Use of MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics) for identification of Mycobacterium species isolated directly from liquid medium / Utilización de MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics) para la identificación de micobacterias aisladas directamente en medio líquido

Objectives: The aim of this study was to describe the evaluation of the use of MALDI-TOF MS for the identification of non-tuberculous mycobacteria (NTM) and Mycobacterium tuberculosis directly from liquid MGIT cultures from January 2017 to December 2017. Material/methods: A total of 155 isolates (mainly respiratory) were analyzed by MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics) directly from MGIT liquid medium with a previous extraction procedure. Results: MALDI-TOF MS generated acceptable scores for 152 isolates (98.06%). Fifty isolates were identified as M. tuberculosis complex and the remaining 105 as NTM (M. abscessus subsp. abscessus, M. avium, M. celatum, M chelonae, M. chimaera, M. fortuitum, M. gordonae, M. intracellulare, M. kansasii, M. lentiflavum, M. mageritense, M. mucogenicum and M. xenopi). Conclusions: These results indicate that MALDI-TOF MS can be useful to identify mycobacteria directly from MGIT cultures and is an accurate, rapid and cost-effective system to be used as a routine method.(AU)

Introducción: Evaluamos la espectrometría de masas (MALDI-TOF MS [Bruker Daltonics]) para la identificación de micobacterias no tuberculosas (MNT) y Mycobacterium tuberculosis a partir de cultivos líquidos (MGIT) desde enero del 2017 a diciembre del 2017. Métodos: Se analizaron mediante MALDI-TOF MS 155 cultivos MGIT positivos, principalmente de origen respiratorio. Previamente a la realización de MALDI-TOF se realizó un procedimiento de extracción directamente del MGIT. Resultados: Mediante MALDI-TOF MS se identificó correctamente a partir del MGIT el 98,06% (n=152) de los aislados. Cincuenta aislados se identificaron como M. tuberculosis complex y los 105 restantes como MNT (M. abscessus subsp. abscessus, M. avium, M. celatum, M chelonae, M. chimaera, M. fortuitum, M. gordonae, M. intracellulare, M. kansasii, M. lentiflavum, M. mageritense, M. mucogenicum y M. xenopi). Conclusiones: Estos resultados indican que MALDI-TOF es una técnica precisa, rápida y coste-efectiva para identificar micobacterias directamente a partir de medios de cultivo líquidos en la rutina diaria.(AU)

Malassezia pachydermatis: to be, or not to be lipid-dependent / Malassezia pachydermatis: ser o no ser lipodependiente

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Análisis de degradación de stents metálicos en modelo de cultivo "in vitro" con células epiteliales respiratorias y fibroblastos / Degradation analysis for metal stents in an in vitro cell culture model with respiratory epithelial cells and fibroblasts

Objetivo: investigar la posible degradación de stents metálicos tras co-cultivo con células respiratorias in vitro. Método: durante 21 días se han co-cultivado con la línea CRL-4011 (epitelial) y MRC-5 (fibroblastos) tres tipos de stents: Wallstent(R) (aleación de cobalto-cromo-níquel y molibdeno), Zilver PTX(R) y Zilver Flex(R) (nitinol, aleación de níquel-titanio, con y sin liberación de paclitaxel, respectivamente). Las mismas células sin stent sirvieron como control. Los sobrenadantes de los cultivos se recogieron los días 3, 9, 15 y 21, se alicuotaron y almacenaron a -800 C. Mediante espectrometría de masas (ICP/ MS) se investigaron los niveles de titanio, cromo, níquel, cobalto y molibdeno en los sobrenadantes, y también se han analizado los niveles de esos mismos elementos en el medio de cultivo original (antes de añadirlo a los cultivos celulares). Resultados: en todos los experimentos se encontraron mayores niveles de elementos metálicos en los sobrenadantes recogidos en el tercer día de cultivo, tanto de células epiteliales como de fibroblastos, con diferencias estadísticamente significativas (p<0,002). Los sobrenadantes de los cultivos de células epiteliales con Wallstent mostraron los niveles más altos de níquel y cobalto respecto a los controles (p = 0,001), y los niveles de titanio fueron más altos en los cultivos de Zilver Flex y PTX, constituidos por una aleación de níquel y titanio (p <0,001). Conclusiones: hemos detectado una rápida liberación en el sobrenadante de todos los cultivos de los elementos constitutivos de los tres stents que incluimos en los experimentos, y con niveles muy superiores a los cultivos controles

Objective: To investigate the possible degradation of metal stents after co-culture with respiratory cells in vitro. Methods: Three types of stents were co-cultured with the CRL-4011 line (epithelial) and the MRC-5 line (fibroblasts): Wallstent(R) (cobalt-chromium-nickelmolybdenum alloy), Zilver PTX(R) and Zilver Flex(R) (nitinol, nickel-titanium alloy, with and without paclitaxel release, respectively). The same stentless cells served as the control group. Culture supernatants were collected on days 3, 9, 15 and 21, aliquoted and stored at -80 ºC. The levels of titanium, chromium, nickel, cobalt and molybdenum in the supernatants were studied using inductively coupled plasma mass spectrometry (ICP-MS), and the levels of the same elements were also analyzed in the original culture medium (before adding them to the cell cultures). Results: In all experiments, higher levels of metal elements were found in the supernatants collected on the third day of culture, for both epithelial cells and fibroblasts, with statistically significant differences (p < 0.002). The supernatants of epithelial cell cultures with Wallstent showed the highest levels of nickel and cobalt in comparison to controls (p = 0.001), and titanium levels were higher in Zilver Flex and Zilver PTX cultures, consisting of a nickeltitanium alloy (p < 0.001). Conclusion: We have detected a rapid release in the supernatant of all the cultures of the constituent elements of the three stents that we included in the experiments, and with levels much higher than those of the control cultures

Response of Anaerobic Protozoa to Oxygen Tension in Anaerobic System

The effect of oxygen on anaerobic protozoa was studied in anaerobic batch reactors inoculated with sludge and protozoa cultures. Among the protozoa genera, Metopus, Brachonella, Plagiopyla, Trepomonas, and Vanella were more sensitive to oxygen compared to other genera. Protozoa genera Menoidium, Rhynchomonas, Cyclidium, Spathidium, and Amoeba were found to survive under aerobic conditions, and the growth rate was slightly higher or similar to anaerobic condition. O2 tension resulted in the loss of free and endosymbiotic methanogens in anaerobic system, while methanogens were observed inside the protozoan cysts. Survival of anaerobic protozoa declined considerably when the O2 tension exceeded 1% atm. sat. and showed chemosensory behavior in response to O2 exposure. Superoxide dismutase activity was detected in survived protozoa cells under O2 tension. Facultative anaerobic protozoa with SOD activity can provide a mechanism to overcome possible occurrence of oxygen toxicity in the treatment of wastewater in anaerobic reactor

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Evaluación de una prueba rápida para la detección de PBP2a en Staphylococcus aureus / Evaluation of a rapid assay for detection of PBP2a Staphylococcus aureus

INTRODUCCIÓN: En los últimos años se ha producido un incremento de las infecciones producidas por Staphylococcus aureus resistente a meticilina (SARM). En comparación con las producidas por S. aureus sensible a meticilina (SASM), las infecciones por SARM requieren estancias hospitalarias más prolongadas y presentan mayor mortalidad. La detección rápida de la resistencia a la meticilina por la adquisición del gen mecA que codifica la proteína fijadora de penicilina (PBP2a) es crucial para evitar la diseminación nosocomial e instaurar una correcta terapia antimicrobiana. Nos proponemos evaluar el test inmunocromatográfico rápido para la detección de PBP2a directamente de colonias de S. aureus, PBP2a SA Culture Colony Test(R) (ICPBP2a). MATERIAL Y MÉTODOS: En 107 cepas de S. aureus se estudió la resistencia a meticilina mediante las siguientes pruebas: el sistema automatizado Vitek2(R) (bioMérieux), CHROMagar MRSA II(R) (BD Becton Dickinson ), difusión con disco de cefoxitina, la ICPBP2a (AlereTM) y como método de referencia, la detección molecular del gen mecA. RESULTADOS: La sensibilidad y especificidad para las pruebas de detección fueron para la difusión en agar con disco de cefoxitina 100% y 100% respectivamente, Vitek2(R) 100% y 100%, CHROMagarTM MRSA II 100% y 96%, y la ICPBP2a 98,25% y 100%. CONCLUSIÓN: La inmunocromatografía para la detección de PBP2a es una técnica rápida, fácil y económica. Resulta muy útil para el manejo de brotes hospitalarios

BACKGROUND: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a significant pathogen causing both healthcare-associated and community-acquired infection. Rapid and accurate detection of this pathogen is crucial for the use of appropriate antimicrobial therapy and the control of nosocomial spread. METHODS: A total of 107 S. aureus strains were assayed for methicillin resistance: Vitek2(R) (bioMérieux), CHROMagarTM MRSA II (BD Becton Dickinson), disk diffusion in agar for cefoxitin 30 μg and immunochromatography PBP2a SA Culture Colony Test (AlereTM). The results of conventional tests were compared with the "gold standard" PCR test for mecA gene. RESULTS: Sensitivity and specificity were: disk diffusion for cefoxitin 100% and 100% respectively, Vitek2(R) 100 and 100%, CHROMagarTM MRSA II 100 and 96%, and ICPBP2a detection 98,25% and 100%. CONCLUSION: ICPBP2a Culture Colony Test (AlereTM) is fast, efficient and economical technique for detection of penicillin binding protein 2a (PBP2a) from isolates. This assay is a useful tool for the management of hospital outbreaks

Effect of the taxonomic group of fungi and type of substrate on the antioxidant activity of a solid-state fermentation system

The enzymatic and non-enzymatic antioxidant activities of a solid-state fermentation system (SSFS) employing six basidiomycete and four ascomycete fungi on orange peel have been evaluated. Class comparisons revealed highly significant effect of fungal group on the antioxidant activity. Peroxidase activity appeared only in the basidiomycete fungi (particularly Pleurotus columbinus, Ganoderma resinaceum, and Pleurotus floridanus) whereas catalase activity appeared in the two fungal groups in favor of the ascomycetes (particularly Paecilomyces variotii and Aspergillus fumigatus). Maximal peroxidase and minimal catalase activities were found at moderate phenolic content, with extreme phenolic levels leading to low peroxidase activity but high catalase activity. Production of the non-enzymatic antioxidants (phenolics, flavonoids, reducing power, and DPPH scavenging) was in favor of the ascomycetes, which showed great native ability to synthesize flavonoids and also to release flavonoids from orange peel. The basidiomycete fungi, which have limited native ability to produce phenolics, had high ability to consume orange peel phenolics. By contrast, the ascomycete fungi exhibited great native ability for production of phenolics and low ability to consume exogenous phenolics

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Strategical isolation of efficient chicken feather-degrading bacterial strains from tea plantation soil sample

Chicken feather waste is generally insufficiently utilized despite its high content of protein, constituting an environmental issue. Biodegradation of the waste with enabling microbes provides an advantageous option among the available solutions. In this study, an efficient whole feather-degrading strain was strategically isolated from a soil sample taken from a local tea plantation that has little or nothing to do with feathers. The strain was identified as Bacillus thuringiensis (designated as FDB-10) according to the cloned complete 16S rRNA sequence. The FDB-10 could efficiently degrade briefly heat-treated whole feather (102 °C, 5 min; up to 90% of a maximum concentration of 30 g/L) in a salt medium supplemented with 0.1 g/L yeast extract within 24 h (37°C, 150 rpm). Addition of carbon sources (glycerol, glucose, starch, Tween 20, Tween 80, 1.25 g/L as glycerol) to the fermentation medium could improve the degradation. However, significant inhibition could be observed when the added carbon source reached the amount usually adopted in the investigation of carbon source preference (1%). Nitrogen source (NH4Cl, (NH4)2SO4, peptone) adversely influenced the performance of the strain. When the molar concentrations of NH4+ were equal for the two salt, the inhibitory effect on degradation of whole feathers was similar. Entirely different from other reported feather-degrading strains showing a preference to melanin-free feather substrates, the strain isolated in this study could degrade melanin-containing feather equally efficiently, and higher protease activity could be detected in the digest mix. As a plus, the strain could degrade feathers in rice wash produced in daily cooking, indicating its potential use in the simultaneous treatment of rice cooker wastewater produced by a rice processing plant. All these results imply that the FDB-10 is a strain with great potential in the biodegradation of feather waste

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Safety, functional properties and technological performance in whey-based media of probiotic candidates from human breast milk

We aimed at isolating and characterising microorganisms present in human breast milk with probiotic potential. In an 8-week postpartum sampling period, two strains of bifidobacteria (Bifidobacterium longum LM7a and Bifidobacterium dentium LM8a') and four strains of lactobacilli were isolated, all during the first 4-week postpartum. B. longum LM7a and B. dentium LM8a', together with four strains previously isolated from breast milk (Bifidobacterium lactis INL1, INL2, INL4 and INL5), were considered for further studies. Susceptibility of the strains to tetracycline, erythromycin, clindamycin, streptomycin, vancomycin and chloramphenicol was evaluated and the isolates exhibited, in general, the same properties as previously reported for bifidobacteria. All isolates showed low hydrophobicity and B. lactis and B. longum strains had satisfactory resistance to gastric digestion and bile shock, but not to pancreatin. B. lactis INL1, B. longum LM7a and B. dentium LM8a' were selected for some comparative technological studies. In particular, B. lactis INL1 displayed technological potential, with satisfactory growth in cheese whey-based media in biofermentor and resistance to freeze-drying, accelerated storage conditions and simulated gastric digestion

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Comparación de medios de cultivo selectivos para el aislamiento de especies del Taxón K perteneciente al complejo Burkholderia cepacia / Comparison of selective culture media for the isolation of Taxon K species belonging to the Burkholderia cepacia complex

Objetivo: Dentro del complejo Burkholderia cepacia (cBc), el Taxón K, integrado por B. contaminans y B. lata, es frecuentemente aislado de muestras clínicas e industriales. Los métodos para aislar bacterias del cBc están consensuados en el ámbito clínico pero no para muestras de origen industrial y tampoco hay información documentada sobre la capacidad de recuperación de los medios de cultivo frente a especies del Taxón K. Dada la importancia del uso correcto de medios selectivos para la recuperación de microorganismos, el objetivo de este trabajo fue comparar el agar Trypan Blue-Tetraciclina (TB-T), el agar selectivo para Burkholderia cepacia (BCSA) y el BCSA comercial modificado (BCSAm) en el aislamiento de cepas del Taxón K. Métodos: empleamos el método ecométrico utilizado en el control de calidad de medios de cultivo. Analizamos criterios de productividad, selectividad y especificidad frente a cepas de referencia del cBc, aislamientos clínicos e industriales del Taxón K y cepas de otras especies. Resultados: no se observaron diferencias de productividad y selectividad entre los medios BCSA. Con ambos se obtuvo adecuada productividad y selectividad parcial por permitir el crecimiento de especies taxonómicamente cercanas al cBc. El medio TB-T presentó menor productividad (especialmente con B. contaminans) y menor selectividad. Por otra parte, no se observaron diferencias atribuibles al origen clínico o industrial de los aislamientos. Conclusión: los resultados permiten sugerir al BCSA o BCSAm como los medios selectivos de elección para el aislamiento del Taxón K, tanto en muestras de origen clínico como industrial

Objective: Within the Burkholderia cepacia complex (Bcc), the so called Taxon K, integrated by B. contaminans and B. lata, is frequently isolated from clinical and industrial samples. There is consensus in the use of culture media for the isolation of Bcc from clinical origin but not for industrial samples. By the other side there is no documented information about the performance of culture media recovering Taxon K species. Regarding the importance of the proper use of selective media in the recovery of microorganisms from clinical and industrial samples, the objective of this work was to compare Trypan Blue-Tetracycline agar (TB-T), Burkholderia cepacia selective agar (BCSA) and commercial modified Burkholderia cepacia selective agar (BCSAm) in the isolation of Taxon K strains. Methods: we employed the ecometric method for culture media quality control. Productivity, selectivity and specificity criteria were analyzed by testing Bcc reference strains, clinical and industrial Taxon K isolates and non Bcc strains. Results: no differences in terms of productivity and selectivity were observed between BCSA and BCSAm. Both medium, displayed adequate productivity and partial selectivity since the growth of non Bcc isolates was observed. Productivity (especially with B. contaminans isolates) and selectivity in TB-T was lower than BCSA medium. No differences were observed related to the clinical or industrial origin of isolates. Conclusion: results allow us to suggest BCSA or BCSAm selective media for the isolation of Taxon K strains in clinical or industrial samples

Uso de la miel de Apis mellifera en agar base para diferenciar cepas bacterianas con característica oxidativa-fermentadora / Use of honey of Apis mellifera on base agar to differentiate bacterial strains with oxidative-fermenting characteristic

Objetivo: Evaluar el uso de la miel de Apis mellifera (miel de abeja) en agar base como diferenciador de oxidante-fermentador de carbohidratos en cepas de Escherichia coli ATCC 25922 y Pseudomonas aeruginosa ATCC 29212. Métodos: Se realizó un tamizaje fitoquímico preliminar de la miel de abeja. Para evaluar el uso del agar con miel de abeja como diferenciador oxidativo-fermentador, se emplearon 96 tubos de cultivo que contienen 10 mL de agar base aleatorizadas y divididas en cuatro grupos de 24 tubos: grupo I agar base con miel y Escherichia coli ATCC 25922, grupo II agar base con miel y Pseudomonas aeruginosa ATCC 29212, grupo III agar OF (Basal Medium acc. To Hugh and Leifson, Merck) con Escherichia coli ATCC 25922, y el grupo IV agar OF con Pseudomonas aeruginosa ATCC 29212; siendo el agar OF estándar. Se consideraron dos criterios de evaluación: Oxidación y Fermentación de los carbohidratos. Resultados: La miel de abeja presenta alcaloides, triterpenoides y compuestos fenólicos. Se determinó el calificativo de Bueno (100%) para el agar con miel de abeja y Escherichia coli ATCC 25922, y agar con miel de abeja y Pseudomonas aeruginosa ATCC 29212; comparado con el agar OF. Conclusión: El uso del agar con miel de Apis mellifera (miel de abeja) ha evidenciado ser bueno como alternativa al agar OF (Basal Medium acc. To Hugh and Leifson) para diferenciar Escherichia coli ATCC 25922 y Pseudomonas aeruginosa ATCC 29212 como oxidantes y fermentadoras de carbohidratos

Objective: To evaluate the use of Apis mellifera (honey) on base agar as an oxidant-carbohydrate fermentor differentiator in strains of Escherichia coli ATCC 25922 and Pseudomonas aeruginosa ATCC 29212. Methods: Preliminary phytochemical screening of honey was carried out. Using agar with bee honey as an oxidative-fermenter differentiator, use 96 culture tubes containing 10 ml of randomized base agar and divided into four groups of 24 tubes: group I base agar with honey and Escherichia coli ATCC 25922, group II agar base with honey and Pseudomonas aeruginosa ATCC 29212, group III agar OF (basal medium according to Hugh and Leifson, Merck) with Escherichia coli ATCC 25922, and group IV agar OF with Pseudomonas aeruginosa ATCC 29212; being the standard OF agar. Two evaluation criteria were considered: Oxidation and Fermentation of carbohydrates. Results: Bee honey has alkaloids, triterpenoids and phenolic compounds. The qualifier of Good (100%) was determined for the grip with honey and Escherichia coli ATCC 25922, and agar with honey and Pseudomonas aeruginosa ATCC 29212; compared with the agar OF. Conclusion: The use of agar with honey of Apis mellifera has been shown as good as an alternative to agar OF (Basal medium according to Hugh and Leifson) to differentiate Escherichia coli ATCC 25922 and Pseudomonas aeruginosa ATCC 29212 as oxidants and carbohydrate fermenters

Actualización de los métodos de estudio de sensibilidad in vitro a los antifúngicos / Updating of in vitro antifungal susceptibility tests

Las infecciones fúngicas, incluyendo aquellas producidas por hongos que pueden ser resistentes o multirresistentes a los antifúngicos, representan un serio problema de salud pública. La información sobre la sensibilidad de estos microorganismos a los distintos antifúngicos debe ser analizada lo más rápidamente posible para ayudar a los profesionales clínicos a instaurar un tratamiento adecuado. Desafortunadamente, las pruebas de sensibilidad a los antifúngicos no están tan desarrolladas ni implementadas como las de los antibacterianos, que son similares tanto en su diseño como en su precisión y reproducibilidad, pero laboriosas y lentas. En este artículo realizamos una revisión de los métodos de estudio de sensibilidad in vitro, tanto los de referencia (CLSI y EUCAST) como los comerciales y los nuevos métodos basados en la proteómica (MALDI-TOF MS) y en la detección de genes de resistencia por técnicas de amplificación de ácidos nucleicos. Además, se comentan los nuevos puntos de corte clínicos establecidos recientemente, así como los puntos de corte epidemiológicos, que se trata de una nueva categoría que puede ayudar a identificar de manera precoz las cepas aisladas que han adquirido mecanismos de resistencia. También se comentan las ventajas y las limitaciones de cada uno de los métodos revisados. Por tanto, puede concluirse que, aunque se ha avanzado mucho en los estudios de sensibilidad in vitro a los antifúngicos, aún existen limitaciones en su aplicación en la práctica diaria de un laboratorio de microbiología aunque parece que el futuro es esperanzador con las nuevas tecnologías basadas en la proteómica y en la amplificación de los ácidos nucleicos. Información sobre el suplemento: este artículo forma parte del suplemento titulado "Programa de Control de Calidad Externo SEIMC. Año 2016", que ha sido patrocinado por Roche, Vircell Microbiologists, Abbott Molecular y Francisco Soria Melguizo, S.A

Fungal diseases, including those caused by (multi)drug-resistant fungi, still represent a global public health concern. Information on the susceptibility of these microorganisms to antifungal agents must be quickly produced to help clinicians initiate appropriate antifungal therapies. Unfortunately, antifungal susceptibility tests are not as developed or widely implemented as antibacterial tests, being similar in design, accuracy and reproducibility, but also laborious and slow. In this article, we review the methods of in vitro susceptibility testing, both reference (CLSI and EUCAST), commercial and new methods based on proteomics (MALDI-TOF MS) and in the detection of resistance genes by nucleic acid amplification techniques. In addition, we discuss the newly established clinical breakpoints, as well as the epidemiological cut-off points, which constitute a new category that can help in the early identification of isolates that have acquired resistance mechanisms. We also discuss the advantages and limitations of each of the methods studied. Therefore, we can conclude that, although there has been much progress in studies of in vitro susceptibility testing to antifungals, there are still limitations in its application in the daily routine of microbiology labo-ratories, although it seems that the future is promising with the new technologies based on proteomics and nucleic acid amplification. Supplement information: This article is part of a supplement entitled "SEIMC External Quality Control Programme. Year 2016", which is sponsored by Roche, Vircell Microbiologists, Abbott Molecular and Francisco Soria Melguizo, S.A

Recogida, transporte y procesamiento general de las muestras en el laboratorio de Microbiología / Collection, transport and general processing of clinical specimens in Microbiology laboratory

La interpretación y el rigor de los resultados microbiológicos siguen dependiendo en gran medida de la calidad de las muestras y el procesamiento de las mismas dentro del Servicio de Microbiología. Conocer el tipo de muestra, el momento adecuado y la manera de obtención, su conservación y transporte determinará la rentabilidad de la misma en el proceso infeccioso. En este sentido, la disponibilidad de nuevas técnicas dentro del laboratorio y el manejo, cada vez menos excepcional, de muestras con sospecha de infección por patógenos no habituales nos obligan a revisar y actualizar todos los pasos implicados en el procesamiento de las muestras. Hoy día, la automatización del laboratorio y la amplia variedad de técnicas rápidas utilizadas han hecho que el diagnóstico microbiológico tenga la rapidez y precisión necesaria para realizar un diagnóstico de calidad y clínicamente relevante; sin olvidar que, en todos los casos, la información clínica es necesaria y de vital importancia para que el microbiólogo pueda aplicar las técnicas diagnósticas disponibles de la manera más eficiente

The interpretation and the accuracy of the microbiological results still depend to a great extent on the quality of the samples and their processing within the Microbiology laboratory. The type of specimen, the appropriate time to obtain the sample, the way of sampling, the storage and transport are critical points in the diagnostic process. The availability of new laboratory techniques for unusual pathogens, makes necessary the review and update of all the steps involved in the processing of the samples. Nowadays, the laboratory automation and the availability of rapid techniques allow the precision and turn-around time necessary to help the clinicians in the decision making. In order to be efficient, it is very important to obtain clinical information to use the best diagnostic tools

Microbiota en teléfonos móviles de médicos oftalmólogos / Microbiota in mobile phones of medical ophthalmologist

Objetivo: Determinar la microbiota en teléfonos móviles utilizados durante la consulta oftalmológica por parte del personal médico, de los pacientes y de los familiares. Métodos: Se analizaron los teléfonos celulares del personal médico y de los pacientes y/o los familiares en el área de consulta de la especialidad. Se realizó una encuesta para evaluar el patrón de uso y la desinfección de los teléfonos móviles. Se tomó una muestra de raspado de los celulares. Las muestras obtenidas fueron inoculadas en medios de cultivo y se incubaron a 37 °C durante 24 h. Se identificó género y especie en los cultivos positivos y se analizaron los resultados obtenidos utilizando estadística descriptiva. Resultados: Se analizaron 71 teléfonos celulares del personal médico y 52 de los pacientes y/o los familiares. Los microorganismos aislados en los teléfonos celulares de los médicos oftalmólogos fueron: estafilococos coagulasa negativa (ECN) 50%, Staphylococcus aureus 32,4%, enterobacterias 4,2%, actinomicetos 4,2 y 9,8% resultaron negativos. Por otro lado, en los teléfonos celulares de los pacientes y los familiares, los microorganismos aislados fueron Staphylococcus aureus 75%, estafilococos coagulasa negativa (ECN) 24% y enterobacterias 1%. Conclusiones: Los resultados obtenidos muestran que los teléfonos celulares, tanto del personal médico como de los pacientes y sus familiares, contienen bacterias consideradas patógenas que podrían establecer una infección. Es relevante establecer una práctica rutinaria de limpieza del teléfono celular y concienciar a la población de los hábitos de higiene, puesto que en ellos queda el cuidado de sus ojos después de la consulta

Objective: To determine the microbiota of mobile phones used during the ophthalmological consultation by medical personnel, patients, and family members. Methods: An analysis was made on the mobile phones of the medical staff and of patients and/or family members in the area of clinical specialty. A survey was conducted to evaluate the pattern of use and disinfection of mobile phones. A smear sample was taken from the mobile phones. The specimens obtained were inoculated in culture media and incubated at 37 °C for 24 hours. Genus and species were identified in the positive cultures and the results obtained were analysed using descriptive statistics. Results: An analysis was made on 71 mobile phones of medical personnel and 52 from patients and/or family members. The microorganisms isolated in the mobile phones of the ophthalmologists were: coagulase-negative staphylococci 50%, Staphylococcus aureus 32.4%, enterobacteria 4.2%, Actinomycetes 4.2%, and 9.8% were negative. On the other hand, in the phones of patients and relatives, the isolated microorganisms were Staphylococcus aureus 75%, coagulase-negative staphylococci 24%, and enterobacteria 1%. Conclusions: The results obtained show that mobile phones, both of the medical staff and of the patients and their relatives, contain bacteria considered pathogenic that could cause an infection. It is important to establish a routine practice of cleaning mobile phones and to make the population aware of hygiene habits, since they are responsible for the care of their eyes after consultation

Perfil bacteriológico de superficies y equipos en un servicio de Fisioterapia / Bacteriological profile of surfaces and equipment in a Physiotherapy Unit

Objetivo: Determinar el perfil bacteriológico en superficies de trabajo, aditamentos y equipos del área de Fisioterapia de una institución prestadora de salud de nivel 1 de complejidad en salud de la ciudad de Popayán, Cauca, Colombia, durante el mes de diciembre del 2015. Métodos: Se realizó un estudio descriptivo a partir de la toma de 13 muestras elegidas al azar entre superficies de trabajo, aditamentos y equipos del área de fisioterapia, el aislamiento se realizó a partir de medios de cultivos no selectivos y la identificación bacteriana por técnicas manuales. Resultados: De 13 muestras obtenidas, el 38,5 por mil fueron negativas y el 61,5 por mil fueron positiva, en las cuales en el 53,9 por mil se encontraron estafilococos coagulasa negativa y en el 7,6 por mil se aísla Micrococcus sp. y Bacillus sp. Conclusiones: La desinfección de las superficies de trabajo, aditamentos y equipos debe realizarse con un agente de mayor eficacia y potencia contra bacterias grampositivas, a fin de reducir contaminación de material inertes y posibles infecciones cruzadas

Objective: To determine the bacteriological profile in work areas, fittings, and equipment of the Physiotherapy area of Popayán, Cauca, Colombia. Methods: A descriptive study was performed based on 13 randomly selected samples from work surfaces, fittings, and equipment in the physiotherapy area. The isolation was performed using non-selective culture media, and bacterial identification was by using manual techniques. Results: Of the 13 samples obtained, 38.5 per-mille were negative and 61.5 per-mille were positive, in which 53.9 per-mille were coagulase negative staphylococcus, and 7.6 per-mille isolated Micrococcus sp. and Bacillus sp. Conclusions: Disinfection of work surfaces, fixtures and equipment should be performed with a more effective and potent agent against gram-positive bacteria, in order to reduce contamination of inert material and possible cross-infection

Resistencia a los medicamentos del Mycobacterium Leprae detectados en cultivo de almohadilla plantar de ratón entre 1997 y 2013 en Malasia / No disponible

Antecedentes: Después de tres décadas de implementación de la multiterapia (MDT), consistente en una combinación de rifampicina, dapsona y clofazimina, en Malasia la aparición de resistencia farmacológica del Mycobacterium leprae constituye una preocupación, ya que puede llevar al fracaso del tratamiento y la recidiva de la enfermedad. Objetivos: Determinar el modelo de resistencia farmacológica del M. leprae en Malasia. Métodos: Se analizaron los cultivos en almohadilla plantar de ratón (MFP) de todas las biopsias cutáneas de pacientes con lepra borderline lepromatosa y lepra lepromatosa enviados a la Unidad de la Lepra, Laboratorio Nacional de Salud Publica, Sungai Buloh, Malasia, entre 1997-2013. Resultados: Se realizaron 651 cultivos MFP. La edad media de los pacientes fue de 41 anos (rango: 6-88). La proporción varón/hembra era de 3·8:1. Cuatrocientos cuarenta y cuatro pacientes (69·1%) eran malayos. La proporción de M. leprae positivo en cultivo era del 66·6% (433 of 651). El Índice Bacteriologico (IB) y el Índice Morfológico (IM) promedios para los cultivos positivos fue de 3·7 and 2·8 respectivamente. El IB y el IM de los que no crecieron en la MFP eran significativamente menores que los que presentaban cultivos positivos (P < 0·001). La dapsona presento el mayor índice de resistencia del 55% (238 of 433). Sin embargo, el elevado grado de resistencia a la dapsona (0·01%) fue de 6·24%. Hubo 407 MFP con rifampicina 0·003% y 12 (2·9%) resultaron resistentes a la misma. La clofazimina presento el menor grado de resistencia intermedia (0·001%) que fue del 0·2% (1 of 429). No había diferencias significativas entre el patrón de resistencia y género o nacionalidad de los pacientes. Conclusiones: Mas de la mitad de los cultivos MFP presentaron resistencia de baja intensidad a la dapsona; menos del 3% eran resistentes a la rifampicina y la resistencia a la clofazimina resulto muy baja

Background: After three decades of implementing multidrug therapy (MDT) consisting of rifampicin, dapsone and clofazimine in Malaysia, the drug resistance pattern of Mycobacterium leprae is a growing concern as it may lead to failure of treatment and relapse of disease. Objective: To determine the drug resistance patterns of M. leprae in Malaysia. Methods: Mouse footpad (MFP) culture of all skin biopsy samples from patients with borderline lepromatous and lepromatous leprosy sent to the Leprosy Unit, National Public Health Laboratory, Sungai Buloh, Malaysia between 1997-2013 were retrospectively studied. Results: There were 651 MFP cultures performed. The mean age of patients was 41 years old (range: 6-88). The male: female ratio was 3·8:1. Four hundred and forty four patients (69·1%) were Malaysian. The rate of positive M. leprae culture was 66·6% (433 of 651). The mean Bacteriological Index (BI) and median Morphological Index (MI) for those with positive culture were 3·7 and 2·8 respectively. The mean BI and MI of those which failed to grow in the MFP were significantly lower than those with positive cultures (P < 0·001). Dapsone has the highest resistance rate of 55% (238 of 433). Nevertheless, high degree dapsone resistance (0·01%) was 6·24%. There were 407 MFP tests using rifampicin 0·003% and 12 (2·9%) were resistant to it. Clofazimine has the lowest intermediate degree (0·001%) resistance rate of 0·2% (1 of 429). There were no significant differences between the drug resistance pattern and the gender or the nationality of the patients. Conclusion: More than half of our positive MFP cultures showed low-level resistance to dapsone; less than 3% were resistant to rifampicin, and clofazimine resistance remained very low

Diagnóstico microbiológico de la tuberculosis. 20 años en la provincia de Soria. Rendimiento y oportunidades básicas de mejora / (Microbiological diagnosis of tuberculosis. 20 years in the province of Soria. Performance and basic opportunities of improvement

Introducción. El objetivo del estudio fue conocer los datos relativos al diagnóstico microbiológico de la tuberculosis en la provincia de Soria, así como analizar la rentabilidad diagnóstica de las técnicas utilizadas y la utilización del laboratorio de microbiología en lo que concierne a la tuberculosis. Métodos. Se diseñó un estudio observacional, descriptivo y retrospectivo, incluyendo todos los pacientes con tuberculosis de cualquier localización que tuviesen su residencia en la provincia de Soria. El periodo de estudio abarcó los casos diagnosticados entre 1994 y 2013 realizando seguimiento durante 24 meses tras el inicio del tratamiento. Resultados. Se detectaron 337 pacientes durante el periodo estudiado. En más del 3% de los pacientes no se envió ninguna muestra al laboratorio de microbiología, porcentaje que ascendió al 23% en tuberculosis osteoarticulares y 33% en tuberculosis linfáticas. Se obtuvo confirmación microbiológica en el 80% y la baciloscopia fue positiva en el 32%. Las muestras se sembraron en medios sólidos y líquidos; el 10% de las cepas sólo se aislaron en un tipo de medio. El porcentaje de cepas resistentes a isoniazida fue de 2,9%, se detectó una cepa multirresistente (0,3%) y una cepa con resistencia únicamente a rifampicina (0,3%). De todos los pacientes bacilíferos con seguimiento, no se envió ninguna muestra para estudiar la negativización en el 36%. Conclusión. Destaca la necesidad de mantener el cultivo combinado en medios líquidos y sólidos. Es necesario potenciar el uso del laboratorio de microbiología, enviando todas las posibles muestras diagnósticas y realizando controles bacteriológicos de seguimiento para objetivar la curación

Introduction. The aim of the study was to describe the bacteriological diagnosis of the tuberculosis in the province of Soria (Spain), as well as to analyse the techniques diagnostic performance and the use of the microbiology laboratory regarding tuberculosis. Methods. An observational, descriptive and retrospective study was designed, including all patients with tuberculosis of any location that had their residence in the province of Soria. The period of study included patients diagnosed between 1994 and 2013 and a 24 months follow-up after the beginning of treatment was realized. Results. A total of 337 patients were detected during the studied period. No sample was sent to the microbiology laboratory in more than 3% of the patients (23% in skeletal tuberculosis and 33% in lymphatic tuberculosis). Bacteriological confirmation was obtained in 80% and 32% were smear-positive. Specimens were culture on solid and in liquid media; 10% of the strains were only isolated in one type of media. There were 2.9% isoniazid-resistant strains, 0.3% multi-drug resistant strains, and 0.3% rifampicin-resistant strains. A total of 36% of smear-positive pulmonary tuberculosis patients had no specimens sent for a follow-up study. Conclusion. It is essential to combine the use of a liquid and a solid medium. Physicians should be encouraged to submit specimens for mycobacteriological diagnostic and follow-up

Recuperación de episodios de infección por Clostridium difficile tras la aplicación de un documento de consenso / Recovery from episodes of Clostridium difficile infection following the implementation of a consensus document

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Utilidad de la punción lumbar y el urocultivo en el estudio de la fiebre sin foco en niños menores de 1 mes en el servicio de urgencias pediátricas: estudio descriptivo / Utility of lumbar puncture and urine culture for the study of fever without source in neonates in pediatric emergency departments: A descriptive study

Introducción: La fiebre sin foco en el recién nacido constituye un motivo de consulta frecuente en los servicios de urgencias pediátricas. En los últimos años han surgido diferentes enfoques sobre su manejo, y se tiende a un abordaje conservador en cuanto a la realización de exploraciones complementarias. Materiales y métodos: Estudio descriptivo retrospectivo de las historias clínicas de los menores de 1 mes atendidos en nuestro servicio de urgencias pediátricas por fiebre sin foco durante los años 2011-2013. Resultados: Se analizaron 146 casos. Se realizó urocultivo en el 98,6% de los casos y un cultivo del líquido cefalorraquídeo (LCR) en el 91,1%. En el 13,6%, el urocultivo resultó positivo, y el microorganismo más frecuente fue Escherichia coli (75%). El 28,8% presentó un LCR positivo, lo que supone el 95,2% de los casos de infecciones por enterovirus, sin aislarse ningún agente bacteriano. Hemos encontrado una relación estadísticamente significativa (p < 0,002) entre los pacientes que presentaron valores más elevados de temperatura y los cultivos de LCR positivos para enterovirus, así como entre los que presentaron mayores recuentos de leucocitos en sangre con cultivo de orina y LCR patológicos (p < 0,001 y p = 0,019, respectivamente). Conclusión: Los neonatos febriles suponen un grupo de riesgo para el desarrollo de una infección bacteriana grave, por lo que es importante realizar una búsqueda etiológica exhaustiva, con estudio de sangre, orina y LCR, independientemente de su rango de edad. La indicación de las exploraciones complementarias no puede basarse exclusivamente en los hallazgos obtenidos en la anamnesis y la exploración física (AU)

Introduction: Unexplained fever in newborn infants represents a common visit to the pediatric emergency departament (ED). In the last few years different views about its management had arosen, with a tendency towards being conservative about complementary exams. Materials and methods: Descriptive, retrospective study based on clinical data of newborn infants (less than 1 month old) in our ED department with unexplained fever between 2011-2013. Results: Data for 146 patients were analyzed. Urine culture was done in 98.6% of the patients and cerebrospinal fluid culture in the 91.1%. Urine culture turned out positive in the 13.6%, being Escherichia coli the most common microorganism (75%). In the 28.8% of the cases, the sample of cerebrospinal fluid turned up positive, assuming in the 95.2% of the cases, enterovirus infections without a bacterial agent being isolated. We have found a statistical significative relation (p < 0.002) between patients with higher temperature levels and cerebrospinal fluid positive cultures for enterovirus as well as between the ones with higher white blood cell count with positive cerebrospinal fluid and urine cultures (p < 0.001 y p = 0.019, respectively). Conclusion: Febrile newborn infants are a risk group for developing serious bacterial infections, highlighting the importance of an exhaustive etiological study, with blood, urine and cerebrospinal fluid studies, regardless their age group. The indication of complementary exams must not be based only on anamnesis or physical examination (AU)

Actualización en técnicas para diagnóstico microbiológico de infecciones fúngicas / Microbiological diagnosis of fungal infections: an update

Durante los últimos años se ha producido un incremento constante de las infecciones fúngicas, especialmente en pacientes inmunocomprometidos y sometidos a terapias invasivas, en los que un diagnóstico precoz es importante para su tratamiento y evolución debido a la alta mortalidad ocasionada por estas infecciones. Dadas las limitaciones del diagnóstico clásico, basado en la recuperación, cultivo y estudio de las características macroscópicas y microscópicas del hongo, se están desarrollando y aplicando nuevas técnicas basadas en la detección de diferentes metabolitos, antígenos y ácidos nucleicos fúngicos, así como anticuerpos producidos en respuesta a la infección, que facilitan el diagnóstico rápido de estas infecciones, en especial cuando varias de estas técnicas se utilizan combinadas. Algunos de estos nuevos métodos, en general dotados de buena sensibilidad y fiabilidad, requieren metodologías complejas, personal experimentado y están disponibles en muy pocos laboratorios. El presente trabajo muestra una revisión de las técnicas disponibles y otras en desarrollo para el diagnóstico de las infecciones fúngicas, su utilidad clínica y su posibilidad de utilización de forma rutinaria por los laboratorios clínicos y/o la necesidad de contar con laboratorios de referencia (AU)

Recent years have seen an increase in fungal infections, especially in immunocompromised patients undergoing invasive therapy. Conventional diagnosis methods based on culture are labour-intensive, time-consuming, have variable sensitivity, and in some cases are infeasible due to clinical factors. New assays such as detection of different metabolites, antigens, fungal nucleic acids and antibodies play an important role in the diagnosis and monitoring of response to therapy, especially when several of these techniques are used in combination. Some of these new methods with good sensitivity and reliability require complex methodologies, experienced personnel and are available in very few clinical laboratories. We present a review of the available techniques and other investigational platforms that have recently emerged as promising tools for the diagnosis of fungal infections, their clinical utility and their potential routine use in clinical laboratories and/or the need to rely on reference laboratorios (AU)

Urinary tract infection in the oldest old: a work overload for the microbiology laboratory / Infecciones del tracto urinario en los más mayores: una sobrecarga para el laboratorio de Microbiología

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