Your browser doesn't support javascript.
loading
Show: 20 | 50 | 100
Results 1 - 20 de 14.766
Filter
1.
Braz. j. biol ; 83: e247529, 2023. tab, graf
Article in English | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1339345

ABSTRACT

Abstract Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.


Resumo A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu subsequente sequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).


Subject(s)
Archaea/genetics , Phylogeny , RNA, Ribosomal, 16S/genetics , Polymerase Chain Reaction , Sequence Analysis, DNA , DNA Primers/genetics , Genes, rRNA
2.
Health sci. dis ; 24(1): 1-5, 2023. figures, tables
Article in French | AIM | ID: biblio-1411406

ABSTRACT

Introduction. Au Mali, le dépistage de certains virus tels que la dengue, Zika et la fièvre de la vallée du Rift n'est pas systématique au centre national de transfusion sanguine (CNTS). Le risque peut être considérable en raison de leurs courtes périodes de virémie asymptomatique dans la population dont l'incidence est variable et parfois extrêmement élevée. Cette étude avait pour objectif d'explorer la possibilité de transmission de certains arbovirus à travers le don de sang au CNTS de Bamako. Méthodes. Il s'agissait d'une étude transversale, de juillet 2019 à juin 2020 à Bamako. Au total deux cents (200) donneurs de sang du CNTS ont été inclus. Les examens ont été réalisés au Centre d'Infectiologie Charles Mérieux (CICM) de Bamako avec le dépistage du génome des virus responsables de la Dengue, de la fièvre de la Vallée du Rift, et du Zika à l'aide de la technique de la RT-PCR en temps réel. Le Test de Dépistage Rapide (TDR) a été utilisé pour la détection des anticorps IgG et IgM spécifiques de la Dengue. Résultats. Le sexe masculin représente 84% (168/200). Le TDR a détecté 4,5% (9/200) de Dengue IgG positifs et aucun cas de Dengue IgM positif. La technique de RT-PCR n'a détecté aucun des trois virus. Conclusion. Cette étude prouve que le risque de transmission de certains arbovirus à travers le don de sang existe, mais il semble être minime au CNTS de Bamako


Background. In Mali, screening for certain viruses such as dengue, Zika, and Rift Valley fever is not systematic at the national blood transfusion center (CNTS). The risk can be considerable due to their short periods of asymptomatic viremia in the population with variable and sometimes extremely high incidence. The objective of this study was to explore the possibility of transmission of certain arboviruses through blood donation at the CNTS of Bamako. Methods. This was a cross-sectional study, from July 2019 to June 2020 in Bamako. A total of two hundred (200) blood donors from the CNTS were included. The examinations were performed at the Centre d'Infectiologie Charles Mérieux (CICM) in Bamako with the screening of the genome of viruses responsible for Dengue, Rift Valley fever, and Zika using the real-time RT-PCR technique. The Rapid Screening Test (RST) was used for the detection of Dengue-specific IgG and IgM antibodies. Results. Male sex represented 84% (168/200). The RDT detected 4.5% (9/200) of IgG positive Dengue and no IgM positive Dengue cases. The RT-PCR technique did not detect any of the three viruses. Conclusion. This study proves that the risk of transmission of certain arboviruses through blood donation exists, but it seems to be minimal at the CNTS of Bamako.


Subject(s)
Humans , Male , Female , Arboviruses , Rift Valley Fever , Blood Donors , Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction , Dengue , Zika Virus , Polymerase Chain Reaction
3.
J. Health Biol. Sci. (Online) ; 10(1): 1-5, 01/jan./2022. ilus
Article in English | LILACS | ID: biblio-1411474

ABSTRACT

Objective: The study aimed to evaluate molecular and immunological methods and to propose a workflow using them for tuberculosis (TB) diagnosis routine. Methods: A cross-sectional retrospective study was performed, including 121 liquid cultures from a TB laboratory located in the extreme south of Brazil. All cultures were positive for Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) by in-house Polymerase Chain Reaction (PCR) using DNA extracted by the CTAB method (PCR-CTAB) for IS6110 detection. These cultures were subjected to faster tests than this one, the immunological MPT64 assay and the PCR using DNA extracted by thermal lysis method (PCR-TL), and these were evaluated for MTBC identification using PCR-CTAB as a reference method. Results: The sensitivity of MPT64 assay and PCR-TL to identify MTBC in positive cultures by PCR-CTAB were 73.6% (89/121) and 98.3% (119/121), respectively. We proposed a workflow based on the use of MPT64 assay in liquid cultures suggestive of MTBC, and in case of a negative result, we suggest the performance of PCR-TL. The PCR-CTAB is suggested only if faster tests are negative. Conclusions: Methods capable of confirming MTBC in cultures should continue to be standardized, tested, and optimized to meet the ideal requirements of simplicity, quickness, and effectiveness. The molecular and immunological methods evaluated have differences in the execution and detection of MTBC in cultures, but they are rapid tools for laboratory TB diagnosi


Objetivos: O estudo objetivou avaliar métodos molecular e imunológico e propor um fluxo de trabalho utilizando-os para a rotina de diagnóstico da tuberculose (TB). Métodos: Foi realizado um estudo transversal retrospectivo, incluindo 121 culturas líquidas de um laboratório de TB localizado no extremo sul do Brasil. Todas as culturas foram positivas para o complexo Mycobacterium tuberculosis (CMTB) por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) in-house para detecção do IS6110, usando DNA extraído pelo método CTAB (PCR-CTAB). Essas culturas foram submetidas a testes mais rápidos que este, o ensaio imunológico MPT64 e a PCR com DNA extraído pelo método de lise térmica (PCR-LT), e estas foram avaliadas para identificação de CMTB usando PCR-CTAB como método de referência. Resultados: A sensibilidade do ensaio MPT64 e da PCR-LT para identificar o CMTB em culturas positivas pela PCRCTAB foi de 73,6% (89/121) e 98,3% (119/121), respectivamente. Propusemos um fluxo de trabalho baseado no uso do ensaio MPT64 em culturas líquidas sugestivas de CMTB e, em caso de resultado negativo, sugerimos a realização de PCR-LT. Sugere-se a PCR-CTAB apenas se os testes mais rápidos forem negativos. Conclusões: Os métodos capazes de confirmar o CMTB em culturas devem continuar sendo padronizados, testados e otimizados para atender aos requisitos ideais de simplicidade, rapidez e eficácia. Os métodos molecular e imunológico avaliados apresentam diferenças na execução e detecção do CMTB em culturas, mas são ferramentas rápidas para o diagnóstico laboratorial da TB.


Subject(s)
Mycobacterium tuberculosis , Tuberculosis , DNA , Polymerase Chain Reaction , Diagnostic Tests, Routine , Cetrimonium , Mycobacterium
4.
Rev. peru. med. exp. salud publica ; 39(3): 302-311, jul.-sep. 2022. tab, graf
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-1410008

ABSTRACT

RESUMEN Objetivos. Evaluar la exactitud de gota gruesa (GG) frente a la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) cuantitativa para la malaria asociada al embarazo (MAE). Materiales y métodos. Se realizó una revisión sistemática de pruebas diagnósticas en nueve bases de datos. Se evaluó la calidad metodológica con QUADAS. Se estimó sensibilidad, especificidad, cociente de probabilidad positivo (CPP) y negativo (CPN), razón de odds diagnóstica (ORD) y área bajo la curva ROC. Se determinó la heterogeneidad con el estadístico Q de Der Simonian-Laird y la incertidumbre con el porcentaje de peso de cada estudio sobre el resultado global. Resultados. Se incluyeron diez estudios con 5691 gestantes, 1415 placentas y 84 neonatos. En los estudios con nPCR (PCR anidada) y qPCR (PCR cuantitativa) como estándar, los resultados de exactitud diagnóstica fueron estadísticamente similares, con sensibilidad muy baja (50 y 54%, respectivamente), alta especificidad (99% en ambos casos), alto CPP y deficiente CPN. Usando nPCR la OR diagnóstica fue 162 (IC95%=66-401) y el área bajo la curva ROC fue 95%, mientras que con qPCR fueron 231 (IC95%=27-1951) y 78%, respectivamente. Conclusiones. Mediante un protocolo exhaustivo se demostró el bajo desarrollo de investigaciones sobre la exactitud diagnóstica de la GG en MAE. Se demostró que la microscopía tiene un desempeño deficiente para el diagnóstico de infecciones asintomáticas o de baja parasitemia, lo que afianza la importancia de implementar otro tipo de técnicas en el seguimiento y control de las infecciones por malaria en las gestantes, con el fin de lograr el control y posible eliminación de la MAE.


ABSTRACT Objective. To evaluate the accuracy of thick smear (TS) versus quantitative polymerase chain reaction (PCR) for pregnancy-associated malaria (PAM). Materials and methods. We carried out a systematic review of diagnostic tests in nine databases. Methodological quality was evaluated with QUADAS. Sensitivity, specificity, positive likelihood ratio (PLR), negative likelihood ratio (NLR), diagnostic odds ratio (DOR) and area under the ROC curve were estimated. Heterogeneity was determined with the Der Simonian-Laird Q method and uncertainty with the weighted percentage of each study on the overall result. Results. We included 10 studies with 5691 pregnant women, 1415 placentas and 84 neonates. In the studies with nested PCR (nPCR) and quantitative PCR (qPCR) as the standard, the diagnostic accuracy results were statistically similar, with very low sensitivity (50 and 54%, respectively), high specificity (99% in both cases), high PLR and poor NLR. When nPCR was used, the DOR was 162 (95%CI=66-401) and the area under the ROC curve was 95%, while with qPCR it was 231 (95%CI=27-1951) and 78%, respectively. Conclusions. We demonstrated that research on the diagnostic accuracy of TS in PAM is limited. Microscopy showed poor performance in the diagnosis of asymptomatic or low parasitemia infections, which reinforces the importance of implementing other types of techniques for the follow-up and control of malaria infections in pregnant women, in order to achieve the control and possible elimination of PAM.


Subject(s)
Humans , Female , Pregnancy , Polymerase Chain Reaction , Pregnant Women , Systematic Review , Malaria , Meta-Analysis , Diagnosis , Gout
5.
Rev. bras. ortop ; 57(4): 689-696, Jul.-Aug. 2022. tab, graf
Article in English | LILACS | ID: biblio-1394867

ABSTRACT

Abstract Objective To evaluate the sensitivity and specificity of the quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) for 16S rDNA gene screening using sonicated fluid from orthopedic implants. Methods A retrospective study was conducted on 73 sonicated fluids obtained from patients with infection associated with orthopedic implants. The samples were subjected to conventional culture and molecular testing using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) and qPCR for 16S rDNA. The cycle threshold values were used to define a cut-off of the qPCR of the 16S rDNA for negative and positive cultures. Results No statistical differences were observed between the positive and negative culture groups based on the time from the first surgery to infection (p= 0.958), age (p =0.269), or general comorbidities. Nevertheless, a statistical difference was found between the mean duration of antibiotic use before device removal (3.41 versus 0.94; p =0.016). Bacterial DNA was identified in every sample from the sonicated fluids. The median cycle thresholds of the positive and negative cultures were of 25.6 and 27.3 respectively (p< 0.001). As a diagnostic tool, a cycle threshold cut-off of 26.89 demonstrated an area under the curve of the receiver operating characteristic of 0.877 (p≤ 0.001). Conclusion The presence of antimicrobial agents for more than 72 hours decreased culture positivity, but did not influence the qPCR results. Despite this, amplification of the 16S rDNA may overestimate infection diagnosis.


Resumo Objetivo Avaliar a sensibilidade e a especificidade da reação em cadeia de polimerase em tempo real quantitativa (quantitative real-time polymerase chain reaction, qPCR, em inglês) para a triagem do gene rDNA 16S, com a utilização do fluido sonicado de implantes ortopédicos. Métodos Um estudo retrospectivo foi realizado em 73 fluidos sonicados obtidos de pacientes com infecção associada aos implantes ortopédicos. As amostras foram submetidas a cultura convencional e a teste molecular utilizando ionização e dessorção a laser assistida por matriz com espectrometria de massa por tempo de voo (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS, em inglês) e qPCR para o gene rDNA 16S. Os valores limiares do ciclo foram usados para definir um ponto de corte para a qPCR do gene rDNA 16S para culturas negativas e positivas. Resultados Não foram observadas diferenças estatísticas entre os grupos de cultura positiva e negativa com base no tempo desde a primeira cirurgia até a infecção (p= 0,958), na idade (p= 0,269), ou nas comorbidades em geral. No entanto, uma diferença estatística foi encontrada entre a duração média do uso de antibióticos antes da remoção do dispositivo (3,41 versus 0,94; p= 0,016). O DNA bacteriano foi identificado em todas as amostras dos fluidos sonicados. Os limiares do ciclo médio de culturas positivas e negativas foram de 25,6 e 27,3, respectivamente (p< 0,001). Como uma ferramenta de diagnóstico, um corte do limite do ciclo de 26,89 demonstrou uma área sob a curva da característica de operação do receptor de 0,877 (p ≤ 0,001). Conclusão A presença de agentes antimicrobianos por mais de 72 horas diminuiu a positividade da cultura, mas não influenciou os resultados da qPCR. Apesar disso, a amplificação do rDNA 16S pode sobrestimar o diagnóstico de infecção.


Subject(s)
Humans , Prostheses and Implants/microbiology , Sonication , Polymerase Chain Reaction , Retrospective Studies , Infection Control , Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization , Anti-Infective Agents
6.
Rev. bras. ciênc. vet ; 29(3): 148-156, jul./set. 2022. il.
Article in English | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1411236

ABSTRACT

This study aimed to identify potentially pathogenic microorganisms (Listeria innocua, L. seeligeri, L. ivanovii, L. monocytogenes, Staphylococcus aureus, and several virulence genes) in unpasteurized cheese production in the northeastern region of the state of São Paulo, Brazil. Listeria species were detected in 68 (64.14%) out of 106 samples of bovine feces, swabs from milkers' and cheese handlers' hands, milking buckets, raw milk, whey, water, cheese processing surface,s and utensils. All the samples collected at one farm were contaminated with Listeria spp. L. innocua, L. seeligeri, L. ivanovii, or L. monocytogenes were not detected in the samples collected in this study. A set of 391 Staphylococcus spp. isolates were obtained in these samples, from which 60 (15.31%) were identified as S. aureus using PCR (Polymerase Chain Reaction). S. aureus carrying virulence genes (eta, hlg, seg, seh, sei) were detected in milk, in swabs from cheese handler's hands, whey, milk, sieves, buckets, and cheese. The hlg gene (encodes gamma hemolysin) was detected in all the S. aureus isolates. These findings show that poor hygienic practice is associated with a higher risk of pathogenic bacteria in milk or cheese, providing useful information for public health authorities to increase food safety surveillance and prevent the dissemination of pathogens.


O objetivo desse estudo foi identificar microrganismos potencialmente patogênicos (Listeria innocua, L. seeligeri, L. ivanovii, L. monocytogenes, Staphylococcus aureus e diversos genes de virulência) na produção de queijos de leite cru na região noroeste do Estado de São Paulo, Brasil. Listeria foram detectadas em 68 (64,14%) das 106 amostras obtidas de fezes bovinas, suabes das mãos de ordenhadores e queijeiros, baldes, leite cru, soro, água, superfícies e utensílios da produção de queijos. Todas as amostras coletadas em uma fazenda estavam contaminadas com Listeria spp. L. innocua, L. seeligeri, L. ivanovii, e L. monocytogenes não foram detectadas nas amostras coletadas nesse estudo. Um conjunto de 391 isolados de Staphylococcus spp. foram obtidos das amostras, e desses 60 (15,31%) foram identificados como S. aureus pela PCR (Polymerase Chain Reaction). S. aureus contendo genes de virulência (eta, hlg, seg, seh, sei) foram detectados em leite, mãos dos ordenhadores, soro, utensílios e queijos. O gene hlg (gama-hemolisina)foi detectado em todos os isolados de S. aureus.Esses resultados demonstram que práticas inadequadas de higiene estão associadas com um maior risco da presença de bactérias patogênicas no leite e queijos crus, fornecendo informações para as autoridades de saúde pública para incrementarem a vigilância e prevenirem a disseminação de patógenos.


Subject(s)
Staphylococcus aureus , Food Contamination/analysis , Food Hygiene , Cheese/analysis , Polymerase Chain Reaction , Food Safety/methods , Food Microbiology , Listeria
7.
Bol. malariol. salud ambient ; 62(1): 72-82, jun, 2022. ilus, tab
Article in Spanish | LILACS, LIVECS | ID: biblio-1381297

ABSTRACT

La hipersensibilidad de la dentina surge ante la exposición de esta y en respuesta a estímulos de diverso tipo, fundamentalmente de origen térmico, evaporativo, táctil, osmótico o químico. Se realizó una investigación abocada a caracterizar la hipersensibilidad dental de pacientes atendidos en consulta de odontología y la respuesta a determinado dentífrico utilizado. En el análisis de estimulación dental se tomaron 308 mediciones de la sensibilidad dental para todos los participantes (n=22), con 7 factores de tiempo (T0 antes del uso del producto, T3 días, T5 días, T8 días, T22 días y T29 días después del uso del dentífrico). Se realizó la prueba paramétrica regresión lineal simple para identificar la tendencia y el ajuste de los datos, al considerar dichas variables como una serie temporal. Se utilizaron 22 tratamientos. Casi el 91,0% expreso que el dentífrico había cumplido sus expectativas, fundamentalmente por la reducción de la hipersensibilidad a corto plazo, mientras que aproximadamente 91,0% de los casos afirmó que compraría el dentífrico (20 casos, IC 95%: 72,2% y 97,5%), respectivamente(AU)


Dentin hypersensitivity arises when exposed to it and in response to various types of stimuli, mainly of thermal, tactile evaporative, osmotic or chemical origin. An investigation was carried out aimed at characterizing the dental hypersensitivity of patients seen in the dental office and the response to a certain toothpaste used. In the dental stimulation analysis, 308 measurements of tooth sensitivity were taken for all participants (n = 22), with 7 time factors (T0 before use of the product, T3 days, T5 days, T8 days, T22 days and T29 days after using the toothpaste). The simple linear regression parametric test was performed to identify the trend and the fit of the data, considering these variables as a time series. 22 treatments were used. Almost 91.0% believed that the toothpaste had met their expectations, mainly due to the reduction in hypersensitivity in the short term, while approximately 91.0% of the cases stated that they would buy the toothpaste (20 cases, 95% CI: 72 , 2% and 97.5%), respectively(AU)


Subject(s)
Humans , Adult , Middle Aged , Aged , Toothpastes , Dentifrices , Dentin Sensitivity/diagnosis , Chronic Periodontitis/diagnosis , Polymerase Chain Reaction , Mouthwashes
8.
Arq. ciências saúde UNIPAR ; 26(2): 107-112, maio-ago. 2022.
Article in Portuguese | LILACS | ID: biblio-1372953

ABSTRACT

O objetivo deste estudo é apresentar uma revisão atualizada sobre o papel dos polimorfismos genéticos na etiologia da endometriose. Trata-se de uma pesquisa bibliográfica feita no PubMed utilizando os descritores "polymorphism and endometriosis". Foram identificados 36 artigos e após aplicação dos critérios de inclusão foram selecionados 17 artigos para a amostra final. Os principais resultados foram: 1) cerca de 60% dos artigos foram publicados em 2019; 2) em 35,3% dos estudos o número de casos e controles investigados foi menor que 100; 3) a maioria dos trabalhos investigou de um a dois polimorfismos por gene; 4) a produção científica sobre endometriose é maior em países orientais; 5) houve heterogeneidade quanto aos periódicos onde os trabalhos foram publicados; 6) as principais técnicas para detecção de polimorfismos foi a PCR-RFLP e o PCR em tempo real, com frequências semelhantes. Em suma, os polimorfismos genéticos podem estar implicados na etiologia da endometriose.


The aim of this study is to present an updated review on the role of genetic polymorphisms in the etiology of endometriosis. This is a literature review made on PubMed using the descriptors "polymorphism and endometriosis". A total 36 articles were identified and, after applying the inclusion criteria, 17 articles were selected for the final sample. The main results were: 1) approximately 60% of the articles were published in 2019; 2) 35.3% of the studies investigated less than 100 cases and controls; 3) most studies investigated one to two polymorphisms per gene; 4) scientific production on endometriosis is higher in Eastern countries; 5) heterogeneity was observed regarding the journals where works were published; 6) the main techniques for detecting polymorphisms were PCR-RFLP and real-time PCR, with similar frequencies. In summary, it can be concluded that genetic polymorphisms may be implicated in the etiology of endometriosis.


Subject(s)
Humans , Female , Polymorphism, Genetic , Endometriosis/diagnosis , Biomarkers , Polymerase Chain Reaction , Infertility, Female/diagnosis
9.
Rev. chil. obstet. ginecol. (En línea) ; 87(2): 97-103, abr. 2022. ilus, tab
Article in Spanish | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1388725

ABSTRACT

OBJETIVO: Analizar la implementación de la prueba rápida de reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa y fluorescente (QF-PCR) para la detección de aneuploidías. MÉTODO: Se incluyeron todas las pacientes que se realizaron una QF-PCR entre septiembre de 2017 y mayo de 2021. En todos los casos se consignaron los datos clínicos, ecográficos y de laboratorio, y se efectuó un seguimiento de quienes se realizaron además cariograma y su resultado fue normal. RESULTADOS: Se realizaron 213 procedimientos invasivos genéticos prenatales, siendo 72 para detección rápida de aneuploidía mediante QF-PCR. El promedio de edad de las madres con QF-PCR fue de 37 años y 48 pacientes (67%) tenían menos de 15 semanas de gestación. La QF-PCR demostró aneuploidía de los cromosomas 18, 13 y de triploidía en 21 de 49 casos informados como anormales. De los 22 casos sin sugerencia de alteración, 17 accedieron a proseguir el estudio con cariotipo, que resultó anormal en 6 casos. Hubo 4 casos de discordancia entre la QF-PCR y el cariotipo, que pudo afectar el manejo clínico de la gestación. En 25/72 casos (34,7%) la aneuploidía era letal. CONCLUSIONES: Considerando la necesidad de tener un diagnóstico rápido, pero también completo y que permita un consejo genético apropiado, debería integrarse la QF-PCR a un protocolo de diagnóstico que considere variables clínicas y ecográficas.


OBJECTIVE: To analyze the performance of QF-PCR test for the detection of aneuploidies. METHOD: All patients who underwent QF-PCR from September 2017 to May 2021, were included. Clinical, ultrasound and laboratory data were recorded in all cases, as well as follow-up of the cases, including those performing karyotype and the result was normal. RESULTS: 213 prenatal genetic invasive procedures were performed in the study period, 72 for rapid detection of aneuploidy by QF-PCR. 48 patients (67%) were less than 15 weeks at the time of ultrasound diagnosis. The QF-PCR test demonstrated aneuploidy of chromosomes 18, 13, and triploidy in 21/49 cases reported as abnormal. Of the cases without suggestion of alteration (22), 17 agreed to continue the study with a karyotype, which was abnormal in 6 cases. There were 4 cases of discrepancy between QF-PCR and karyotype, which could affect the clinical management of pregnancy. 25/72 cases (34. 7%) corresponded to lethal aneuploidy. CONCLUSIONS: Our results justify the use of QF-PCR. Considering the need to have a rapid diagnosis, but also complete and that allows appropriate genetic counseling, it is that QF-PCR should be integrated into a protocol that considers clinical and ultrasound variables.


Subject(s)
Humans , Female , Pregnancy , Adult , Prenatal Diagnosis/methods , Polymerase Chain Reaction/methods , Aneuploidy , Chromosome Aberrations , Cytogenetic Analysis , Genetic Counseling
10.
Rev. cuba. med ; 61(1)mar. 2022.
Article in Spanish | LILACS-Express | LILACS, CUMED | ID: biblio-1408983

ABSTRACT

Introducción: El neumomediastino espontáneo o síndrome Hamman es una complicación poco frecuente y rara. Se define como la presencia de aire o gas dentro del mediastino sin una causa identificada. Objetivo: Presentar un caso clínico con una complicación poco frecuente, neumomediastino espontáneo, en un paciente con enfermedad por COVID-2019. Caso clínico: Paciente de 86 años con cuadro clínico manifestado por fiebre de 38o C y síntomas respiratorios (tos con secreción blanquecina, disnea de moderados esfuerzos). Se realiza prueba de reacción en cadena de polimerasa para enfermedad por coronavirus 2019, esta fue positiva. Al cuarto día de su hospitalización concurre con empeoramiento clínico dentro que lo destaca tos y disnea progresiva acompañado con saturación de oxigeno menor a 91 por ciento. Se realizaron estudios imagenológicos de alta resolución (angiotomografía computarizada de tórax) en la cual se evidencia la presencia de neumomediastino. Desarrollo: La pandemia por enfermedad por coronavirus 2019 ha dado lugar a una emergencia de salud pública a nivel mundial, en la que es importante que el personal de la salud esté familiarizados con los síntomas, los resultados de imágenes y con las complicaciones de esta enfermedad, como el neumomediastino encontrado en este caso. Conclusión . El neumomediastino espontáneo es una complicación poco frecuente que se presenta en la fase inflamatoria de esta enfermedad(AU)


Introduction: Spontaneous pneumomediastinum or Hamman syndrome is a rare and infrequent complication. It is defined as the presence of air or gas within the mediastinum without an identified cause. Objective: To report a clinical case of spontaneous pneumomediastinum in a patient with COVID-2019, a disease with a rare complication. Clinical case report: We report the case of an 86-year-old patient with a clinical condicion of fever of 38o C and respiratory symptoms (cough with whitish secretions, dyspnea on moderate exertion). He underwent a polymerase chain reaction test for coronavirus disease 2019, which resulted positive. On the fourth day of his hospitalization, he his clinical condition worsened, including cough and progressive dyspnea accompanied by oxygen saturation less than 91 percent. The presence of pneumomediastinum was revealed by high-resolution imaging studies (computed tomography angiography of the chest). Discussion: The 2019 coronavirus disease pandemic has given rise to a global public health emergency, which requires health personnel to be familiar with symptoms, imaging results, and complications of this disease, such as pneumomediastinum found in this case. Conclution: Spontaneous pneumomediastinum is a rare complication that occurs in the inflammatory phase of this disease(AU)


Subject(s)
Humans , Male , Aged, 80 and over , Pneumomediastinum, Diagnostic , Radiography, Thoracic/methods , Polymerase Chain Reaction/methods , Hamman-Rich Syndrome/diagnostic imaging
11.
Biomédica (Bogotá) ; 42(1): 136-146, ene.-mar. 2022. tab, graf
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-1374513

ABSTRACT

Introducción. Toxoplasma gondii es un parásito con gran potencial zoonótico que puede infectar un amplio rango de huéspedes de sangre caliente, incluidos los animales del sector pecuario, lo que causa pérdidas a la industria. En el humano, es patógeno en personas inmunosuprimidas y afecta el desarrollo del feto en infecciones congénitas. Además, se asocia con diversos trastornos del comportamiento en personas sanas. El humano puede adquirir T. gondii al consumir carnes contaminadas mal cocidas. Objetivo. Determinar la positividad de T. gondii en carnes de consumo humano (res, pollo y cerdo) en Ibagué, Colombia. Materiales y métodos. Se utilizó la PCR convencional anidada y la secuencia del gen B1 de T. gondii como blanco de amplificación. Se tomaron 186 muestras de carne comercializada en la zona urbana de Ibagué (62 de res, 62 de pollo y 62 de cerdo) y se obtuvo el porcentaje de positividad en cada tipo de carne evaluada. Resultados. Se encontró un porcentaje de positividad de 18,8 % en las muestras, siendo la carne de cerdo la del mayor porcentaje (22,5 %; 14/62), seguida por las muestras de carne de res (19,3 %; 12/62) y de pollo (14,5 %; 9/62). Los mejores productos amplificados fueron secuenciados en Macrogen, y alineados con las secuencias del gen B1 depositadas en el GenBank, con lo que se confirmó su identidad. Conclusiones. Este es el primer estudio sobre prevalencia de T. gondii en carnes para consumo humano en Ibagué y el departamento del Tolima. Se demostró que los tres tipos de carne representan un riesgo para la infección en humanos a nivel local.


Introduction: Toxoplasma gondii is a parasite with great zoonotic potential. It can infect a broad range of warm-blooded hosts (including livestock) and causes significant losses in the industry. In humans, it has been described as a pathogen in immunosuppressed people, it affects the fetus development in congenital infections, and is associated with various behavioral disorders in healthy people. Humans can acquire T. gondii by consuming undercooked, contaminated meat. Objective: To determine T. gondii positivity (currently unknown) in meat for human consumption (i.e., beef, chicken, and pork) in the city of Ibague, Colombia. Materials and methods: We used conventional nested PCR and the T. gondii B1 gene sequence as amplification target. We collected samples of meat (N=186) sold in the urban area of Ibagué (62 beef, 62 chicken, and 62 pork samples) and determined the T. gondii positivity percentage for each type of meat. Results: The study found an average of 18.8% positivity for all meat samples, pork having the highest percentage (22.5%; 14/62), followed by beef (19.3%; 12/62) and chicken (14.5%; 9/62). The best-amplified products were sequenced by macrogen and aligned with the B1 gene sequences in GenBank, thereby confirming their identity. Conclusions: This is the first study of T. gondii prevalence in meat for human consumption carried out in the city of Ibagué and the department of Tolima. All three types of meat sampled represent a risk for local human infection.


Subject(s)
Toxoplasma , Toxoplasmosis , Polymerase Chain Reaction , Prevalence , Meat
12.
Braz. J. Vet. Res. Anim. Sci. (Online) ; 59: e181776, fev. 2022. mapas, ilus, tab
Article in English | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1363185

ABSTRACT

Fibropapillomatosis (FP) is an infectious disease caused by Chelonid alphaherpesvirus 5 (ChHV5). Nevertheless, its clinical manifestations are considered multifactorial. Due to its relevance, FP is currently monitored in sea turtle populations in the United States, Australia, Caribbean, and Brazil. Between 2000 and 2020, the TAMAR Project/ TAMAR Project Foundation analyzed the prevalence of FP in nine states and oceanic islands along the Brazilian coast, including Fernando de Noronha Archipelago (FNA), a historically FP-free area. A total of 4,435 green sea turtles (Chelonia mydas) were monitored from 2010 to 2016. Additionally, in 2012 and 2014, 43 FP-free skin samples were analyzed for ChHV5 using a qualitative PCR for the UL30 polymerase (pol) sequence. In 2015, a bilateral ocular nodule characterized as an FP tumor was reported in one of the monitored individuals undergoing rehabilitation. Tissue samples were collected following surgical removal of the tumor. Characterization of a 454 bp UL30 polymerase gene revealed a ChHV5 sequence previously reported in other areas of the Atlantic Brazilian coast. In the years following this finding from January 2017 to March 2020, a total of 360 C. mydas were monitored in the same area and no FP tumors were detected. This is the first report of FP and the first detection of ChHV5 in FNA, a finding of great concern considering this site's historical absence of FP occurrence. This study highlights the importance of monitoring this disease in historically FP-free areas of the Brazilian Atlantic coast.(AU)


A fibropapilomatose (FP) é uma doença infecciosa causada pelo Chelonid alphaherpesvirus 5 (ChHV5). No entanto, as manifestações clínicas da doença são consideradas multifatoriais. Esta doença é monitorada atualmente em populações de tartarugas marinhas nos EUA, Austrália, Caribe e Brasil. Desde 2000, o Projeto TAMAR/Fundação Projeto TAMAR analisa a presença de FP em nove estados da costa brasileira e ilhas oceânicas, incluindo o arquipélago de Fernando de Noronha, uma área historicamente livre de FP. Um total de 4.435 indivíduos de Chelonia mydas foram monitorados de 2010 a 2016 e 43 amostras de pele foram analisadas para detectar ChHV5 em 2012 e 2014 com o objetivo de avaliar a presença do vírus em tecidos sem FP, usando uma PCR qualitativa para detecção de sequências do gene da UL30 polimerase. Em 2015, uma tartaruga verde (C. mydas) foi relatada com um nódulo ocular bilateral caracterizado como FP. Amostras de tecido foram coletadas durante sua reabilitação e procedimento cirúrgico para remover o tumor. A caracterização parcial de uma sequência de 454 bp do gene UL30 polimerase detectou ChHV5 anteriormente relatado em outras áreas da costa atlântica brasileira. Após estes achados, de janeiro de 2017 a março de 2020, um total de 360 indivíduos de C. mydas foram monitorados e nenhum caso de FP foi registrado. Este é o primeiro relato de FP e a primeira caracterização de ChHV5 no arquipélago de Fernando de Noronha, uma questão preocupante e que ressalta a importância do monitoramento desta doença em áreas historicamente livres de FP na costa atlântica brasileira.(AU)


Subject(s)
Animals , Papilloma/veterinary , Skin Neoplasms/veterinary , Tumor Virus Infections/veterinary , Turtles , Herpesviridae Infections/veterinary , Herpesviridae , Polymerase Chain Reaction/methods
13.
Braz. J. Vet. Res. Anim. Sci. (Online) ; 59: e186005, fev. 2022. tab, ilus
Article in English | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1363195

ABSTRACT

Pythiosis is caused by an aquatic fungus-like organism (Pythium insidiosum). It is considered an important public health issue as it can affect both animals and humans. This paper reports a case of gastrointestinal pythiosis in a dog. The patient was hospitalized for four days, during which the animal received supportive and symptomatic treatment. But the applied treatment was unsuccessful and the dog's clinical condition worsened, culminating in death. Complementary imaging tests such as radiography and ultrasonography, as well as hematological tests, were performed during the hospitalization period. The definitive diagnosis was reached in the postmortem as macroscopic and microscopic characteristics suggested the presence of intestinal granuloma and accentuated multifocal suppurative necrotic enteritis. Additionally, the histological evaluation revealed morphological structures compatible with P. insidiosum. Also, the results of nested PCR performed showed partial amplification (105 bp) of the ITS1 region of the ribosomal gene of P. insidiosum.(AU)


A pitiose é causada por um organismo aquático semelhante a um fungo (Pythium insidiosum) e considerada um importante problema de saúde pública, pois pode afetar animais e humanos. Este artigo relata um caso de pitiose gastrointestinal em um cão. O paciente ficou internado por quatro dias, período em que o animal recebeu tratamento de suporte e sintomático. No entanto, o tratamento aplicado não teve sucesso e o quadro clínico do cão piorou, culminando com a morte. Exames de imagem complementares, como radiografia e ultrassonografia, bem como exames hematológicos, foram realizados durante o período de internação. O diagnóstico definitivo foi feito na autópsia, pois as características macroscópicas e microscópicas sugeriam a presença de granuloma intestinal e acentuada enterite necrótica multifocal supurativa. Além disso, a avaliação histológica revelou estruturas morfológicas compatíveis com P. insidiosum. Além disso, a nested PCR foi realizada e mostrou amplificação parcial (105 pb) da região ITS1 do gene ribossomal de P. insidiosum.(AU)


Subject(s)
Animals , Male , Dogs , Pythiosis/diagnosis , Granuloma/diagnosis , Intestinal Diseases, Parasitic/diagnosis , Pythium/genetics , Polymerase Chain Reaction , Granuloma/parasitology , Intestinal Diseases, Parasitic/parasitology
14.
Rev. argent. salud pública ; 14 (Suplemento COVID-19), 2022;14: 1-9, 02 Febrero 2022.
Article in Spanish | LILACS, BINACIS, ARGMSAL | ID: biblio-1392755

ABSTRACT

INTRODUCCIÓN: Uno de los desafíos más relevantes al comienzo de la pandemia consistió en implementar estrategias dirigidas a prevenir la transmisión del virus SARS-CoV-2 y mitigar el impacto de la COVID-19. El propósito de este estudio fue contribuir a reducir la transmisión comunitaria a través de una iniciativa interinstitucional, cuyos objetivos fueron validar un método de detección de ARN del SARS-CoV-2 e implementar y evaluar la vigilancia en trabajadores de salud asintomáticos de instituciones de salud pública de Bahía Blanca. MÉTODOS: Se validó una prueba de detección del gen E del coronavirus mediante RT-PCR a partir de ARN aislado de hisopados nasofaríngeos. Para aumentar la capacidad de testeo se validó la detección del ARN viral en muestras agrupadas (pooles). Se realizó un estudio de cohorte prospectiva entre el 15/09/20 y el 15/09/21. RESULTADOS: La sensibilidad y especificidad de la prueba en muestras individuales fue del 95% (IC 95%: 85%-100%). La sensibilidad de la detección en pooles fue del 73% (IC 95%: 46%-99%) y la especificidad, del 100%. A lo largo de la vigilancia se incluyeron 855 trabajadores y 1764 hisopados, con una incidencia acumulada anual de 2,3% (IC 95%: 1,2%-3,4%). Se detectaron 20 casos asintomáticos positivos. DISCUSIÓN: El tamizaje de trabajadores de salud asintomáticos en la pandemia contribuyó a reducir el riesgo de brotes hospitalarios. Asimismo, se generó un marco de trabajo interdisciplinario aplicable a otros problemas de salud.


Subject(s)
Mass Screening , Polymerase Chain Reaction , Health Personnel , SARS-CoV-2
15.
Rev. bras. ciênc. vet ; 29(1): 9-12, jan./mar. 2022. il.
Article in English | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1393186

ABSTRACT

Mannheimia varigena was identified as the etiologic agent of lameness and coronary band lesion in 30% of cattle in a farm located in Rio Grande do Sul, Brazil. Swab samples from the lesions were cultured in McConkey Agar and Blood Agar for microbiological identification. Culture growth was submitted to Gram staining and Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) identification. Antimicrobial susceptibility test based on disc diffusion was performed for three antibiotics: ceftiofur, gentamicin and florfenicol. Furthermore, molecular characterization of 16S rDNA gene sequencing was performed and the data was used in a phylogenetic analysis. For that purpose, total DNA was extracted by thermo extraction directly from the bacterial colonies and the polymerase chain reaction (PCR) was performed. Gram-negative Mannheimia varigena strain LBV010/22 was identified as the causative of the lesions. The strain was susceptible to all antibiotics tested. The phylogenetic analysis demonstrated that the analyzed strain is closely related to M. varigena strains from pyelonephritis and respiratory tract. Overall, this is the first report of M. varigena as the causative agent of coronary band injury in bovine. Therefore, our findings show the importance of an accurate microbiological identification of infectious agent in lameness cases in order to prevent the occurrence and perform an appropriate treatment in the future.


Mannheimia varigena foi identificada como agente etiológico de claudicação e lesão de banda coronária em 30% dos bovinos de uma fazenda localizada no Rio Grande do Sul, Brasil. Amostras de swab das lesões foram cultivadas em Ágar McConkey e Ágar Sangue para identificação microbiológica. O crescimento da cultura foi submetido à coloração de Gram e identificação por Espectrometria de Massa de Ionização por Dessorção a Laser Assistida por Matriz (MALDI-TOF MS). O teste de suscetibilidade antimicrobiana baseado na difusão em disco foi realizado para três antibióticos: ceftiofur, gentamicina e florfenicol. Além disso, foi realizada a caracterização molecular do sequenciamento do gene 16S rDNA e o resultado utilizado para análise filogenética. Para tanto, o DNA total foi extraído por termoextração diretamente das colônias bacterianas e uma reação em cadeia da polimerase (PCR) foi realizada. Foi identificada como causadora das lesões a cepa gram-negativa de Mannheimia varigenaLBV010/22. Ela foi suscetível a todos os antibióticos testados. A análise filogenética demonstrou que a cepa analisada está intimamente relacionada às M. varigena presentes em pielonefrite e no trato respiratório. No geral, este é o primeiro relato de M. varigenacomo agente causador de lesão de banda coronária em bovinos. Portanto, nossos achados mostram a importância de uma identificação microbiológica precisa do agente infeccioso nos casos de claudicação, a fim de prevenir a ocorrência e realizar um tratamento adequado no futuro.


Subject(s)
Animals , Cattle , Bacterial Infections/veterinary , Cattle Diseases/diagnosis , Polymerase Chain Reaction/veterinary , Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization , Mannheimia/pathogenicity , Hoof and Claw/injuries , Intermittent Claudication/veterinary
16.
Rev. bras. ciênc. vet ; 29(1): 36-40, jan./mar. 2022. il.
Article in Portuguese | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1393208

ABSTRACT

Hemoparasitoses vêm se tornando cada vez mais importantes na clínica médica de pequenos animais. Dentre os agentes causadores encontramos Ehrlichiacanis, Anaplasmaplatys., e Mycoplasma spp., torna-se de grande importância conhecer a epidemiologia nos gatos domésticos. Objetivou-se com esta pesquisa fazer um levantamento retrospectivo de fichas de gatos advindos de consultas no Hospital Veterinário Mário Dias Teixeira (HOVET) que realizaram exame de Reação de Cadeia da polimerase (PCR) no laboratório de biologia molecular, na Universidade Federal Rural da Amazônia, no ano de 2018 e 2019. No total foram 72 amostras de gatos domésticos processadas, sendo 33 machos e 39 fêmeas, 70 animais SRD e 2 Siameses, todos com trombocitopenia, além de outros sinais clínicos que os levaram a precisar de atendimento veterinário, foram categorizados os meses de entrada e processamento das amostras, bairros dos animais e grupos etários. De todos os animais testados, 34,7% obtiveram diagnóstico positivo para uma das enfermidades, sendo o gênero Mycoplasma spp. o que mais prevaleceu em amostras positivas, com maior frequência em fêmeas adultas, bem como foi descrita ocorrência de E. canis apenas nesse sexo, já A. platysfoi descrito com maior frequência em machos, além de achados de infecções concomitantes observado entre os agentes Anaplasmae Mycoplasma. Concluímos que os gatos atendidos no HOVET possuíam parasitismo por diferentes agentes infecciosos.


Hemoparasitosis have become increasingly important in the small animals' internal medicine. Among the causal agents, there are Ehrlichiacanis, Anaplasmaplatys. and Mycoplasma spp., which give the understanding of the epidemiology in domestic cats a great significance. This research aimed to make a retrospective survey of records from cats that came from appointments at the Veterinary Hospital Mário Dias Teixeira (HOVET) and underwent the Polymerase Chain Reaction (PCR) test at the molecular biology laboratory, at the Amazônia Federal Rural University (UFRA), in the years of 2018 and 2019. In total, 72 samples of domestic cats were processed, from which 33 were males and 39 females, 70 of them were mongrel cats and 2 siamese, all of them showed thrombocytopenia amongst other clinical signs that led them to need a veterinary appointment, the months of admission, processing of the samples, districts the animals came from and age group were categorized. 34,7% of all the animals tested showed positive results for one of the diseases, with the genus Mycoplasma spp. being the most prevalent in positive samples, showing a higher rate in adult females, as the occurrence of E. canis was reported only in females, while A. platys was reported with a higher rate in males, as well as concomitant infections following the observation of the agents Anaplasma and Mycoplasma. In conclusion, the cats admitted at HOVET showed parasitism by different infectious agents.


Subject(s)
Animals , Cats , Parasitic Diseases/blood , Blood/parasitology , Epidemiologic Studies , Cats/parasitology , Polymerase Chain Reaction/veterinary , Ehrlichia canis , Parasite Load/veterinary , Anaplasma , Mycoplasma Infections/veterinary
17.
Rev. bras. ciênc. vet ; 29(1): 46-49, jan./mar. 2022. il.
Article in Portuguese | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1393360

ABSTRACT

O objetivo deste trabalho foi detectar a presença de DNA do Vírus da Imunodeficiência Felina (FIV) em gatos domesticos (Feliz catus) assintomáticos. Foi realizada a tecnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) em 50 animais. Para tal, foram coletadas amostras de sangue, por venopunção da jugular, de forma asséptica para armazenamento de 1-2 mL de sangue total. Os animais que participaram do estudo fizeram parte do projeto de castração "Vida digna" da Universidade Federal Rural da Amazônia. E a escolha dos animais foi realizada de maneira aleatória, sem distinção por sexo ou idade, resultando em 29 foram fêmeas e 21 machos. Para o diagnóstico, foi realizada a extração do DNA, em seguida as amostras foram testadas em duas reações de PCR utilizando- se dois conjuntos de primers do Gene gag de FIV. Achou-se uma prevalência de 2% (1/50), confirmando assim a presença do vírus na cidade de Belém. Assim, evidenciando a importância de testar os felinos mesmo sendo assintomáticos. Desta forma, faz-se necessário a realização de trabalhos futuros que amplie o número amostral dos animais testados para assim elucidar o perfil epidemiológico da doença na região de Belém do Pará, considerando a relevância clínica desta infecção e a correta conduta médica veterinária para evitar novas infecções.


The objective of this work was to detect the presence of Feline Immunodeficiency Virus (FIV) proviral DNA in asymptomatic domestic cats (Feliz catus). The polymerase chain reaction technique was performed from 50 animals. For this, blood samples were collected by jugular venipuncture, aseptically for storage of 1-2 mL of whole blood. The animals that participated in the study were part of the castration project "Vida digna" at the Universidade Federal Rural da Amazônia. And the choice of animals was performed randomly, without distinction by sex or age, resulting in 29 females and 21 males. For diagnosis, DNA extraction was performed, then the samples were tested in two PCR reactions using two sets of FIV gag gene primers. A prevalence of 2% (1/50) was observed, thus confirming the presence of the virus in the city of Belém. Thus, highlighting the importance of testing the felines even if they are asymptomatic. Therefore, it is necessary to carry out future work that expands the sample number of animals tested in order to elucidate the epidemiological profile of the disease in the region of Belém do Pará, considering the clinical relevance of this infection and the correct veterinary medical conduct to avoid new infections.


Subject(s)
Animals , Cats , Carrier State/veterinary , Epidemiologic Studies , Cats/immunology , Polymerase Chain Reaction/veterinary , Immunodeficiency Virus, Feline/immunology , Prevalence
18.
Rev. bras. ciênc. vet ; 29(1): 54-58, jan./mar. 2022. il.
Article in English | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1395252

ABSTRACT

The objective was to report an outbreak of tick-borne disease (TBD) on riverside property in the Western Amazon. The death of 25 Nellore cattle was reported on a rural property on the banks of the Purus River, state of Acre. The producer observed animals with staggering walking, drop in productivity, weight loss and evolution to death in approximately 30 days. Fifteen animals from the same batch were selected for clinical evaluation and the ear tip was punctured for hemoparasite research, in addition to blood collection for hematological, biochemical and molecular evaluation. The main laboratory findings were leukocytosis, thrombocytopenia, hypoproteinemia, elevated creatine kinase and reduced urea, creatinine and albumin, as well as visualization of forms suggestive of Anaplasma spp. in 13.33% of the samples. Through PCR, 20% positivity was observed for Anaplasmamarginale and 53.33% for Babesia sp. Hematological and biochemical changes, although highly suggestive, may suffer changes from other factors not related to TBD. Therefore, the presumptive identification of the etiological agent in the blood or confirmatory by molecular methods is essential in the diagnosis. Depending on the stage of the disease, low parasitemia occurs, making it difficult to see hemoparasites in blood smears. The Babesia sp. was the main agent of the outbreak of TBD in the population evaluated, which, when associated with early clinical and laboratory diagnosis, results in adequate therapeutic direction and prophylactic measures, promoting a balance between host, agent and vector.


Objetivou-se relatar um surto de tristeza parasitária bovina (TPB) em propriedade ribeirinha na Amazônia Ocidental. Foi notificado o óbito de 25 bovinos da raça Nelore, em uma propriedade rural às margens do rio Purus, estado do Acre. O produtor observou animais com andar cambaleante, queda na produtividade, perda de peso e evolução ao óbito em aproximadamente 30 dias. Quinze animais do mesmo lote foram selecionados para avaliação clínica e foi procedida a punção a ponta de orelha para pesquisa de hemoparasitos, além da coleta de sangue para avaliação hematológica, bioquímica e molecular. Os principais achados laboratoriais foram anemia, leucocitose, trombocitopenia, hipoproteinemia, elevação da creatina quinase e redução de ureia, creatinina e albumina, além da visualização de formas sugestivas de Anaplasma spp. em 13,33% das amostras. Por meio da PCR, foi observado 20% de positividade para Anaplasma marginale e 53,33% para Babesia sp. As alterações hematológicas e bioquímicas, embora bastante sugestivas, podem sofrer alterações de outros fatores não relacionados à TPB. Por isso, a identificação presuntiva do agente etiológico no sangue ou confirmatória por métodos moleculares é essencial no diagnóstico. A depender da fase da doença, ocorre baixa parasitemia, dificultando a visualização de hemoparasitos em esfregaços sanguíneos. A Babesia sp. foi o principal agente do surto de TPB na população avaliada, que, quando associado ao diagnóstico clínico e laboratorial precoce, resulta no direcionamento terapêutico adequado e medidas profiláticas, promovendo uma relação de equilíbrio entre hospedeiro, agente e vetor.


Subject(s)
Animals , Cattle , Parasitic Diseases, Animal , Babesiosis/diagnosis , Cattle/parasitology , Polymerase Chain Reaction/veterinary , Tick-Borne Diseases/veterinary , Anaplasmosis/diagnosis
19.
urol. colomb. (Bogotá. En línea) ; 31(4): 170-176, 2022. ilus
Article in Spanish | LILACS, COLNAL | ID: biblio-1412093

ABSTRACT

Objetivo Describir la tasa de mortalidad de infección por coronavirus de tipo 2 causante del síndrome respiratorio agudo severo (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2, en inglés) y los factores de riesgo asociados a la severidad de la enfermedad en pacientes con trasplante renal de un centro del nordeste colombiano. Materiales y Métodos Estudio descriptivo de una cohorte de pacientes en seguimiento postrasplante renal, en el que se hizo una búsqueda retrospectiva de los que presentaron infección por SARS-CoV-2 entre marzo del 2020 y mayo del 2021. Para el análisis, se incluyeron los pacientes con infección confirmada mediante pruebas de reacción en cadena de la polimerasa (polymerase chain reaction, PCR, en inglés), de antígenos, o de anticuerpos. Se realizó un análisis descriptivo de las variables sociodemográficas y clínicas, y un análisis bivariado de los posibles factores asociados con el riesgo de mortalidad. Resultados Con un total de 307 individuos en seguimiento, se encontró una prevalencia del 14,3% (n = 44) de infección por enfermedad por coronavirus 2019 (coronavirus disease 2019, COVID-19, en inglés). La media de edad fue de 56 años, con predominio del género masculino. El esquema de inmunosupresión más frecuente fue micofenolato­tacrolimus­prednisona. Entre los pacientes infectados, la mortalidad fue del 34,1% (15/44), lo que representa el 4,8% de toda la población a estudio. Maás de la mitad de los pacientes requirieron hemodiálisis, y en el 86,7% fue necesario hacer ajustes en el esquema de inmunosupresión. Conclusión La prevalencia de infección por SARS-CoV-2 en nuestro grupo de trasplantes fue similar a la reportada por otros grupos de trasplante del país, y mayor a la de la población no trasplantada. El valor de creatinina previo a la infección, la edad y las comorbilidades se asociaron con un mayor riesgo de mortalidad.


Objective To describe the mortality related to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection and the risk factors associated with disease severity in patients submitted to a kidney transplant from a center in northeastern Colombia. Materials and Methods The present is a descriptive study of a cohort of patients in follow-up care after kidney transplant, with a retrospective search for those who presented SARS-CoV-2 infection between March 2020 and May 2021. Patients with confirmed infection by polymerase chain reaction (PCR), antigens or antibodies tests were included for analysis. We performed a descriptive analysis of the sociodemographic and clinical variables as well as a bivariate analysis to evaluate the possible factors associated with the risk of mortality. Results With a total of 307 individuals in follow-up care, a prevalence of 14.3% (n = 44) of coronavirus disease 2019 (COVID-19) infection was found. The mean age of the sample was of 56 years, with a male predominance. The most frequent immunosuppression regimen was mycophenolate-tacrolimus-prednisone. Among the infected patients, the mortality rate was of 34.1% (15/44), representing 4.8% of the entire study population. More than half of the patients required hemodialysis, and 86.7% required adjustments to the immunosuppression regimen. Conclusion The prevalence of SARS-CoV-2 infection in our transplant group was similar to that reported by other transplant groups in the country and higher than among the non-transplanted population. The preinfection creatinine value, age, and comorbidities were associated with a higher risk of mortality.


Subject(s)
Humans , Male , Female , Middle Aged , Renal Dialysis , Kidney Transplantation , Coronavirus , Severe Acute Respiratory Syndrome , SARS-CoV-2 , COVID-19 , Severity of Illness Index , Adaptation, Psychological , Polymerase Chain Reaction , Risk Factors , Immunosuppression Therapy , Antigens
20.
Med. lab ; 26(3): 237-259, 2022. Tabs, ilus, Grafs
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-1412320

ABSTRACT

La enfermedad COVID­19 es causada por el virus SARS-CoV-2, descrito por primera vez en diciembre del 2019 en Wuhan, China, y declarada en marzo del 2020 como una pandemia mundial. Actualmente existen diversos métodos diagnósticos para COVID-19, siendo el estándar de oro la detección del material genético mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), en su variante, la RT-PCR, que detecta el material genético de tipo ARN presente en el virus. Sin embargo, es necesario disponer de pruebas rápidas con alta sensibilidad y precisión para realizarlas a gran escala y brindar un diagnóstico oportuno. Adicionalmente, se debe disponer de otras herramientas que, si bien no van a establecer un diagnóstico, le van a permitir al profesional brindar un mejor manejo clínico y epidemiológico que ayuden a predecir el agravamiento del paciente y su posible ingreso a UCI, destacando entre estas los niveles de dímero D, linfocitos, ferritina, urea y creatinina, entre otras. En esta revisión se evalúa la utilidad y limitaciones de los diferentes métodos diagnósticos para COVID-19, al igual que las características, fisiopatología y respuesta inmune al SARS-CoV-2, así como algunos aspectos preanalíticos de importancia que ayudan a minimizar errores en el diagnóstico como consecuencia de procedimientos incorrectos en la toma, transporte y conservación de la muestra, y que permiten al profesional emitir resultados veraces y confiables. Lo anterior se realizó basado en artículos originales, revisiones y guías clínicas


COVID­19 is caused by the SARS-CoV-2 virus, first described in December 2019 in Wuhan, China, and declared a global pandemic in March 2020. Currently there are various diagnostic methods for COVID-19, the gold standard is the detection of genetic material through polymerase chain reaction (PCR) in its variant, RT-PCR, which detects RNA-type genetic material present in the virus. However, it is necessary to have rapid tests with high sensitivity and precision to be performed on a large scale and provide timely diagnosis. Furthermore, other tools must be available, and although they will not establish the diagnosis, will allow the professional to provide better clinical and epidemiological management that will help predict the worsening of the patient and possible admission to the ICU. Among these, levels of D-dimer, lymphocytes, ferritin, urea and creatinine. In this review, the usefulness and limitations of the different diagnostic methods for COVID-19 are evaluated, as well as the characteristics, pathophysiology and immune response to SARS-CoV-2, and some important preanalytical aspects that allow minimizing diagnostic errors as a consequence of incorrect procedures in the collection, transport and conservation of the sample, that allow the professional to yield accurate and reliable results. This article was completed based on original articles, reviews and clinical guidelines


Subject(s)
SARS-CoV-2 , Polymerase Chain Reaction , Inflammation Mediators , Containment of Biohazards , Diagnosis , Ferritins , COVID-19 , L-Lactate Dehydrogenase , Methods
SELECTION OF CITATIONS
SEARCH DETAIL