Genotype x environment interaction for reproductive traits in Brazilian Nellore breed cattle / Interação Genotipo x Ambiente para características reprodutivas em bovinos da raça Nelore no Brasil

The objective of this study was to evaluate the effect of the genotype-environment interaction (GEI) for scrotal circumference traits measured at different ages, 365 (SC365), 450 (SC450) and 550 (SC550) days of age, and age at first calving (AFC) for Nellore animals raised in different regions of Brazil. For the evaluation, the herds were grouped in the following regions of the country: North, Southeast and Central-west, using information from 26,619, 28,730, 14,476, 15,397 for the traits SC365, SC450, SC550 and AFC respectively. Genetic parameters, as well as the assessment of GEI were performed using Bayesian inference, using the programs of the BLUPF90. The estimated heritabilities were: 0.465 ± 0.021, 0.500 ± 0.022, 0.492 ± 0.026, 0.117 ± 0.017 for SC365, SC450, SC550 and AFC respectively. The results obtained in the analysis, indicated that this interaction was not significant for SC at different ages (genetic correlation, rg> 0.8). For AFC, significant effect of GEI was observed for combinations involving the Northern region (rg<0.8), indicating that this interaction should be considered by the genetic evaluation programs in this region.(AU)

O presente estudo teve como objetivo avaliar o efeito da interação genotipo-ambiente (IGA) para as características perímetro escrotal mensurado em diferentes idades, 365 (PE365), 450 (PE450) e 550 (PE550) dias de idade, e da idade ao primeiro parto (IPP) para animais da raça Nelore criados em diferentes regiões do Brasil. Para a avaliação foram agrupados os rebanhos dos diferentes estados do país, nas seguintes regiões: Norte, Sudeste e Centro-Oeste, sendo utilizados informações de 26619, 28730, 14476, 15397 para as características PE365, PE450, PE550 e IPP respectivamente. Os parâmetros genéticos, assim como, a avaliação da IGA foi realizada utilizando a inferência Bayesiana, com uso dos programas BLUPF90. As herdabilidades estimadas foram: 0,465 ± 0,021, 0,500 ± 0,022, 0,492 ± 0,026, 0,117 ± 0,017 para PE365, PE450, PE550 e IPP respectivamente. Os resultados obtidos indicaram que a interação não foi significativa sobre o perímetro escrotal avaliado nas diferentes idades (correlação genética, rg>0,8). No entanto, para a IPP foi evidenciado efeito significativo da IGA para as combinações envolvendo a região Norte (rg< 0,8), indicando que esta interação é significativa devendo ser considerada pelos diferentes programas de avaliação genética da raça,para os animais criados nesta região.(AU)

Genotype x environment interaction for reproductive traits in Brazilian Nellore breed cattle / Interação Genotipo x Ambiente para características reprodutivas em bovinos da raça Nelore no Brasil

The objective of this study was to evaluate the effect of the genotype-environment interaction (GEI) for scrotal circumference traits measured at different ages, 365 (SC365), 450 (SC450) and 550 (SC550) days of age, and age at first calving (AFC) for Nellore animals raised in different regions of Brazil. For the evaluation, the herds were grouped in the following regions of the country: North, Southeast and Central-west, using information from 26,619, 28,730, 14,476, 15,397 for the traits SC365, SC450, SC550 and AFC respectively. Genetic parameters, as well as the assessment of GEI were performed using Bayesian inference, using the programs of the BLUPF90. The estimated heritabilities were: 0.465 ± 0.021, 0.500 ± 0.022, 0.492 ± 0.026, 0.117 ± 0.017 for SC365, SC450, SC550 and AFC respectively. The results obtained in the analysis, indicated that this interaction was not significant for SC at different ages (genetic correlation, rg> 0.8). For AFC, significant effect of GEI was observed for combinations involving the Northern region (rg<0.8), indicating that this interaction should be considered by the genetic evaluation programs in this region.

O presente estudo teve como objetivo avaliar o efeito da interação genotipo-ambiente (IGA) para as características perímetro escrotal mensurado em diferentes idades, 365 (PE365), 450 (PE450) e 550 (PE550) dias de idade, e da idade ao primeiro parto (IPP) para animais da raça Nelore criados em diferentes regiões do Brasil. Para a avaliação foram agrupados os rebanhos dos diferentes estados do país, nas seguintes regiões: Norte, Sudeste e Centro-Oeste, sendo utilizados informações de 26619, 28730, 14476, 15397 para as características PE365, PE450, PE550 e IPP respectivamente. Os parâmetros genéticos, assim como, a avaliação da IGA foi realizada utilizando a inferência Bayesiana, com uso dos programas BLUPF90. As herdabilidades estimadas foram: 0,465 ± 0,021, 0,500 ± 0,022, 0,492 ± 0,026, 0,117 ± 0,017 para PE365, PE450, PE550 e IPP respectivamente. Os resultados obtidos indicaram que a interação não foi significativa sobre o perímetro escrotal avaliado nas diferentes idades (correlação genética, rg>0,8). No entanto, para a IPP foi evidenciado efeito significativo da IGA para as combinações envolvendo a região Norte (rg< 0,8), indicando que esta interação é significativa devendo ser considerada pelos diferentes programas de avaliação genética da raça,para os animais criados nesta região.

Avaliação geoclimática do nordeste do Brasil e sua adequação para criação de bovinos de corte / Geoclimatic evaluation of the Northeast Region of Brazil and its suitability for breeding beef cattle

Com o objetivo de caracterizar a diversidade geoclimática da região Nordeste do Brasil e sua adequação à criação de bovinos de corte, foram avaliadas informações de altitude, precipitação, temperatura média anual, umidade relativa do ar e índice de temperatura e umidade de 94 municípios. Para a verificação da importância das variáveis supracitadas e melhor avaliação da divergênciaentre os estados, foi realizada uma análise multivariada dos dados. Utilizando dados padronizados foi realizada a análise de variáveis canônicas e a análise de agrupamento pelo método Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA), utilizando os programas SAS e GENES. Os resultados mostraram que as duas primeiras variáveis canônicas explicaram mais 88% das variações entre os estados, sendo os municípios da Bahia e do Maranhão os que apresentaram maior divergência em relação aos demais. Como resultado da análise de agrupamento, observou-se a formação de dois grupos, sendo o menor grupo, com seis municípios, o que apresentou maior dissimilaridade com relação aos outros da região, mostrando que as variáveis estudadas foram eficazes em discriminar ascidades da região.(AU)

Aiming to evaluate the climatic diversity among the states located in the Northeast Region of Brazil and their adequacy for beef cattleproduction, the altitude, rainfall, average annual temperature, relative humidity, and temperature humidity index data for 94 cities distributed among the states was evaluated. A multivariate data analysis was performed to verify the importance of the variables and better assess the divergence between the states. Utilizing the standardized data, a canonical analysis and a cluster analysis using the Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) algorithm were performed with the SAS and GENES programs. The results showed that the first two canonical variables explained over 88% of the variation among the states, with the cities of Maranhão and Bahia showing the greatest divergence from the other states. The clustering analysis also indicated dissimilarities between a small group of six cities and the other groups in the region. Thus, the variables chosen effectively discriminated between the states located in the Northeast Region of Brazil.(AU)

Avaliação geoclimática do nordeste do Brasil e sua adequação para criação de bovinos de corte / Geoclimatic evaluation of the Northeast Region of Brazil and its suitability for breeding beef cattle

Com o objetivo de caracterizar a diversidade geoclimática da região Nordeste do Brasil e sua adequação à criação de bovinos de corte, foram avaliadas informações de altitude, precipitação, temperatura média anual, umidade relativa do ar e índice de temperatura e umidade de 94 municípios. Para a verificação da importância das variáveis supracitadas e melhor avaliação da divergênciaentre os estados, foi realizada uma análise multivariada dos dados. Utilizando dados padronizados foi realizada a análise de variáveis canônicas e a análise de agrupamento pelo método Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA), utilizando os programas SAS e GENES. Os resultados mostraram que as duas primeiras variáveis canônicas explicaram mais 88% das variações entre os estados, sendo os municípios da Bahia e do Maranhão os que apresentaram maior divergência em relação aos demais. Como resultado da análise de agrupamento, observou-se a formação de dois grupos, sendo o menor grupo, com seis municípios, o que apresentou maior dissimilaridade com relação aos outros da região, mostrando que as variáveis estudadas foram eficazes em discriminar ascidades da região.

Aiming to evaluate the climatic diversity among the states located in the Northeast Region of Brazil and their adequacy for beef cattleproduction, the altitude, rainfall, average annual temperature, relative humidity, and temperature humidity index data for 94 cities distributed among the states was evaluated. A multivariate data analysis was performed to verify the importance of the variables and better assess the divergence between the states. Utilizing the standardized data, a canonical analysis and a cluster analysis using the Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) algorithm were performed with the SAS and GENES programs. The results showed that the first two canonical variables explained over 88% of the variation among the states, with the cities of Maranhão and Bahia showing the greatest divergence from the other states. The clustering analysis also indicated dissimilarities between a small group of six cities and the other groups in the region. Thus, the variables chosen effectively discriminated between the states located in the Northeast Region of Brazil.

Associação e seleção genômica para características relacionadas à eficiência reprodutiva de fêmeas da raça Nelore

As características reprodutivas são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois impõem limites à intensidade de seleção, determinam o intervalo entre gerações e estão diretamente relacionadas com a economia do sistema. Com relação às fêmeas, um desafio é a identificação de características facilmente mensuráveis que sejam geneticamente relacionadas com a fertilidade. Objetivou-se com este estudo detectar polimorfismos de DNA associados a características reprodutivas de fêmeas da raça Nelore, bem como a avaliação de modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos. Para tanto, foram genotipadas 1853 fêmeas nascidas entre 2007 e 2009, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), e após a o controle de qualidade, foram utilizados 305.348 SNPs. No Capítulo 2, aplicou-se o modelo BAYESC? para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características dias para o primeiro parto (DPP) e reconcepção de fêmeas primíparas (REC). Foram encontrados 42 SNPs significativos associados à REC e 13 para DPP. Esses SNPs explicam 11,32% da variância fenotípica da característica reconcepção de fêmeas primíparas e 3,48% da variância fenotípica da característica dias para o primeiro parto. Esses resultados permitirão montar painéis de baixa densidade específicos para a raça Nelore. No Capítulo 3, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores (para as características reconcepção de fêmeas primíparas, dias para o primeiro parto, idade ao primeiro parto e ocorrência de prenhez precoce): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESC? e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). As definições de variável dependente foram: a medida direta do fenótipo; fenótipo corrigido, valor genético e valor

Reproductive traits are fundamental to genetic improvement of beef cattle as they impose limits on the selection intensity, determine the generation interval and are directly related to the economy of the system. With respect to the females, a challenge is to identify traits that are easily measurable and are genetically related to fertility. The objective of this study was to detect DNA polymorphisms associated with reproductive traits in Nellore females, as well as to evaluate models to predict breeding values from genomic data. So, 1853 females born between 2007 and 2009 were genotyped, using high-density SNP Illumina Bovine HD assay ( Illumina , San Diego , CA , USA ), and after quality control , 305,348 SNPs were used. In Chapter 2, BAYESC? was applied to estimate the marker effects and associate them to the traits days to first calving (DFC), and heifers rebreeding (HR). 42 significant SNPs were associated with HRC and 13 to DFCD. These SNPs explain 11.32 % of the phenotypic variance of the trait HR and 3.48 % of the phenotypic variance of the trait DFC. These results will enable to create lowdensity panels specific to Nellore breed. In Chapter 3 , three models were used to estimate the effects of markers ( for traits heifers rebreeding, days to first calving, age at first calving, and occurrence of early pregnancy) : best linear unbiased estimator (GBLUP) BAYESC? and Improved Bayesian least absolute shrinkage and selection operator ( IBLASSO ) . The definitions of the dependent variable were the direct measurement of the phenotype; corrected phenotype, breeding value and deregressed breeding value. BAYESC? was most appropriate for estimation of the effects of SNPs and genomic values for all traits. The estimation of genomic values using the direct measurement of the dependent variable phenotype led to more accurate estimates of the genomic values

Polimorfismos no gene da leptina em novilhas da raça Nelore

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