Utilización de marcadores ITS e ISSR para la caracterización molecular de cepas híbridas de Pleurotus djamor / Use of ITS and ISSR markers in the molecular characterisation of Pleurotus djamor hybrid strains

Antecedentes. La caracterización molecular de cepas silvestres de Pleurotus es importante para la conservación del germoplasma y su posterior uso en la mejora genética. No se han realizado estudios moleculares con los monocariontes utilizados para la producción de cepas híbridas, ni de las cepas reconstituidas obtenidas al aparear tales monocariontes. Por consiguiente, la caracterización molecular de cepas dicarióticas parentales, híbridas y reconstituidas, así como de cepas monocarióticas, es de suma importancia. Objetivos. Caracterizar molecularmente cepas dicarióticas silvestres e híbridas, así como cepas monocarióticas de Pleurotus djamor. Métodos. Se recolectaron cinco cepas silvestres de P. djamor en diferentes estados de México y se identificaron molecularmente mediante la secuenciación de la región ITS1-5.8-ITS2 con los oligonucleótidos universales ITS1 e ITS4. Se seleccionaron dos cepas silvestres y se generaron cuatro cepas híbridas por apareamiento de neohaplontes compatibles. Para la caracterización molecular de las cepas monocarióticas y dicarióticas seleccionadas y producidas se utilizaron seis marcadores ISSR. Resultados. Con los marcadores ITS se obtuvo un producto de amplificación de 700 pb en las cinco cepas silvestres con una similitud del 99-100% con la especie P. djamor. Con los marcadores ISSR se obtuvieron un total de 95 fragmentos con un 99% de polimorfismo. Conclusiones. Las cepas silvestres se identificaron como P. djamor. Los marcadores ISSR generaron bandas polimórficas en las cepas monocarióticas y dicarióticas, y separaron ambos tipos de cepas. El alto grado de polimorfismo indica la diversidad genética de P. djamor, una ventaja para la producción de hongos y para la mejora de la especie (AU)

Background. Molecular characterisation of wild type Pleurotus species is important for germplasm conservation and its further use for genetic improvement. No molecular studies have been performed with monokaryons used for producing hybrid strains, either with the reconstituted strains obtained by pairing those monokaryons. The molecular characterisation of parental dikaryons, hybrid, and reconstituted strains as well as monokaryotic strains, is therefore of utmost importance. Aims. To carry out the molecular identification of Pleurotus djamor strains, i.e. dikaryotic wild type strains, hybrid strains, and the monokaryotic strains used for the hybrid formation. Methods. Five wild type strains of P. djamor from different states in Mexico were collected and molecularly identified by sequencing the ITS1-5.8-ITS2 region using ITS1 and ITS4 universal oligonucleotides. Four hybrid strains were obtained by pairing neohaplonts of two wild type strains selected. Six ISSR markers were used for the molecular characterisation of monokaryotic and dikaryotic strains. Results. Using the ITS markers, an amplified product of 700bp was obtained in five wild type strains, with a 99-100% similarity with P. djamor. A total of 95 fragments were obtained using the ISSR markers, with 99% of polymorphism. Conclusions. Wild type strains were identified as P. djamor, and were clearly grouped with Mexican strains from other states of Mexico. ISSR markers allowed the generation of polymorphic bands in monokaryotic and dikaryotic strains, splitting both types of strains. The high degree of polymorphism indicates the genetic diversity of P. djamor, an advantage in mushroom production and in the improving of the species (AU)

Recurrencia de infección y diversidad de cepas de Helicobacter pylori en adultos tratados con terapia triple estándar empírica en una población de México / Recurrence of infection and diversity of Helicobacter pylori strains in an adult population in Mexico treated with empirical standard triple therapy

Introducción: posterior al tratamiento erradicador de Helicobacter pylori (H. pylori), podría presentarse recurrencia de infección debido a recrudescencia o reinfección. El objetivo de este estudio fue determinar la recurrencia de infección por H. pylori e identificar cepas virulentas de H. pylori al año posterior de su erradicación con terapia triple estándar. Material y métodos: se realizó un estudio cuasiexperimental. La población estudiada fueron pacientes con enfermedades digestivas asociadas a H. pylori que recibieron terapia triple estándar. Todos los pacientes antes del tratamiento erradicador, y solo aquellos pacientes con prueba de aliento con carbono 14 positivo un año posterior al tratamiento se les realizaron cultivos y reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de biopsias gástricas para identificación de cepas. Se realizó análisis estadístico mediante el test t de Student y prueba exacta de Fisher, con un nivel de significancia de 0,05. Resultados: se revisaron 128 pacientes, 51 (39,8%) hombres y 77 (60,2%) mujeres, con una edad promedio de 54,8 (DE 13,8) años. Se halló recurrencia anual de infección por H. pylori en 12 (9,3%) pacientes y reinfección y recrudescencia anual en nueve (7%) y tres (2,3%) pacientes respectivamente. La tasa de recrudescencia en proteína antigénica (cagA) fue de 1/30 (3,3%) pacientes y en citotoxina vacuolizante (vacA) fue de 2/112 (1,8%) pacientes. La tasa de reinfección en cagA fue 3/30 (10%) pacientes y en vacA 6/112 (5,3%) pacientes. Conclusiones: en este estudio la recurrencia de infección fue mayor que en países desarrollados con baja prevalencia de H. pylori y menor que en países en vías de desarrollo con mayor prevalencia de H. pylori. Las cepas cagA o vacA s2/m2 fueron aisladas en reinfección y recrudescencia (AU)

Background. After eradication treatment for Helicobacter pylori, infection could recur due to recrudescence or re-infection. The objective of this study was to determine the recurrence of Helicobacter pylori infection and identify virulent Helicobacter pylori strains one year after eradication with standard triple therapy. Material and methods. A quasi-experimental study was performed that included a patient population with digestive diseases associated with Helicobacter pylori who had received standard triple therapy. Cultures and Polymerase Chain Reaction was performed on gastric biopsies for strain identification in all patients prior to eradication treatment and those with a positive carbon 14 breath test one year after eradication treatment. Statistical analysis was performed using the student T test and Fisher’s exact test, statistical significance was set at 0.05. Results. 128 patients were studied, 51 (39.8%) were male and 77 (60.2%) were female with an average age of 54.8 years (DE 13.8). There was an annual recurrence of Helicobacter pylori infection in 12 (9.3%) patients. An annual re-infection and recrudescence occurred in 9 (7 %) and 3 (2.3%) patients respectively. The recrudescence rate for cagA was 1/30 (3.3%) patients and 2/112 (1.8%) patients for vacA. The re-infection rate for cagA was 3/30 (10%) patients and 6/112 (5.3%) patients for vacA. Conclusions. The recurrence of infection in this study was higher than that recorded in developed countries with a low prevalence of H. pylori and lower than that recorded in developing countries with a higher prevalence of H. pylori. The cagA or vacA s2/m2 strains were isolated after re-infection and recrudescence (AU)

Molecular characterization of Candida isolates from intensive care unit patients, Krakow, Poland / Caracterización molecular de aislamientos de Candida de pacientes en cuidados intensivos en Cracovia, Polonia

Background. Over the last decades, Candida species have emerged as important pathogens in immunocompromised patients. Nosocomial infections are mainly of endogenous origin. Nevertheless, some cases of exogenous candidiasis have also been reported. Aims. The aim of this study was to evaluate the genetic relatedness between Candida albicans, Candida glabrata, Candida tropicalis, Candida krusei and Candida kefyr isolates recovered from intensive care unit (ICU) patients. Methods. A total of 132 Candida clinical isolates (62 C. albicans, 40 C. glabrata, 13 C. tropicalis, 11 C. krusei, 6 C. kefyr), obtained from specimens of endotracheal aspirate, urine and blood taken from patients of a tertiary hospital in Poland, were included in the study. Species identification was performed by PCR method and genetic relatedness was assessed by randomly amplified polymorphic DNA assay (RAPD) with five primers. Results. The RAPD analysis revealed high genetic diversity among the studied Candida isolates, indicating that most of the strains were from endogenous sources. Only two clonal strains of C. glabrata isolated from different patients were observed, suggesting a possible cross-transmission of these pathogens. Conclusions. Our study confirmed the high discriminatory power of the RAPD assay. This genotyping method can be applied to local epidemiological studies of Candida species (AU)

Antecedentes. En las últimas décadas, el hongo Candida se ha convertido en un patógeno importante para los pacientes con trastornos del sistema inmune. Las infecciones nosocomiales son fundamentalmente de origen endógeno; sin embargo, también se han documentado algunos casos de candidiasis exógena. Objetivos. El objetivo del estudio fue evaluar la relación genética entre las cepas de Candida albicans, Candida glabrata, Candida tropicalis, Candida krusei y Candida kefyr aisladas de pacientes en cuidados intensivos. Métodos. Se estudiaron 132 aislamientos de Candida (62 C. albicans, 40 C. glabrata, 13 C. tropicalis, 11 C. krusei, 6 C. kefyr) obtenidos de muestras procedentes de aspirado endotraqueal, orina y sangre tomadas de pacientes de un hospital en Polonia. La identificación de las especies se realizó mediante PCR, y el estudio de la relación genética con el método de amplificación aleatoria de ADN polimórfico (RAPD) con cinco oligonucleótidos. Resultados. El análisis de la amplificación por RAPD mostró una alta diversidad genética entre los aislamientos objeto de estudio, lo que indica que la mayoría de ellos tenían un origen endógeno. Solo se observaron dos cepas clonales de C. glabrata procedentes de diferentes pacientes, lo que evidencia una posible transmisión cruzada de estos patógenos. Conclusiones. Nuestro estudio confirma el alto poder discriminatorio de la técnica RAPD, lo que validaría este método de genotipificación para el estudio de la epidemiología local de especies de Candida (AU)

Selection of a novel DNA thioaptamer against HER2 structure

Purpose. Human epithelial growth factor receptor 2 (HER2) is over-expressed in several malignancies and represents an important therapeutic target. Aptamers are oligonucleotides that may potentially serve as tumor-homing ligand with excellent affinity and specificity for targeted cancer therapy. However, aptamers need to have nuclease resistance in order to function in vivo. The aim of this study was to generate a novel HER2 thioaptamer with enhanced nuclease resistance. Methods. The HER2 thioaptamer is selected in an evolutionary process called systematic evolution of ligands by exponential enrichment. Results. The thioaptamer could bind to the extracellular domain of HER2 with a K d of 172 nM and had minimal cross reactivity to trypsin or IgG. Moreover, the thioaptamer was found capable of binding with the HER2-positive breast cancer cells SK-BR-3 and MDA-MB-453, but not the HER2-negative cells MDA-MB-231. Notably, the thioaptamer HY6 largely maintained its structural integrity facing the nucleases in serum, while regular DNA aptamers were mostly digested. Additionally, the thioaptamer retained the capability of binding with the HER2-positive cells in the presence of serum, whereas non-thionated HER2 aptamer lost the binding function. Conclusion. The results indicated that the selected thioaptamer was more resistant to nuclease than regular DNA aptamers and might potentially function as a HER2-targeting ligand in complicated environment (AU)

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DNA recognition by the Salmonella enterica serovar Typhimurium transcription factor SlyA

The Salmonella regulatory protein SlyA is implicated in virulence, survival in macrophages and resistance to oxidative stress and anti-microbial peptides. SlyA is a member of the MarR family of winged-helix transcription factors. Systematic mutational analysis of the SlyA operator sequence and of the predicted DNA-binding region of SlyA shows that no single base pair in the palindromic SlyA operator sequence is essential for DNA binding, and identifies amino acid residues required to allow SlyA to recognise DNA. Combining the structure-function studies described here and elsewhere with the structures of MarR family proteins suggests a possible model for regulation of SlyA binding to DNA (AU)

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Elevación persistente del dímero D en el posparto / No disponible

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Reliable detection of St. Louis encephalitis virus by RT-nested PCR

Introducción. El virus de la encefalitis de St. Louis (VESL), arbovirus reemergente en Sudamérica, provocó casos humanos en Argentina y Brasil. Esto pone de manifiesto la necesidad de incrementar el conocimiento sobre arbovirus para poder controlar y prevenir la aparición de futuros casos. Por este motivo, surge la necesidad de realizar exhaustivas investigaciones epidemiológicas y de laboratorio para asegurar la rápida identificación del agente y una apropiada acción de los agentes de salud. En este estudio se describe el desarrollo de una técnica de RT-nested PCR específica para la detección del VESL. Material y métodos. Se procedió a la selección de la región genómica del VESL que aportara mayor información sobre la variabilidad genética natural del virus. Así, se diseñaron cebadores degenerados que amplificaron un fragmento de 234 pb del gen de la envoltura de 9 cepas de VESL (Parton, BeH356964, SPAN11916, AN9275, AN9124 y 78V6507 y tres obtenidas de agrupamientos de mosquitos naturalmente infectados). Resultados. El método amplificó el genoma de todas las cepas del VESL analizadas y no se obtuvo amplificación con otros Flavivirus, tales como el virus de la fiebre amarilla, el virus Ilheus, el virus dengue-2, el virus Bussuquara, el virus del Oeste del Nilo, el virus de la encefalitis japonesa y el virus del valle Murray. Este método fue específico y sensible, con un bajo límite de detección: menos de 10 unidades formadoras de placa. Conclusión. La técnica desarrollada resultó ser confiable y de amplio espectro para la detección del VESL, y puede ser útil para la ejecución de estudios ecológicos, clínicos y de vigilancia virológica (AU)

Introduction. St. Louis encephalitis virus (SLEV) is a re-emerging arbovirus in South America, with reported cases in humans in Argentina and Brazil. This fact indicates that there is an urgent need to increase the current knowledge about this virus in order to control and prevent future cases. Exhaustive epidemiological and laboratory investigation is required to ensure fast, accurate identification of the viral agent and allow prompt surveillance action by health authorities. Herein, we report the development of a species-specific RT-nested PCR to detect SLEV. Material and methods. After selecting the SLEV genomic region providing the greatest information on the natural genetic variability of this virus, degenerated oligonucleotide primers were designed to amplify a 234-bp fragment of the envelope gene from nine SLEV strains (Parton, BeH356964, SPAN11916, AN9275, AN9124, 78V6507 and 3 SLEV strains obtained from naturally infected mosquito pools). Results. The method was able to identify the genome of all the SLEV strains tested and did not amplify unrelated RNA viruses, such as yellow fever virus, Ilheus virus, dengue-2 virus, Bussuquara virus, West Nile virus, Japanese encephalitis virus and Murray Valley encephalitis virus. The method was specific and sensitive, with a lower detection limit of < 10 plaque-forming units. Conclusion. This molecular assay is a reliable procedure with a wide spectrum for detecting the natural diversity of SLEV and may be useful for ecological studies, clinical and laboratory settings and virological surveillance (AU)

Técnicas para el diagnóstico molecular de enfermedades hereditarias / Techniques for molecular diagnosis of hereditary diseases

El diagnóstico de muchas enfermedades hereditarias necesita una confirmación a nivel molecular del defecto genético que presenta el paciente. Una vez detectada la mutación y confirmado el diagnóstico clínico, podemos determinar cuál es el efecto de dicha mutación en la proteína codificada(cambio de conformación, alteración o pérdida defunción, localización errónea, disminución en su expresión, etc.), y así poder abrir puertas a nuevas terapias dirigidas al defecto específico. En esta revisión, primero consideraremos algunos conceptos básicos de genética molecular, incluyendo estructura y expresión del gen, intrones y exones, códigos genéticos, transcripción, traducción, procesamiento del RNA y mutaciones y sus tipos. También explicaremos algunos métodos para extraer DNA y RNA de sangre u otros tejidos del paciente. A continuación discutiremos los métodos que se emplean para detectar mutaciones en genes asociados a enfermedades hereditarias. El principio en el que se basa un ensayo de detección de mutaciones es que la secuencia de nucleótidos del gen de un individuo afecto será distinta de la secuencia de un individuo con fenotipo normal. Además, describiremos dos métodos para analizar el efecto de algunas mutaciones en la maduración del pre-mRNA (RT-PCR a partir de RNA de sangre y análisis de minigenes). Por último, mencionaremos algunos métodos informáticos que sirven para determinar si las mutaciones detectadas son patológicas o no, y para predecir el efecto de mutaciones en la maduración del pre-mRNA (AU)

The diagnoses of many hereditary diseases must be confirmed on a molecular level of a genetic defect that the patient has. Once the mutation is detected and the clinical diagnoses confirmed, we can determine which is the effect of said mutation in the coded protein (changing shape, alteration or loss of function, erroneous location, decrease of its expression, etc.) and just be able to open the doors to new therapies aimed at the specific defect. In this article, we first consider some basic concepts of molecular genetics, including the gene structure and expression, introns and exons, genetic codes, transcription, translation, RNA processing, and mutations and its types. We will also give some explanations of methods to extract DNA and RNA from the blood and other tissues of the patient. After that, we will discuss the methods used to detect mutations in genes associated to hereditary diseases. The principal on which a mutation detection trial is based is that this sequence of gene nucleotides of an individual affected will be different from the sequence of an individual with normal phenotype. In addition, we will describe two methods to analyze the effect of some mutations in the maturation of pre-mRNA(RT-PCR from RNA of the blood and analysis of minigenes). Finally, we will mention some computer methods that serve to determine if the mutations detected are pathological or not and to predict the effect of the mutations in the maturation of the pre-mRNA (AU)

Medicina regenerativa en andrología: Ingeniería Tisular y terapia génica como posibles opciones de tratamiento para las deformaciones peneanas y la disfunción eréctil / Regenerative medicine in andrology: tissue engineering and gene therapy as potential treatment options for penile deformations and erectile dysfunction

Se están investigando la ingeniería tisular y la terapia génica en estudios en animales para reconstruir el tejido peneano o tratar la disfunción eréctil. En esta revisión se pretende examinar estos esfuerzos experimentales de los últimos años y se intenta ofrecer una breve introducción a la metodología básica de estas nuevas técnicas del campo de la medicina regenerativa

Tissue engineering and gene therapy are currently investigated in animal studies for reconstructing penile tissue or treating erectile dysfunction. This review aims to ecamine these experimental efforts from the last years and tries to give a brief introduction to the basic methodology of these new techniques from the field of regenerative medicine

Terapia antisentido en oncología: situación actual / Antisense therapy in oncology: present situation

La finalidad de la terapia antisentido es controlar la regulaciónde los genes que contribuyen a la progresión del cáncer sin afectaral crecimiento de las células normales, por lo que representa unanueva alternativa con menos efectos secundarios que la quimioterapiaconvencional. Los oligonucleótidos antisentido controlan laproliferación celular al bloquear específicamente la expresión dedeterminados genes, por lo que se están desarrollando como fármacosmoleculares con potencial actividad en el tratamiento delcáncer. Se dispone de amplia información preclínica y de algunosensayos clínicos con resultados esperanzadores. En esta revisiónse recogen los aspectos más significativos de esta nueva alternativaterapéutica en oncología. Los ensayos clínicos realizados hastala fecha han puesto de manifiesto su eficacia y seguridad a corto ymedio plazo; sin embargo, son necesarios estudios a largo plazopara terminar de definir su efectividad clínica y su verdadero perfiltoxicológico

The purpose of antisense therapy is to control the regulation ofgenes contributing to cancer progression while sparing normalcell growth, which represents a novel alternative with fewer sideeffects when compared to conventional chemotherapy. Antisenseoligonucleotides control cell proliferation by specifically blockingthe expression of selected genes, and hence they are being developedas molecular drugs with potential activity for cancer treatment.Extensive clinical information and a number of clinical trialsshow encouraging results. This review discusses the most significantaspects of this new therapeutic alternative in oncology. Clinicaltrials performed thus far have demonstrated their short- tomid-term efficacy and safety; however, long-term studies areneeded to definitely define their clinical effectiveness and true toxicprofile

Desarrollo de un ensayo para búsqueda de inactivadores de péptidos inductores de enfermedad celíaca / An assay to screen the inactivation of peptides that induces celiac sprue

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Aplicaciones de la biología molecular en el trasplante renal / Mollecular biology in renal transplantation

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Detección mediante RT-PCR de células tumorales circulantes en pacientes con melanoma maligno en estadio III. Correlación con el grosor y la histología del tumor / Detection of circulating tumoral cells by RT-PCR in patients with stage III of malignant melanoma. Correlation with tumor thickness and hystologic type

El objetivo de nuestro estudio ha sido evaluar la utilidad de la Transcriptasa reversa y Reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR) en la detección de la enzima tirosinasa como marcador de la presencia de células derivadas de melanocitos en pacientes con melanoma maligno en estadio III y su correlación con factores pronósticos como el grosor y la forma clínico-histológica del tumor. La detección de células de melanoma circulantes mediante RT-PCR se ha realizado en un grupo de 28 pacientes con melanoma maligno en estadio III (clasificación de la AJCC). Nuestros resultados demuestran una alta positividad de la PCR en este grupo de pacientes siendo más frecuente en tumores con un grosor > 4mm (75 por ciento). No obstante, no encontramos correlación entre la positividad de la PCR y la forma clínico-histológica del tumor. Nuestros resultados sugieren la posibilidad de aplicar la detección del ARNm de la tirosinasa mediante RT-PCR como un nuevo marcador en el pronóstico del melanoma maligno (AU)

Tuberculosis multirresistente en la Bahía de Cádiz / Multidrug-resistant tuberculosis in the Bay of Cadiz, Spain

Estudiamos 182 pacientes diagnosticados de tuberculosis con el fin de conocer la incidencia de multirresistencia en la Bahía de Cádiz. Las cepas responsables, 173 Mycobacterium tuberculosis y 9 M. hovis, se identificaron mediante hibridación con sondas y técnicas moleculares de RFLP (restriction fragment length Poli morphism) y spoligotyping (spacer oligonucle olido typing). Se detectó algún tipo de resistencia en 51 pacientes (28,0 por ciento), primaria en el 20,9 por ciento y secundaria en el 7, I por ciento. Encontramos cepas multirresistentes en un 12,6 por ciento de pacientes (23,1 por ciento VIII positivos v 8,5 por ciento VIH negativos). La tasa de multirresistencia en Cádiz es superior a las detectadas en otras zonas de España y se asocia preferentemente con infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (AU)