Detalles de la búsqueda
1.
HCovDock: an efficient docking method for modeling covalent protein-ligand interactions.
Brief Bioinform
; 24(1)2023 01 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36573474
2.
DeepHomo2.0: improved protein-protein contact prediction of homodimers by transformer-enhanced deep learning.
Brief Bioinform
; 24(1)2023 01 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36440949
3.
Impact of AlphaFold on structure prediction of protein complexes: The CASP15-CAPRI experiment.
Proteins
; 91(12): 1658-1683, 2023 Dec.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37905971
4.
Accurate prediction of inter-protein residue-residue contacts for homo-oligomeric protein complexes.
Brief Bioinform
; 22(5)2021 09 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33693482
5.
EMNUSS: a deep learning framework for secondary structure annotation in cryo-EM maps.
Brief Bioinform
; 22(6)2021 11 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33954706
6.
Docking cyclic peptides formed by a disulfide bond through a hierarchical strategy.
Bioinformatics
; 38(17): 4109-4116, 2022 09 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35801933
7.
TRScore: a 3D RepVGG-based scoring method for ranking protein docking models.
Bioinformatics
; 38(9): 2444-2451, 2022 04 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35199137
8.
Potentiation of Vancomycin: Creating Cooperative Membrane Lysis through a "Derivatization-for-Sensitization" Approach.
J Am Chem Soc
; 144(23): 10622-10639, 2022 06 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35657057
9.
Full-length de novo protein structure determination from cryo-EM maps using deep learning.
Bioinformatics
; 37(20): 3480-3490, 2021 Oct 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33978686
10.
Holo Protein Conformation Generation from Apo Structures by Ligand Binding Site Refinement.
J Chem Inf Model
; 62(22): 5806-5820, 2022 11 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36342197
11.
Inclusion of Desolvation Energy into Protein-Protein Docking through Atomic Contact Potentials.
J Chem Inf Model
; 62(3): 740-750, 2022 02 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35068149
12.
Topology-independent and global protein structure alignment through an FFT-based algorithm.
Bioinformatics
; 36(2): 478-486, 2020 01 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31384919
13.
NLDock: a Fast Nucleic Acid-Ligand Docking Algorithm for Modeling RNA/DNA-Ligand Complexes.
J Chem Inf Model
; 61(9): 4771-4782, 2021 09 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34468128
14.
HNADOCK: a nucleic acid docking server for modeling RNA/DNA-RNA/DNA 3D complex structures.
Nucleic Acids Res
; 47(W1): W35-W42, 2019 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31114906
15.
Challenges and opportunities of automated protein-protein docking: HDOCK server vs human predictions in CAPRI Rounds 38-46.
Proteins
; 88(8): 1055-1069, 2020 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31994779
16.
Comprehensive assessment of flexible-ligand docking algorithms: current effectiveness and challenges.
Brief Bioinform
; 19(5): 982-994, 2018 09 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28334282
17.
Protein-ensemble-RNA docking by efficient consideration of protein flexibility through homology models.
Bioinformatics
; 35(23): 4994-5002, 2019 12 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31086984
18.
PepBDB: a comprehensive structural database of biological peptide-protein interactions.
Bioinformatics
; 35(1): 175-177, 2019 01 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29982280
19.
ITScore-NL: An Iterative Knowledge-Based Scoring Function for Nucleic Acid-Ligand Interactions.
J Chem Inf Model
; 60(12): 6698-6708, 2020 12 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33291885
20.
Improving Protein-Peptide Docking Results via Pose-Clustering and Rescoring with a Combined Knowledge-Based and MM-GBSA Scoring Function.
J Chem Inf Model
; 60(4): 2377-2387, 2020 04 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32267149