complementary strategies, such as genetic diversity study, enables a broader vision of the genetic structure of the breeding germplasm. The purpose of this study was to evaluate the genetic diversity of sorghum breeding lines using structure analysis, principal components (PC) and clustering analyses. A total of 160 sorghum lines were genotyped with 29,649 SNP markers generated by genotyping-by-sequencing (GBS). The PC and clustering analyses consistently divided the R (restorer) and B (maintainer) lines based on their pedigree, generating four groups. Thirty-two B and 21 R lines were used to generate 121 single-cross hybrids, whose performances were compared based on the diversity clustering of each parental line. The genetic divergence of B and R lines indicated a potential for increasing heterotic response in the development of hybrids. The genetic distance was correlated to heterosis, allowing for the use of markers to create heterotic groups in sorghum.(AU)

Genetic diversity and heterotic grouping of sorghum lines using SNP markers

Sorghum breeding programs are based predominantly on developing homozygous lines to produce single cross hybrids, frequently with relatively narrow genetic bases. The adoption of complementary strategies, such as genetic diversity study, enables a broader vision of the genetic structure of the breeding germplasm. The purpose of this study was to evaluate the genetic diversity of sorghum breeding lines using structure analysis, principal components (PC) and clustering analyses. A total of 160 sorghum lines were genotyped with 29,649 SNP markers generated by genotyping-by-sequencing (GBS). The PC and clustering analyses consistently divided the R (restorer) and B (maintainer) lines based on their pedigree, generating four groups. Thirty-two B and 21 R lines were used to generate 121 single-cross hybrids, whose performances were compared based on the diversity clustering of each parental line. The genetic divergence of B and R lines indicated a potential for increasing heterotic response in the development of hybrids. The genetic distance was correlated to heterosis, allowing for the use of markers to create heterotic groups in sorghum.

DETECÇÃO DE Salmonella sp EM AMOSTRAS DE EXCRETAS CARCAÇAS E OVOS DE GALINHAS PRODUZIDAS NO SISTEMA CAIPIRA COMERCIALIZADAS EM FEIRAS DE GOIÂNIA

A produção e o modo de comercialização de galinhas caipiras em feiras são importantes fatores na transmissão de doenças como a salmonelose ao ser humano. Com o objetivo de pesquisar a ocorrência de Salmonella enterica em produtos avícolas comercializados em feiras livres de Goiânia foram colhidas cem amostras de carcaças de frangos, cem de excretas e cinquenta dúzias de ovos. Foram empregadas a pesquisa bacteriológica, a sorotipificação e a determinação do perfil de resistência aos antimicrobianos e a análise do perfil genético dos isolados. Houve o isolamento em seis amostras das excretas; cinco das carcaças e três dos ovos. Quanto à sorotipificação foram identificados na carcaça Salmonella Cerro, Salmonella Panama, Salmonella Rugosa, Salmonella Corvalis além de amostras Salmonella O:4,5; Salmonella O:3,10; nas amostras de excretas Salmonella Typhimurium, S. Agona, S. Rugosa, S. Anatun e nas de ovos Salmonella Corvalis. Na análise do perfil de resistência foram testados 12 antibióticos; para os isolados das carcaças dois não apresentaram resistência a nenhum antibiótico, dois a dois antibióticos, um a apenas um antibiótico e outro apresentou multirresistência às drogas; os isolados das excretas três foram sensíveis a todos os antibióticos, um isolado a apenas um antibiótico e outro com multirresistência (três antibióticos), enquanto que os três isolados dos ovos não apresentaram resistência a nenhum dos antibióticos testados. A partir destes resultados infere-se que o sistema de produção tipo caipira representa um importante papel na epidemiologia da salmonelose, mesmo com baixa ocorrência pode se apresentar como mantenedor ou disseminador de diversos sorovares de Salmonella enterica, indicando preocupação para a avicultura industrial e para a saúde pública.

Having this scenario of production, commercialization and transmission of diseases in concern the execution of this work was idealized. To perform that, a hundred samples of chicken carcasses, one hundred of excretes and 50 eggs were collected at SHOT fairs in Goiânia (Goiás State), for the research of Salmonella sp in conventional bacteriology, the serotyping, the definition of the antimicrobial susceptibility profile and genetic profile analysis from isolates. In carcasses there was isolation in six samples, in excretes five and in eggs three. Regarding serotyping there were identified in the carcass Salmonella Cerro, Salmonella Panama, Salmonella Rugosa, Salmonella Corvalis, Salmonella O:4,5; Salmonella O:3,10; in the samples of excretes were identified Salmonella Typhimurium, Salmonella Agona, Salmonella Rugosa, Salmoenlla Anatun and in the eggs were identified Salmonella Corvalis; in the antimicrobial susceptibility profile analysis, 12 antibiotics were tested; for the isolates from carcasses two isolates showed no resistance to any antibiotic, two for two antibiotics, one for only one antibiotic and one presented multidrug resistance; for excretes isolates three were sensitive to all antibiotics, one for only one antibiotic and one multidrug resistance and the three eggs isolates showed no resistance to any of the antibiotics tested. The genetic similarity profile identified that there is similarity only between the isolates of the eggs that are from a single serovar and they did not present similarity with that identified in one from the carcasses. From these results it is inferred that the system of free-range chicken production, represents an important role in the epidemiology of salmonellosis, either as maintainer or as a disseminator of several Salmonella Enterica serovars, representing a concern for industrial poultry farming and public health.

ASPECTOS COMPORTAMENTAIS RELATIVOS À DISTRIBUIÇÃO ESPACIAL DE CÃES COMUNITÁRIOS

A superpopulação de cães é um desafio para a saúde pública e o bem-estar animal. O objetivo deste trabalho é avançar no conhecimento do comportamento espacial de cães de rua. O estudo divide-se em cinco capítulos: (I) apresentação; (II) Cães de rua no Estado do Paraná: um olhar a partir das Secretarias Municipais de Meio Ambiente e de Saúde; (III) Construção de protótipo para rastreamento de cães nas ruas utilizando arduino; (IV) Características de deslocamento de cães de vizinhança em município de pequeno porte no sul do Brasil e (V) considerações finais. O estudo dos cães nas ruas sob o olhar das Secretarias Municipais de Meio Ambiente e Saúde colaborou no sentido de observar a atuação das secretarias frente ao manejo dos cães nas rua. A construção de um protótipo para rastreamento possibilitou a adequação de uma coleira de rastreamento para estudar a dinâmica espacial dos cães de rua. O estudo sobre as características do deslocamento de cães de vizinhança permitiu conhecer a área espacial dos cães nas ruas, estabelecendo parâmetros reais sobre locais de vida e de circulação dos cães nas ruas que estão sob os cuidados de um mantenedor. Os três estudos representam avanços para a elaboração de estratégias para o manejo de cães nas ruas.

Overpopulation of dogs is a challenge to public health and animal welfare. The objective of this work is to know the spatial behavior of street dogs. The study is divided into five chapters: (I) Presentation; (II) Street dogs in the State of Paraná:Municipal Secretariats of Environment and Health view; (III) Prototype construction to track dogs in the streets using arduino; (IV) Ranging characteristics of neighborhood dogs in a small municipality in southern Brazil and (V) Final considerations. The study of street dogs using Municipal Secretariats of Environment and Health view collaborated to observe about the performance of the secretariats regarding the management of the dogs. The construction of prototype for tracking allowed the adaptation of a tracking collar to study the spatial dynamics of dogs. The study on the characteristics of the displacement of neighboring dogs allowed an advance in the spatial knowledge of the dogs in the streets, establishing real parameters on the living and circulation areas of the dogs that are under the care of a maintainer. The three studies represent advances in the elaboration of strategies for the management of dogs on the streets.

Marker-assisted selection of maintainer lines within an onion tropical population

The traditional onion (Allium cepa) hybrid production requires the development of maintainer and male sterile lines and also a pollinator line with good specific combination ability. We report the identification of maintainer and male-sterile onion lines within the Brazilian 'Baia Periforme' derived population, 'Alfa São Francisco', associating random field pairing of male-fertile plants with selected male-sterile plants and PCR-based marker system monitoring S, T and N-cytoplasms. Male-sterile plants produced flowers with light green anthers which were easily detected in the field. A frequency of 2.0% of male-sterile plants was estimated in the 'Alfa São Francisco' sampled population. Male-sterile plants produced the 5'cob-marker 180-bp and the orfA501-marker 473-bp fragments, suggesting the T-cytoplasm type, while the maintainer line produced only the 5'cob-marker 180-bp. These identified lines will be important to develop tropical onion hybrids well-adapted to Brazilian low latitudes and to future comparative studies with other onion cytoplasmic genic male sterility systems.

A produção tradicional de híbrido de cebola (Allium cepa) requer o desenvolvimento de linhas mantenedoras e linhas macho estéreis, bem como uma linha polinizadora de boa capacidade específica de combinação. Reporta-se a identificação de linhas de cebola mantenedora e macho-estéreis numa população 'Alfa São Francisco' derivada da brasileira 'Baia Periforme', associando pareamento ao acaso no campo de plantas férteis com plantas macho-estéreis e sistema de PCR para monitoramento dos citoplasmas S, T e N. Plantas macho-estéreis produziram flores com anteras verde-claras, que foram facilmente identificadas no campo. A freqüência de 2,0% de plantas macho-estéreis foi estimada dentro de uma amostra da população 'Alfa São Francisco'. Plantas macho-estéreis produziram o marcador 5´cob de 180-pb e o marcador orfA501 de 473-pb, sugerindo que o citoplasma é do tipo T, enquanto a linha mantenedora da macho-esterilidade produziu apenas o marcador 5'cob de 180-pb. Essas linhas identificadas serão importantes para o desenvolvimento de híbridos de cebola tropical, bem adaptados às áreas de baixa latitude do Brasil e para estudos comparativos no futuro com outros sistemas da macho-esterilidade citoplasmática gênica de cebola.

Marker-assisted selection of maintainer lines within an onion tropical population

The traditional onion (Allium cepa) hybrid production requires the development of maintainer and male sterile lines and also a pollinator line with good specific combination ability. We report the identification of maintainer and male-sterile onion lines within the Brazilian 'Baia Periforme' derived population, 'Alfa São Francisco', associating random field pairing of male-fertile plants with selected male-sterile plants and PCR-based marker system monitoring S, T and N-cytoplasms. Male-sterile plants produced flowers with light green anthers which were easily detected in the field. A frequency of 2.0% of male-sterile plants was estimated in the 'Alfa São Francisco' sampled population. Male-sterile plants produced the 5'cob-marker 180-bp and the orfA501-marker 473-bp fragments, suggesting the T-cytoplasm type, while the maintainer line produced only the 5'cob-marker 180-bp. These identified lines will be important to develop tropical onion hybrids well-adapted to Brazilian low latitudes and to future comparative studies with other onion cytoplasmic genic male sterility systems.

A produção tradicional de híbrido de cebola (Allium cepa) requer o desenvolvimento de linhas mantenedoras e linhas macho estéreis, bem como uma linha polinizadora de boa capacidade específica de combinação. Reporta-se a identificação de linhas de cebola mantenedora e macho-estéreis numa população 'Alfa São Francisco' derivada da brasileira 'Baia Periforme', associando pareamento ao acaso no campo de plantas férteis com plantas macho-estéreis e sistema de PCR para monitoramento dos citoplasmas S, T e N. Plantas macho-estéreis produziram flores com anteras verde-claras, que foram facilmente identificadas no campo. A freqüência de 2,0% de plantas macho-estéreis foi estimada dentro de uma amostra da população 'Alfa São Francisco'. Plantas macho-estéreis produziram o marcador 5´cob de 180-pb e o marcador orfA501 de 473-pb, sugerindo que o citoplasma é do tipo T, enquanto a linha mantenedora da macho-esterilidade produziu apenas o marcador 5'cob de 180-pb. Essas linhas identificadas serão importantes para o desenvolvimento de híbridos de cebola tropical, bem adaptados às áreas de baixa latitude do Brasil e para estudos comparativos no futuro com outros sistemas da macho-esterilidade citoplasmática gênica de cebola.