Analyzing White-rumped Vulture breeding behavior using Markovian modeling

Understanding wildlife behavior, including accurate identification, processing, and interpretation of activities or cues, is important to behavioral biology and corresponding conservation strategies. We characterized the breeding activities of the critically endangered White-rumped Vulture Gyps bengalensis following a sequential pattern from courtship to fledging. We recorded 4,160 visual observations of 20 behaviors of eight pairs of White-rumped Vultures from September 2021­April 2022 and constructed Markov chain models to model three composite behaviors (i.e., breeding, foraging, and roosting). We found that vultures at four nests displayed >70% of the time in breeding behavior, and each nest produced offspring, indicating a potential correlation between breeding behavior and successful reproductive outcomes. Our model explained each composite behavior with high accuracy. Identifying behaviors White-rumped Vulture have practical applications for developing management plans for their conservation, including the timing of critical reproductive events. Our findings and approach can improve our understanding of White-rumped Vulture behavioral ecology and conservation and have applications for other species.(AU)

Breeding biology and conservation of hawk-eagles (Spizaetus spp.) (Aves, Accipitridae) in southern Atlantic Forest, Brazil

ABSTRACT Neotropical hawk-eagles (Spizaetus spp.) are large forest raptors, having low population densities and high sensitivity to human disturbance. The three species of Brazils Atlantic forest (S. ornatus, S. melanoleucus, S. tyrannus) are threatened and little is known of many aspects of their biology, such habitat requirements, nesting behavior, and food habitats. Here I present data about the breeding biology, diet and behavior of the Ornate Hawk-Eagle (S. ornatus; OHE) and the Black-and-white Hawk-Eagle (S. melanoleucus; BWHW), and estimations of distribution - extent of occurrence (EOO) - and population sizes for the three hawk-eagles of the southern Atlantic Forest. I compiled data from nine years of field studies done in Rio Grande do Sul and Santa Catarina combined with data from the literature (n = 191 records). I calculated the total amount of forest available for each species by GIS analyses and estimated population sizes based on species density data from the literature. The EOO was 123,551 km² for BWHE, 92,512 km² for OHE, and 67,824 km² for Black Hawk-Eagle (S. tyrannus; BHE). All species experienced more than 30% shrinkage in their historical distribution (before the year 2000). Forest remnants comprise 32% of BHEs EOO and around 20% for other hawk-eagle species. Population sizes estimated for the southern region were 869 pairs for BHE (1,684 individuals), 1,532 pairs for BWHE (2,849 individuals), and 2,020 pairs for OHE (1,192 individuals). Population size estimates based only on forest patches larger than 10 km² were 542 pairs for BHE (RS = 48 pairs; SC = 494 pairs), 818 pairs for BWHE (RS = 67 pairs; SC = 751 pairs), and 1,178 pairs for OHE (RS = 67 pairs; SC = 1,111 pairs). I recorded displays and copulation of BWHE in July; the nest was built in an inaccessible, emergent tree in the hillside of a valley. Two nests of OHE were found in emergent trees (20 m and 30 m height) measured 138 x 115 x 45 cm and 132 x 100 x 100 cm; one egg was found (64.5 x 51.1 mm). Spizaetus seems to have very variable breeding cycles and begin breeding in the austral winter. I estimated egg laying occurs from July to September with fledging happening 3-4 months later. Diet of OHE consisted mostly of birds (90%) but also some mammals. Individuals of Spizaetus require large, unbroken forest areas to live, and my data reinforce the critical situation of hawk-eagles in southern Atlantic forest. All three species have lost habitat and their distributions have shrunk over the past decades. The estimated population sizes suggest concern and a need for conservation actions. Conservation of large raptors in the Atlantic Forest is not a simple task, requiring the need to preserve and limit the disturbance of remaining forests, establish connectivity among fragments and reduce direct threats to raptors (e.g., persecution). We also need to better understand the ecological requirements of hawk-eagles and establish public policies to protect both species and their habitats.

RESUMO Os gaviões do gênero Spizaetus são espécies florestais de grande porte, que possuem baixas densidades populacionais e são sensíveis a alterações geradas pelo homem. As três espécies que ocorrem na Mata Atlântica (S. ornatus, S. melanoleucus, S. tyrannus) estão ameaçadas de extinção e o conhecimento sobre muitos aspectos de sua biologia, como habitat, comportamento reprodutivo e dieta, são pouco conhecidos. Neste trabalho eu apresento dados sobre a biologia reprodutiva, dieta e comportamento do gavião-de-penacho (S. ornatus, SORN) e do gavião-pato (S. melanolecus, SMEL), bem como estimativas da distribuição - extensão de ocorrência (EOO) - e estimativas de tamanho populacional para as três espécies de Spizaetus na porção sul da Mata Atlântica. Foram compilados os registros das três espécies oriundos de nove anos de estudos realizados no Rio Grande do Sul e em Santa Catarina e somados com registros da literatura (n = 191 registros). O total de remanescente de área florestal na área de distribuição de cada espécie foi calculado por análise espacial (SIG). O tamanho das populações foi estimado para cada espécie utilizando dados de tamanho de território e densidade de indivíduos existentes na literatura. A EOO resultante foi 123.551 km² para SMEL, 92.512 km² para SORN e 67.824 km² para o gavião-pega-macaco (S. tyrannus, STYR). A área de distribuição atual das três espécies apresentou uma redução superior a 30% em relação à distribuição histórica (anterior ao ano 2000). Os remanescentes florestais representaram 32% da EOO de STYR e cerca de 20% da EOO de SMEL e SORN. As populações estimadas foram 869 pares para STYR (1.684 indivíduos), 1.532 pares para SMEL (2.849 ind.), e 2.020 pares para SORN (1.192 ind.). Considerando apenas remanescentes florestais com mais de 10 km², as estimativas resultaram em 542 pares para STYR (RS = 48 pares; SC = 494 pares), 818 pares para SMEL (RS = 67 pares; SC = 751 pares), e 1.178 pares para SORN (RS = 67 pares; SC = 1.111 pares). Em julho/2009 eu observei um ninho de gavião-pato, construído em uma árvore emergente na encosta do vale do rio Vacas Gordas e que não pode ser acessado. Comportamento de corte e cópula foi observado na ocasião. Eu encontrei dois ninhos de gavião-de-penacho, construídos em árvores emergentes (20 e 30 metros de altura) que mediram 138 x 115 x 45 cm e 132 x 100 x 100 cm; um ninho continha um ovo (64,5 x 51,1 mm). Indivíduos do gênero Spizaetus aparentam ter um ciclo reprodutivo flexível, iniciando a reprodução durante o inverno austral. A postura foi estimada ocorrendo entre julho e setembro. A saída do filhote do ninho ocorre cerca de 3-4 meses após a postura. O gavião-de penacho consumiu principalmente aves (90%) e mamíferos. Os gaviões do gênero Spizaetus necessitam de grandes áreas de floresta preservada e as estimativas aqui apresentadas reforçam a situação crítica das populações na porção sul da Mata Atlântica. As três espécies apresentaram redução nas áreas de distribuição, com acentuada perda de habitat nas últimas décadas. Os tamanhos populacionais estimados atingiram limiares de risco, que enquadram as espécies nas categorias de ameaça de extinção da IUCN. A conservação de grandes gaviões florestais na Mata Atlântica não é algo simples; é preciso, além de preservar os remanescentes florestais existentes, reduzir a degradação dos mesmos e estabelecer conectividade entre os fragmentos. Além disso, é necessário que as ameaças diretas às aves de rapina sejam controladas (e.g., caça furtiva). Também é urgente que entendamos melhor as necessidades ecológicas estas espécies e que se estabeleçam políticas públicas para a proteção tanto das aves de rapinas quanto de seus habitats.

Breeding biology and conservation of hawk-eagles (Spizaetus spp.) (Aves, Accipitridae) in southern Atlantic Forest, Brazil / Biologia reprodutiva e conservação de Spizaetus spp. (Aves, Accipitridae) na porção sul da Mata Atlântica, Brasil

Neotropical hawk-eagles (Spizaetus spp.) are large forest raptors, having low population densities and high sensitivity to human disturbance. The three species of Brazils Atlantic forest (S. ornatus, S. melanoleucus, S. tyrannus) are threatened and little is known of many aspects of their biology, such habitat requirements, nesting behavior, and food habitats. Here I present data about the breeding biology, diet and behavior of the Ornate Hawk-Eagle (S. ornatus; OHE) and the Black-and-white Hawk-Eagle (S. melanoleucus; BWHW), and estimations of distribution - extent of occurrence (EOO) - and population sizes for the three hawk-eagles of the southern Atlantic Forest. I compiled data from nine years of field studies done in Rio Grande do Sul and Santa Catarina combined with data from the literature (n = 191 records). I calculated the total amount of forest available for each species by GIS analyses and estimated population sizes based on species density data from the literature. The EOO was 123,551 km² for BWHE, 92,512 km² for OHE, and 67,824 km² for Black Hawk-Eagle (S. tyrannus; BHE). All species experienced more than 30% shrinkage in their historical distribution (before the year 2000). Forest remnants comprise 32% of BHEs EOO and around 20% for other hawk-eagle species. Population sizes estimated for the southern region were 869 pairs for BHE (1,684 individuals), 1,532 pairs for BWHE (2,849 individuals), and 2,020 pairs for OHE (1,192 individuals). Population size estimates based only on forest patches larger than 10 km² were 542 pairs for BHE (RS = 48 pairs; SC = 494 pairs), 818 pairs for BWHE (RS = 67 pairs; SC = 751 pairs), and 1,178 pairs for OHE (RS = 67 pairs; SC = 1,111 pairs). I recorded displays and copulation of BWHE in July; the nest was built in an inaccessible, emergent tree in the hillside of a valley [...](AU)

Os gaviões do gênero Spizaetus são espécies florestais de grande porte, que possuem baixas densidades populacionais e são sensíveis a alterações geradas pelo homem. As três espécies que ocorrem na Mata Atlântica (S. ornatus, S. melanoleucus, S. tyrannus) estão ameaçadas de extinção e o conhecimento sobre muitos aspectos de sua biologia, como habitat, comportamento reprodutivo e dieta, são pouco conhecidos. Neste trabalho eu apresento dados sobre a biologia reprodutiva, dieta e comportamento do gavião-de-penacho (S. ornatus, SORN) e do gavião-pato (S. melanolecus, SMEL), bem como estimativas da distribuição - extensão de ocorrência (EOO) - e estimativas de tamanho populacional para as três espécies de Spizaetus na porção sul da Mata Atlântica. Foram compilados os registros das três espécies oriundos de nove anos de estudos realizados no Rio Grande do Sul e em Santa Catarina e somados com registros da literatura (n = 191 registros). O total de remanescente de área florestal na área de distribuição de cada espécie foi calculado por análise espacial (SIG). O tamanho das populações foi estimado para cada espécie utilizando dados de tamanho de território e densidade de indivíduos existentes na literatura. A EOO resultante foi 123.551 km² para SMEL, 92.512 km² para SORN e 67.824 km² para o gavião-pega-macaco (S. tyrannus, STYR). A área de distribuição atual das três espécies apresentou uma redução superior a 30% em relação à distribuição histórica (anterior ao ano 2000). Os remanescentes florestais representaram 32% da EOO de STYR e cerca de 20% da EOO de SMEL e SORN. As populações estimadas foram 869 pares para STYR (1.684 indivíduos), 1.532 pares para SMEL (2.849 ind.), e 2.020 pares para SORN (1.192 ind.). Considerando apenas remanescentes florestais com mais de 10 km², as estimativas resultaram em 542 pares para STYR (RS = 48 pares; SC = 494 pares), 818 pares para SMEL (RS = 67 pares; SC = 751 pares), e 1.178 pares para SORN (RS = 67 pares; SC = 1.111 pares) [...](AU)

Breeding biology and conservation of hawk-eagles (Spizaetus spp.) (Aves, Accipitridae) in southern Atlantic Forest, Brazil / Biologia reprodutiva e conservação de Spizaetus spp. (Aves, Accipitridae) na porção sul da Mata Atlântica, Brasil

Neotropical hawk-eagles (Spizaetus spp.) are large forest raptors, having low population densities and high sensitivity to human disturbance. The three species of Brazil’s Atlantic forest (S. ornatus, S. melanoleucus, S. tyrannus) are threatened and little is known of many aspects of their biology, such habitat requirements, nesting behavior, and food habitats. Here I present data about the breeding biology, diet and behavior of the Ornate Hawk-Eagle (S. ornatus; OHE) and the Black-and-white Hawk-Eagle (S. melanoleucus; BWHW), and estimations of distribution - extent of occurrence (EOO) - and population sizes for the three hawk-eagles of the southern Atlantic Forest. I compiled data from nine years of field studies done in Rio Grande do Sul and Santa Catarina combined with data from the literature (n = 191 records). I calculated the total amount of forest available for each species by GIS analyses and estimated population sizes based on species density data from the literature. The EOO was 123,551 km² for BWHE, 92,512 km² for OHE, and 67,824 km² for Black Hawk-Eagle (S. tyrannus; BHE). All species experienced more than 30% shrinkage in their historical distribution (before the year 2000). Forest remnants comprise 32% of BHE’s EOO and around 20% for other hawk-eagle species. Population sizes estimated for the southern region were 869 pairs for BHE (1,684 individuals), 1,532 pairs for BWHE (2,849 individuals), and 2,020 pairs for OHE (1,192 individuals). Population size estimates based only on forest patches larger than 10 km² were 542 pairs for BHE (RS = 48 pairs; SC = 494 pairs), 818 pairs for BWHE (RS = 67 pairs; SC = 751 pairs), and 1,178 pairs for OHE (RS = 67 pairs; SC = 1,111 pairs). I recorded displays and copulation of BWHE in July; the nest was built in an inaccessible, emergent tree in the hillside of a valley [...]

Os gaviões do gênero Spizaetus são espécies florestais de grande porte, que possuem baixas densidades populacionais e são sensíveis a alterações geradas pelo homem. As três espécies que ocorrem na Mata Atlântica (S. ornatus, S. melanoleucus, S. tyrannus) estão ameaçadas de extinção e o conhecimento sobre muitos aspectos de sua biologia, como habitat, comportamento reprodutivo e dieta, são pouco conhecidos. Neste trabalho eu apresento dados sobre a biologia reprodutiva, dieta e comportamento do gavião-de-penacho (S. ornatus, SORN) e do gavião-pato (S. melanolecus, SMEL), bem como estimativas da distribuição - extensão de ocorrência (EOO) - e estimativas de tamanho populacional para as três espécies de Spizaetus na porção sul da Mata Atlântica. Foram compilados os registros das três espécies oriundos de nove anos de estudos realizados no Rio Grande do Sul e em Santa Catarina e somados com registros da literatura (n = 191 registros). O total de remanescente de área florestal na área de distribuição de cada espécie foi calculado por análise espacial (SIG). O tamanho das populações foi estimado para cada espécie utilizando dados de tamanho de território e densidade de indivíduos existentes na literatura. A EOO resultante foi 123.551 km² para SMEL, 92.512 km² para SORN e 67.824 km² para o gavião-pega-macaco (S. tyrannus, STYR). A área de distribuição atual das três espécies apresentou uma redução superior a 30% em relação à distribuição histórica (anterior ao ano 2000). Os remanescentes florestais representaram 32% da EOO de STYR e cerca de 20% da EOO de SMEL e SORN. As populações estimadas foram 869 pares para STYR (1.684 indivíduos), 1.532 pares para SMEL (2.849 ind.), e 2.020 pares para SORN (1.192 ind.). Considerando apenas remanescentes florestais com mais de 10 km², as estimativas resultaram em 542 pares para STYR (RS = 48 pares; SC = 494 pares), 818 pares para SMEL (RS = 67 pares; SC = 751 pares), e 1.178 pares para SORN (RS = 67 pares; SC = 1.111 pares) [...]

Identificação de regiões microssatélites potencialmente amplificáveis e desenvolvimento de marcadores para codornas de corte a partir do genoma da codorna japonesa

Os objetivos do presente estudo foram identificar loci microssatélites potencialmente amplificáveis (PALs) e desenvolver marcadores para codornas de corte (Coturnix coturnix) a partir do genoma completo da codorna japonesa (Coturnix japonica), obtido através do banco de dados Ensembl (acesso GCA_001577835.1). Após uma mineração in silico no genoma, foram encontrados 1.524 loci microssatélites potencialmente amplificáveis (PALs), sendo esses polimórficos e com primers. A classe com maior número de PALs foi a dinucleotídeos, seguida de tetra-, penta-, tri- e hexanucleotídeos totalizando 718 (47,11%), 310 (20,34%), 270 (17,71%), 132 (8,66%) e 94 loci (6,17%), respectivamente. Foram identificadas 350 loci com maior potencial de amplificação (bPALs), tendo como critérios o polimorfismo, ser tetra-, penta- ou hexanucleotídeos e possuir oito repetições. O número de alelos encontrados para tetra-, penta- e hexanucleotídeos foram 1287, 963 e 223, respectivamente. Para o desenvolvimento de marcadores microssatélites, foi utilizado o genoma completo da Coturnix japonica depositado no banco de dados Genbank do National Center of Biotechnology Information (NCBI) (acesso GCA_001577835.2). Após varredura no genoma, foram selecionados os três melhores marcadores tetranucleotídeos e sintetizados para análise. Para validação e avaliação da transferibilidade foram genotipados 90 codornas de uma linhagem de corte, de três gerações, e estimados os valores de conteúdo de informação polimórfica (PIC), número de alelos por locus, heterozigosidade esperada (He), heterozigosidade observada (Ho) e coeficiente de endogamia (FIS). Amplificaram 65 indivíduos para Coturnix01, bem como 84 e 42 para CcoUFPel03 e CcoUFPel04. A média de alelos observados foi dez, com tamanhos entre 260 a 300 pares de base (pb) para Coturnix01, 245 a 330pb para CcoUFPel03 e 285 a 385pb para CcoUFPel04. Todos os marcadores foram altamente polimórficos, com PIC variando de 0,72 a 0,84. A Ho média foi baixa em todas as gerações, sendo inferiores as médias da He, resultando em valores de coeficiente de endogamia total (FIS) positivos. Os marcadores desenvolvidos apresentaram transferibilidade para a espécie de estudo, no qual a sua validação demostrou alta capacidade de detecção de polimorfismos, possibilitando a utilização destes em estudos populacionais de codornas de corte. Um grande número de PALs e bPALs foram encontrados com grande potencial para uso nos programas de melhoramento genético.

This work presents a study to identify microsatellites potentially amplifiable loci (PALs) and develop markers from meat quails (Coturnix coturnix) using the complete genome from Japanese quail (Coturnix japonica) obtained from the collection of the database Ensembl (access GCA_001577835.1). Were match 1,524 matches of PALs, being those polymorphic and with primers. The highest classes of PALs were dinucleotides, with sequence of tetra-, penta-, tri- and hexanucleotides, with a total of 718 (47 %), 310 (20 %), 270 (18 %), 132 (9 %) and 94 loci (6 %), respectively. Were identified 350 loci with better potential of amplifiable (bPALs), having as criteria the polymorphism, being tetra-, penta- or hexanucleotides and possessing eight repetitions. The numbers of alleles found for tetra-, penta- and hexanucleotides were 1287, 963 and 223, respectively. The development of the microsatellite markers used the complete genome of Coturnix japonica, supplied by the database of Genbank from the National Center of Biotechnology Information (NCBI accessed GCA 001577835.2). Three markers of tetranucleotides were selected and synthetized. The validation and evaluation of transferability were genotypated 90 meat quails, from three generation and estimated the polymorphic information content values (PIC), the number of alleles per locus, expected heterozygosity (He), observed heterozygosity (Ho) and inbreeding coefficient (Fis). Were amplified 65 animals for Coturnix01, 84 for CcoUFPel03 and 42 for CcoUFPel04. The observed number of alleles were 10, with sizes between 260 and 300 base pairs (bp) for Coturnix01, between 245 and 330bp for CcoUFPel03 and between 285 and 385bp for CcoUFPel04. All the markers were highly polymorphic, with PIC between 0.72 and 0.84. The average Ho was low in all generations, being lower than He average, resulting in positive values of total inbreeding coefficient (Fis). The developed markers present transferability from the studied species, as its validation show highly capacity of polymorphisms detection, allowing the use of these in populational studies of meat quails. A large number of PALs and bPALs have been found with great potential for use in breeding programs.

What do humpback whales Megaptera novaeangliae (Cetartiodactyla: Balaenopteridae) pairs do after tagging?

The social structure of humpback whales in their tropical wintering grounds is very fluid. To date, no information has been published for cases in which two whales were both satellite-tagged while in association. Here, we report the movements of four humpback whale pairs tagged together off the coast of Brazil. Fieldwork and satellite tagging of humpback whales was conducted between 2003 and 2008 along the eastern coast of Brazil, between 20°S and 8°S. Movement was monitored while whales were still in their breeding ground. A switching state space model was applied to the filtered data of each humpback whale to standardize telemetry data and allow direct comparison of each individual track. GIS was used to plot model-predicted locations and to visually compare animal movements. The results confirm the short-lived nature of associations between breeding humpback whales, and shows that individuals differ widely in their movements.

What do humpback whales Megaptera novaeangliae (Cetartiodactyla: Balaenopteridae) pairs do after tagging?

The social structure of humpback whales in their tropical wintering grounds is very fluid. To date, no information has been published for cases in which two whales were both satellite-tagged while in association. Here, we report the movements of four humpback whale pairs tagged together off the coast of Brazil. Fieldwork and satellite tagging of humpback whales was conducted between 2003 and 2008 along the eastern coast of Brazil, between 20°S and 8°S. Movement was monitored while whales were still in their breeding ground. A switching state space model was applied to the filtered data of each humpback whale to standardize telemetry data and allow direct comparison of each individual track. GIS was used to plot model-predicted locations and to visually compare animal movements. The results confirm the short-lived nature of associations between breeding humpback whales, and shows that individuals differ widely in their movements.(AU)

CAUSAL LEARNING TECHNIQUES USING MULTI-OMICS DATA FOR CARCASS AND MEAT QUALITY TRAITS IN NELORE CATTLE

Registros de características quantitativas e informações genotípicas coletadas para cada animal são utilizados para identificar regiões do genoma associadas à variação fenotípica. No entanto, essas investigações são, geralmente, realizadas com base em testes estatísticos de correlação ou associação, que não implicam em causalidade. A fim de explorar amplamente essas informações, métodos poderosos de inferência causal foram desenvolvidos para estimar os efeitos causais entre as variáveis estudadas. Apesar do progresso significativo neste campo, inferir os efeitos causais entre variáveis aleatórias contínuas ainda é um desafio e poucos estudos têm explorado as relações causais em genética quantitativa e no melhoramento animal. Neste contexto, dois estudos foram realizados com os seguintes objetivos: 1) Buscar as relações causais entre as características de carcaça e qualidade de carne usando um modelo de equação estrutural (MEE), sob modelo linear misto em bovinos da raça Nelore, e 2) Reconstruir redes de genes-fenótipos e realizar análise de rede causal por meio da integração de dados fenotípicos, genotípicos e transcriptômicos em bovinos da raça Nelore. Para o primeiro estudo, um total de 4.479 animais com informação fenotípica para o peso da carcaça quente (PCQ), área de olho lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS), força de cisalhamento (FC) e marmoreio (MAR) foram usados. Os animais foram genotipados usando os painéis BovineHD Bead-Chip e GeneSeek Genomic Profiler Indicus HD - GGP75Ki. Para inferência causal usando MEE, uma metodologia de múltiplos passos foi utilizada: a) um modelo multicaracteristica padrão, considerando as características estudadas, foi ajustado e as (co)variâncias residuais a posteriori foram estimadas, b) o algoritmo "Inductive Causation" (IC) foi utilizado para inferir as estruturas causais entre as caracteríticas usando as (co)variância residuais a posterior, e c) a partir da estrutura causal recuperada pelo algoritmo IC, o MEE foi ajustado. Aplicando intervalo de maior densidade a posteriori (HPD) de 95 %, 90 % e 85 %, as mesmas estruturas causais entre as características foram detectados pelo algoritmo IC, com links não direcionados entre EGS com PCQ e MAR. Ligação extra entre FC e PCQ e a direção entre EGS e PCQ foram identificados usando intervalo de HPD menor (80 %), enquanto que o link entre EGS e MAR permaneceram estatisticamente sem direção. Dois MEE diferentes foram ajustados com base na rede causal recuperada pelo algoritmo IC, com a seta EGS MAR ou com a seta EGS MAR. O MEE que melhor se ajustou compreende as seguintes ligações entre características: FC AOL, FC PCQ, PCQ AOL, EGS PCQ e EGS MAR com coeficientes estruturais a posteriori igual a -0,29, 0,43, 0,10, 1,92 e 0,03, respectivamente. O MEE final revelou relações causais entre as características, e os efeitos causais sugerem que intervenções em FC e no EGS afetariam diretamente o PCQ e a MAR. Para o segundo estudo, um total de 4.599 animais com informações fenotípicas (AOL, EGS e FC) e genotípicas (como descrito anteriormente) foi utilizados. O sequenciamento do RNA (RNA-Seq) para 80 amostras de tecido muscular de animais da raça Nelore foi reali-zado pelo sistema Illumina HiSeq 2500 produzindo leituras pared-end de 2x100 pares de bases usando amostra de tecido muscular. Redes de gene-fenótipo e análise de rede causal foram realizadas usando uma abordagem de três passos: a) análises de varredura do genôma para identificar a associação entre dados genotípicos e fenotípicos (pQTL mapeamento de locos de características quantitativas fenotípicas) e entre dados genotípicos e de expressão gênica (eQTL - mapeamento de locos de características quantitativas de expressão). Os efeitos dos marcadores estimados em cada mapeamento de pQTL para os fenótipos estudados (AOL, EGS e FC) foram usados para realizar uma análise multicaracteristica. b) regiões significativas para os dois mapeamentos de QTL (multicaracteristica e eQTL) foram co-localizadas, e c) a reconstrução da rede usando um algoritmo de aprendizado estrutural causal considerando AOL, EGS, FC, eQTL e características de expressão gênica foi realizada. A partir da análise multi-característica, 14 regiões do genoma foram associadas significativamente com AOL, EGS e FC e 19 cis-eQTL estavam sobrepondo cinco das regiões do genoma. Com base na posição cis-eQTL (a mais significativa em cada região do genoma), trinta e dois genes próximos foram identificados. Integrando dados fenotípicos, genotípicos e de expressão gênica a rede inferida indicou que o rs137704711, localizado no cromossomo 20, afetou os três fenótipos (AOL, EGS e FC), e o rs133894950, localizado no cromossomo 16, afetou o EGS por meio da expressão de vários genes localizados em diferentes cromossomos. As inferências causais realizadas utilizando diferentes metodologias foram capazes de identificar relações causais entre as variáveis em estudo.

Quantitative traits and genotypes information have been collected for each animal and used to identify genome regions related to phenotypes variation. However, these investigations are, usually, performed based on correlation or association statistical tests, which do not imply in causation. In order to fully explore these informations, powerful causal inference methods have been developed to estimate causal effects among the variables under study. Despite significant progress in this field infer causal effect among random variables remains a challenge and some few studies have explored causal relationships in quantitative genetics and animal breeding. In this context, two studies were performed with the following objectives: 1) Search for the causal relationship among carcass yield and meat quality traits using a structural equation model (SEM), under linear mixed model context in Nelore cattle, and 2) Reconstruct gene-phenotype networks and perform causal network analysis through the integrating of phenotypic, genotypic, and transcriptomic data in Nelore cattle. For the first study, a total of 4,479 animals with phenotypic information for hot carcass weight (HCW), longissimus muscle area (LMA), backfat thickness (BF), Warner-Bratzler shear force (WBSF), and marbling score (MB) traits were used. Animals were genotyped using BovineHD BeadChip and GeneSeek Genomic Profiler Indicus HD - GGP75Ki. For causal inference using SEM a multistep procedure methodology was used as follow: a) a standard multi-trait model for studied traits was fitted to access the posterior residual (co)variances, b) the Inductive Causation (IC) algorithm was used to infer causal structures between traits using the posterior residual (co)variances, and c) from the selected causal structure retrieved by the IC algorithm the SEM was fitted. Applying 95 %, 90 % and 85 % highest posterior density (HPD) the same graph was detected by the IC algorithm with undirected links between BF with HCW and MB. Extra link between WBSF and HCW and the direction between BF and HWC were identified using narrow HPD interval (80 %), whereas the link between BF and MB remained undirected. Two different SEM were fitted based on the causal network retrieved by the IC algorithm with either arrow BF MB or BF MB. The most feasible SEM comprise the following links between traits: WBSF LMA, WBSF HCW, HCW LMA, BF HCW, and BF MB, with structural coefficients posterior means equal -0.29, 0.43, 0.10, 1.92, and 0.03, respectively. The final SEM revealed some interesting relationships among the traits, and the causal effects suggest that interventions on WBSF and BF would direct affect HCW and LMA. For the second study, a total of 4,599 animals with phenotypic (LMA, BF, and WBSF) and genotypic (as previously described) information were used. RNA sequen-cing (RNA-Seq) for 80 Nelore cattle muscle tissue samples was carried out by Illumina HiSeq 2500 System to produce 2x100 base pairs paired-end reads using muscle tissue sample. Gene-phenotype networks and causal network analysis were performed using a three-step approach as follow: a) genome scan analyses to identify the association between genotypic and phenotypic data (pQTL phenotype quantitative trait loci mapping), and between genotypic and gene expression data (eQTL expression quantitative trait loci mapping). The markers effects estimated in every single pQTL mapping for the phenotypes studied (LMA, BF, and WBSF) were used to perform a multi-trait analysis. b) significant regions from both QTL mapping (multi-trait and eQTL) were co-localized, and c) network reconstruction using causal structural learning algorithm incorporating LMA, BF, WBSF eQTL and gene expression traits was performed. From the multi-trait analysis, 14 genome regions were significant across LMA, BF, and WBSF and 19 cis-eQTL were overlapping five of the genome regions. Based on the cis-QTL position (the most significant in each genome region), thirty-two nearby genes were identified. Integrating phenotypes, genotypes and gene expression data the inferred network indicated that the rs137704711, located in chromosome 20, affected the three phenotypes (LMA, BF, and WBSF), and the rs133894950, located in chromosome 16, affected BF through the expression of several genes located in different chromosomes. The causal inferences performed using different methodologies were able to identify important causal relationships among the variables under study.

Follicular fluid composition in relation to follicular size in pregnant and non pregnant dromedary camels (Camelus dromedaries)

aim of this study was to evaluate the effects of the reproduct ive status of female dromedary camels ( pregnant vs. non - pregnant ) on the chemical composition, hormonal profile and antioxidant capacity of follicular fluid collected from different sized ovarian follicles during the breeding season . One hundred ovaries we re collected at slaughter house from fifty female dromedary camel s . The ovaries were collected in pairs from each animal and allocated into two groups according to the reproductive status of the females ; 25 pairs were obtained from pregnant females and 25 p airs were obtained from non - pregnant animals . The follicles on each ovary were categorized according to their diameter into three categories; small ( 1 - 3 mm), medium (4 - 9 mm) and large ( 10 - 20 mm). Follicular fluid (FF) aspirated from each follicle category from each pair of ovaries w as analyzed . The results showed that the average number of follicles per ovary was greater ( P < 0.05) in the ovaries obtained from non - pregnant females compared to those collected from pregnant ones ( 6.4 ± 1.2 vs . 3.6 ± 0.9, resp ectively). Progesterone concentrations were significantly higher in the follicular fluid collected from all follicle categories in pregnant animals than those obta ined from non - pregnant animals . Glucose concentration s were higher (P < 0.05) in the follicul ar fluid collected from large follicles in the non - pregnant group (64.9 ± 6.1 mg/d l ) than those obtained from the same follicle category in the pregnant ovaries (45.4 ± 4.0 mg/d l ). C oncentrations of malondialdehyde (MDA) were higher (P < 0.05) in the FF co llected from small, medium and large follicles in pregnant ovaries than non - pregnant ones . In conclusion , these data indicate that FF composition differ s according to the reproductive status of the female . In pregnant camels, the p resence of the corpus lut eum on the ovar ies could play an important role not only in the process of follicle growth and development , but also in the concentrations of biochemical metabolites and hormonal profiles in the FF of dromedary camels.

Follicular fluid composition in relation to follicular size in pregnant and non pregnant dromedary camels (Camelus dromedaries)

aim of this study was to evaluate the effects of the reproduct ive status of female dromedary camels ( pregnant vs. non - pregnant ) on the chemical composition, hormonal profile and antioxidant capacity of follicular fluid collected from different sized ovarian follicles during the breeding season . One hundred ovaries we re collected at slaughter house from fifty female dromedary camel s . The ovaries were collected in pairs from each animal and allocated into two groups according to the reproductive status of the females ; 25 pairs were obtained from pregnant females and 25 p airs were obtained from non - pregnant animals . The follicles on each ovary were categorized according to their diameter into three categories; small ( 1 - 3 mm), medium (4 - 9 mm) and large ( 10 - 20 mm). Follicular fluid (FF) aspirated from each follicle category from each pair of ovaries w as analyzed . The results showed that the average number of follicles per ovary was greater ( P < 0.05) in the ovaries obtained from non - pregnant females compared to those collected from pregnant ones ( 6.4 ± 1.2 vs . 3.6 ± 0.9, resp ectively). Progesterone concentrations were significantly higher in the follicular fluid collected from all follicle categories in pregnant animals than those obta ined from non - pregnant animals . Glucose concentration s were higher (P < 0.05) in the follicul ar fluid collected from large follicles in the non - pregnant group (64.9 ± 6.1 mg/d l ) than those obtained from the same follicle category in the pregnant ovaries (45.4 ± 4.0 mg/d l ). C oncentrations of malondialdehyde (MDA) were higher (P < 0.05) in the FF co llected from small, medium and large follicles in pregnant ovaries than non - pregnant ones . In conclusion , these data indicate that FF composition differ s according to the reproductive status of the female . In pregnant camels, the p resence of the corpus lut eum on the ovar ies could play an important role not only in the process of follicle growth and development , but also in the concentrations of biochemical metabolites and hormonal profiles in the FF of dromedary camels.(AU)

LONG-TERM EFFECTS OF THE USE OF CREEP-FEEDING FOR BEEF CALVES UNDER TROPICAL CONDITIONS

Os objetivos deste estudo são: verificar o efeito do uso de creep-feeding no sistema produtivo e na variação de peso das vacas e desempenho; consumo e digestibilidade dos bezerros durante o período de lactação e seu efeito residual na recria. Trinta e seis pares vacas:bezerros[(ano 1: 9 fêmeas e 9 machos); (ano 2 : 14 fêmeas e 4 machos)], com peso inicial de 550 ± 48 e 35.6 ± 5.5 kg foram utilizadas, respectivamente. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado, fatorial 2x2 (dois tratamentos; controle e creep-feeding e dois gêneros; macho e fêmea). Experimento foi dividido em duas fases: lactação e recria. Na lactação, os animais ficaram em uma área de 6.2 hectares, divididos em 20 piquetes (3.100 m2 cada) composto por Brachiariabrizantha. Os bezerros do tratamento suplementado receberam alimento concentrado ao nível de 0.7% do PV diariamente. Mensalmente foi realizada ordenha das vacas para estimar o consumo de leite dos bezerros. Três ensaios de comportamento foram realizados ao longo da cria, avaliando as atividades de pastejo, ruminação ócio e tempo de mamada. Na recria, os bezerros foram separados por gênero e ambos receberam suplementação durante os períodos de avaliação (inverno, primavera e verão) até atingirem 18 meses de idade. O nível de suplementação para inverno/primavera e verão foi de 0.5% e 0.3% do PV. Bezerros suplementados desmamaram mais pesados que o controle (P<0.001). O mesmo aconteceu para o sexo, onde macho desmamou mais pesado (P<0.001) e consumiram mais leite que as fêmeas (P < 0.001). Suplementação reduziu o consumo de forragem e leite dos bezerros (P <0.097 e P<0.001, respectivamente) durante a fase de cria. Quanto ao comportamento, animais suplementados passaram menos tempo pastejando ao passar do tempo que os controle (P<0.020). Na recria, animais suplementados foram mais pesados durante o período do inverno (P=0.010) e primavera (P=0.080), porém, não houve diferença no verão (P 0.172), porém machos ganharam mais peso ao longo de todo experimento (P < 0.0001). Machos comeram mais forragem que fêmeas durante os períodos da recria (P0.089). O uso de creep-feeding aumentou o ganho de peso na fase da cria tendendo a ser maior nos machos, o consumo de leite foi maior para bezerros machos, na recria o ganho adicional tende a ser parcialmente perdido.

The objectives of this study were: to verify the systemic effects of the use of creep-feeding into beef cattle production system on weight variation of cows, the performance, intake and digestibility of calves during the suckling phase and also the residual effect in the post weaning phase. Thirty-six pairs of cows: calves [(year 1: 9 females and 9 males); (year 2: 14 females and 4 males), with initial weight of 550 ± 48 and 35.6 ± 5.5 kg, respectively, were used. The experimental design was completely randomized, factorial 2x2 (two treatments, control and creep-feeding and two calf sex, male and female). Experiment was divided into two phases: suckling (pre-weaning) phase and post-weaning phase. At pre-weaning phase, the animals were kept in an area of 6.2 hectares, divided into 20 paddocks (3,100 m2 each), composed of Brachiariabrizantha. The supplemented treatment calves received concentrated feed at the 0.5% level of BW daily. Milking of cows was performed monthly to estimate the milk intake of calves. Three behavioral trials were carried out along the suckling phase, evaluating the activities of grazing, idle rumination, and suckling time. At post-suckling phase, the calves were separated by sex and both received supplementation during the evaluation periods (winter, spring and summer) until they achieved 18 months of age. The level of supplementation for winter/spring and summer was 0.51% and 0.26% of BW, respectively. Supplemented calves weaned heavier than control (P <0.001). The same happened for sex, with male weaned heavier (P<0.001) and intake more milk than females (P < 0.0001). Supplementation reduced forage and milk intake of calves (P<0.097 and P<0.001, respectively) during the pre-weaning phase. Regarding to the behavior, supplemented animals spent less time grazing over time than control (P<0.020). At the post-weaning phase, animals that received creep-feeding during the pre-weaning phase were heavier during winter (P = 0.010) and spring (P = 0.080) but not at the end of experiment (18 months) (P = 0.291). Males ate more forage than females during rearing periods (P0.089) gain more weight (P < 0.0001). There was no effect on supplement intake at any phase of the experiment (P 0.172), butt males gain more weight in all experiment phase (P < 0.0001). The use of creep-feeding increased the weight gain in the breeding phase tends to be higher in males, males intakes more milk than females,but in the rearing, this gain tends to be partially lost.

Abundance, breeding and food of the Little Blue Heron Egretta caerulea (Aves, Ardeidae) in the Patos Lagoon estuary, a recently colonized area in southern Brazil

We document the expansion of the breeding distribution of the Little Blue Heron Egretta caerulea (Linnaeus, 1758) to 850 km beyond its previous southern limit in South America. In addition we present data on abundance, breeding biology and food of the species in the Patos Lagoon estuary, the area which the species recently colonized. The maximum abundance recorded in the breeding colony and in a nocturnal roosting site was 53 and 49 individuals respectively. Nesting occurred from September to March. Birds nested in a mixed breeding colony together with about 3,000 breeding pairs of seven other species of Pelecaniformes, in a swampy forest near the margin of the estuary. Five nests were between 1.5 and 4.3 m from the ground, on the shrub Daphnopsis racemosa (Thymelaeaceae), on the trees Sebastiana brasiliensis (Euphorbiaceae) and Mimosa bimucronata (Leguminosae), or on the bamboo Bambusa sp. (Poaceae). Four nests produced two fledglings each, while one nest was abandoned. Of 13 grouped samples of food regurgitated by five nestlings, Pink Shrimp Farfantepenaeus paulensis (Perez-Farfante, 1967) constituted 70% in mass, while total length of ingested fishes and shrimps varied mostly between 20 and 50 mm. Estuarine prey items represented 99% of the total food mass. The recent southward expansion of the breeding range of the Little Blue Heron in South America may be a response to climate warming of the Patos Lagoon estuary. Degradation of estuaries in the southwestern Atlantic may also be forcing the birds to breed in areas outside previous geographical range.

No presente trabalho é documentada a expansão da distribuição reprodutiva da garça-azul Egretta caerulea (Linnaeus, 1758) 850 km para o sul das colônias mais austrais previamente conhecidas. Adicionalmente, são apresentadas informações sobre abundância, reprodução e alimentação da espécie no estuário da Lagos dos Patos, região recentemente colonizada no extremo sul do Brasil. As garças-azuis nidificaram em uma colônia multiespecífica localizada em uma mata paludosa às margens do estuário, contendo outras sete espécies de Pelecaniformes, totalizando cerca de 3.000 pares reprodutivos. O período reprodutivo se estendeu de setembro até fins de março, e as maiores abundâncias registradas na colônia e no dormitório foram 53 e 49 indivíduos, respectivamente. Foram encontrados cinco ninhos, construídos sobre árvores Sebastiana brasiliensis (Euphorbiaceae) ou Mimosa bimucronata (Leguminosae), arbustos Daphnopsis racemosa (Thymelaeaceae), ou bambus Bambusa sp. (Poaceae), em alturas entre 1,5 e 4,3 m acima do solo. Quatro ninhos produziram dois filhotes cada, e um foi abandonado. Em uma análise preliminar da dieta, baseada em 13 amostras de alimento regurgitado de cinco filhotes, verificou-se que camarões-rosa Farfantepenaeus paulensis (Perez-Farfante, 1967) corresponderam a 70% das presas consumidas, e os itens alimentares de origem estuarina constituíram 99% da biomassa ingerida. Todos os peixes e a maioria dos camarões consumidos possuíam comprimento total entre 20 e 50 mm. A recente expansão da distribuição reprodutiva da garça-azul em direção ao sul pode ter sido favorecida pelo aquecimento climático observado na região do estuário da Lagoa dos Patos, e influenciado pela degradação dos estuários no Atlântico sudoeste nas últimas décadas, levando as aves a colonizarem áreas fora da sua distribuição habitual.

Abundance, breeding and food of the Little Blue Heron Egretta caerulea (Aves, Ardeidae) in the Patos Lagoon estuary, a recently colonized area in southern Brazil

We document the expansion of the breeding distribution of the Little Blue Heron Egretta caerulea (Linnaeus, 1758) to 850 km beyond its previous southern limit in South America. In addition we present data on abundance, breeding biology and food of the species in the Patos Lagoon estuary, the area which the species recently colonized. The maximum abundance recorded in the breeding colony and in a nocturnal roosting site was 53 and 49 individuals respectively. Nesting occurred from September to March. Birds nested in a mixed breeding colony together with about 3,000 breeding pairs of seven other species of Pelecaniformes, in a swampy forest near the margin of the estuary. Five nests were between 1.5 and 4.3 m from the ground, on the shrub Daphnopsis racemosa (Thymelaeaceae), on the trees Sebastiana brasiliensis (Euphorbiaceae) and Mimosa bimucronata (Leguminosae), or on the bamboo Bambusa sp. (Poaceae). Four nests produced two fledglings each, while one nest was abandoned. Of 13 grouped samples of food regurgitated by five nestlings, Pink Shrimp Farfantepenaeus paulensis (Perez-Farfante, 1967) constituted 70% in mass, while total length of ingested fishes and shrimps varied mostly between 20 and 50 mm. Estuarine prey items represented 99% of the total food mass. The recent southward expansion of the breeding range of the Little Blue Heron in South America may be a response to climate warming of the Patos Lagoon estuary. Degradation of estuaries in the southwestern Atlantic may also be forcing the birds to breed in areas outside previous geographical range.

No presente trabalho é documentada a expansão da distribuição reprodutiva da garça-azul Egretta caerulea (Linnaeus, 1758) 850 km para o sul das colônias mais austrais previamente conhecidas. Adicionalmente, são apresentadas informações sobre abundância, reprodução e alimentação da espécie no estuário da Lagos dos Patos, região recentemente colonizada no extremo sul do Brasil. As garças-azuis nidificaram em uma colônia multiespecífica localizada em uma mata paludosa às margens do estuário, contendo outras sete espécies de Pelecaniformes, totalizando cerca de 3.000 pares reprodutivos. O período reprodutivo se estendeu de setembro até fins de março, e as maiores abundâncias registradas na colônia e no dormitório foram 53 e 49 indivíduos, respectivamente. Foram encontrados cinco ninhos, construídos sobre árvores Sebastiana brasiliensis (Euphorbiaceae) ou Mimosa bimucronata (Leguminosae), arbustos Daphnopsis racemosa (Thymelaeaceae), ou bambus Bambusa sp. (Poaceae), em alturas entre 1,5 e 4,3 m acima do solo. Quatro ninhos produziram dois filhotes cada, e um foi abandonado. Em uma análise preliminar da dieta, baseada em 13 amostras de alimento regurgitado de cinco filhotes, verificou-se que camarões-rosa Farfantepenaeus paulensis (Perez-Farfante, 1967) corresponderam a 70% das presas consumidas, e os itens alimentares de origem estuarina constituíram 99% da biomassa ingerida. Todos os peixes e a maioria dos camarões consumidos possuíam comprimento total entre 20 e 50 mm. A recente expansão da distribuição reprodutiva da garça-azul em direção ao sul pode ter sido favorecida pelo aquecimento climático observado na região do estuário da Lagoa dos Patos, e influenciado pela degradação dos estuários no Atlântico sudoeste nas últimas décadas, levando as aves a colonizarem áreas fora da sua distribuição habitual.

Nidificação colonial de Butorides striata (Linnaeus, 1758) (Ciconiiformes: Ardeidae) em área alagável no município de Porto Esperidião, Mato Grosso

Butorides striata (Striated Heron) breeds during the rainy season in the Neotropics. This species generally breeds solitary or in small groups and, exceptionally, in colonies of 300 to 500 pairs. Here we report nesting site, nest type, egg characteristics, incubation period, nestling period, nest failures, reproductive success and nesting period recorded in Porto Esperidião county, Mato Grosso State, Brazil. Search for the nests started on July 2009 and ended on May 2010 and one hundred and fifteen active nests were found. The first active nest was found in early January 2010 and the last remained active until late April 2010. The nest is a platform of dry and thin twigs measuring around 20-30cm each. The incubation time was of 24.88 days (max=27, min=24, SD=1.07, n=102), and the fledgling time was of 20.83 days (max=23, min=20, SD=1.16, n=17). Three eggs were found in 60% of nests found (n=102). According to the Mayfield protocol the breeding success was 16.43%.

Nos trópicos a estação reprodutiva de Butorides striata é relatada na estação chuvosa. Nidifica solitário ou em pequenos grupos, e excepcionalmente formam colônias de 300 a 500 casais. O objetivo deste estudo foi relatar os seguintes aspectos da biologia da nidificação de B.striata: sítio de nidificação, tipo de ninho, características de ovos, período de incubação, período de ninhegos, perda de ninhadas, sucesso reprodutivo e época de nidificação, no município de Porto Esperidião, Mato Grosso. A procura por ninhos ocorreu entre julho de 2009 e maio de 2010. O monitoramento dos ninhos ocorreu em intervalos regulares de três dias. Foram encontrados 115 ninhos ativos. O primeiro ninho ativo foi encontrado no dia 04/01/2010 e o último ninho permaneceu em atividade até o dia 21/04/2010. O ninho é uma plataforma de fragmentos vegetais secos (gravetos), pouco espessos, com cerca de 20-30cm de comprimento. O período de incubação durou em média 24,88 dias (máx=27; mín=24; DP=1,07; n=102). O período de ninhegos foi em média 20,83 dias (máx=23, mín=20, DP=1,16, n=17). O tamanho da ninhada em 60% (n=102) dos ninhos foi de três ovos. O sucesso reprodutivo pelo cálculo de Mayfield foi de 16.43%. Noventa e sete ninhos (84.34%, n=115) foram predados.

Nidificação colonial de Butorides striata (Linnaeus, 1758) (Ciconiiformes: Ardeidae) em área alagável no município de Porto Esperidião, Mato Grosso

Butorides striata (Striated Heron) breeds during the rainy season in the Neotropics. This species generally breeds solitary or in small groups and, exceptionally, in colonies of 300 to 500 pairs. Here we report nesting site, nest type, egg characteristics, incubation period, nestling period, nest failures, reproductive success and nesting period recorded in Porto Esperidião county, Mato Grosso State, Brazil. Search for the nests started on July 2009 and ended on May 2010 and one hundred and fifteen active nests were found. The first active nest was found in early January 2010 and the last remained active until late April 2010. The nest is a platform of dry and thin twigs measuring around 20-30cm each. The incubation time was of 24.88 days (max=27, min=24, SD=1.07, n=102), and the fledgling time was of 20.83 days (max=23, min=20, SD=1.16, n=17). Three eggs were found in 60% of nests found (n=102). According to the Mayfield protocol the breeding success was 16.43%.

Nos trópicos a estação reprodutiva de Butorides striata é relatada na estação chuvosa. Nidifica solitário ou em pequenos grupos, e excepcionalmente formam colônias de 300 a 500 casais. O objetivo deste estudo foi relatar os seguintes aspectos da biologia da nidificação de B.striata: sítio de nidificação, tipo de ninho, características de ovos, período de incubação, período de ninhegos, perda de ninhadas, sucesso reprodutivo e época de nidificação, no município de Porto Esperidião, Mato Grosso. A procura por ninhos ocorreu entre julho de 2009 e maio de 2010. O monitoramento dos ninhos ocorreu em intervalos regulares de três dias. Foram encontrados 115 ninhos ativos. O primeiro ninho ativo foi encontrado no dia 04/01/2010 e o último ninho permaneceu em atividade até o dia 21/04/2010. O ninho é uma plataforma de fragmentos vegetais secos (gravetos), pouco espessos, com cerca de 20-30cm de comprimento. O período de incubação durou em média 24,88 dias (máx=27; mín=24; DP=1,07; n=102). O período de ninhegos foi em média 20,83 dias (máx=23, mín=20, DP=1,16, n=17). O tamanho da ninhada em 60% (n=102) dos ninhos foi de três ovos. O sucesso reprodutivo pelo cálculo de Mayfield foi de 16.43%. Noventa e sete ninhos (84.34%, n=115) foram predados.

Breeding biology and reproductive success of Polystictus superciliaris (Aves: Tyrannidae), an uncommon tyrant-flycatcher endemic to the highlands of eastern Brazil

Polystictus superciliaris (Wied, 1831) is a small tyrant-flycatcher endemic to mountaintops in the highlands of eastern Brazil. In this paper we present the first description of the breeding biology of P. superciliaris and estimate its reproductive success from a population inhabiting rocky outcrops. This study was conducted during 2005 in the Parque Estadual da Serra do Rola Moça, municipality of Nova Lima (20°03'S, 44°00'W), state of Minas Gerais, southeastern Brazil. Fourteen pairs of P. superciliaris were banded and monitored. The onset of the breeding season in 2005 was assumed to have been sometime before the 26th of July, while it was assumed to have ended on the 23rd of November based on the last observation of a successful brood. Clutch size was invariably two eggs (N = 21), the incubation period averaged 17.7 ± 1.3 days (N = 9), and the nestling period averaged 16.4 ± 1.3 days (N = 8). We estimated the probability of reproductive success for P. superciliaris to be 41.3%, during this particular breeding season. Of the 12 (57.1%) unsuccessful nests, eight (66.7%) had eggs and four (33.3%) had nestlings when they failed. In nine (42.8%) of these cases, the nests were lost to predation, two to parasitism by botflies, and one due to abandonment. This study suggests that the reproductive success of P. superciliaris is intermediate compared to the other species of Tyrannidae that have been studied and closer to the lower limit of the 40%-80% range which is characteristic of tyrant _ flycatcher species that breed in temperate regions.

Breeding biology and reproductive success of Polystictus superciliaris (Aves: Tyrannidae), an uncommon tyrant-flycatcher endemic to the highlands of eastern Brazil

Polystictus superciliaris (Wied, 1831) is a small tyrant-flycatcher endemic to mountaintops in the highlands of eastern Brazil. In this paper we present the first description of the breeding biology of P. superciliaris and estimate its reproductive success from a population inhabiting rocky outcrops. This study was conducted during 2005 in the Parque Estadual da Serra do Rola Moça, municipality of Nova Lima (20°03'S, 44°00'W), state of Minas Gerais, southeastern Brazil. Fourteen pairs of P. superciliaris were banded and monitored. The onset of the breeding season in 2005 was assumed to have been sometime before the 26th of July, while it was assumed to have ended on the 23rd of November based on the last observation of a successful brood. Clutch size was invariably two eggs (N = 21), the incubation period averaged 17.7 ± 1.3 days (N = 9), and the nestling period averaged 16.4 ± 1.3 days (N = 8). We estimated the probability of reproductive success for P. superciliaris to be 41.3%, during this particular breeding season. Of the 12 (57.1%) unsuccessful nests, eight (66.7%) had eggs and four (33.3%) had nestlings when they failed. In nine (42.8%) of these cases, the nests were lost to predation, two to parasitism by botflies, and one due to abandonment. This study suggests that the reproductive success of P. superciliaris is intermediate compared to the other species of Tyrannidae that have been studied and closer to the lower limit of the 40%-80% range which is characteristic of tyrant _ flycatcher species that breed in temperate regions.

Breeding biology and reproductive success of Polystictus superciliaris (Aves: Tyrannidae), an uncommon tyrant-flycatcher endemic to the highlands of eastern Brazil

Polystictus superciliaris (Wied, 1831) is a small tyrant-flycatcher endemic to mountaintops in the highlands of eastern Brazil. In this paper we present the first description of the breeding biology of P. superciliaris and estimate its reproductive success from a population inhabiting rocky outcrops. This study was conducted during 2005 in the Parque Estadual da Serra do Rola Moça, municipality of Nova Lima (20°03'S, 44°00'W), state of Minas Gerais, southeastern Brazil. Fourteen pairs of P. superciliaris were banded and monitored. The onset of the breeding season in 2005 was assumed to have been sometime before the 26th of July, while it was assumed to have ended on the 23rd of November based on the last observation of a successful brood. Clutch size was invariably two eggs (N = 21), the incubation period averaged 17.7 ± 1.3 days (N = 9), and the nestling period averaged 16.4 ± 1.3 days (N = 8). We estimated the probability of reproductive success for P. superciliaris to be 41.3%, during this particular breeding season. Of the 12 (57.1%) unsuccessful nests, eight (66.7%) had eggs and four (33.3%) had nestlings when they failed. In nine (42.8%) of these cases, the nests were lost to predation, two to parasitism by botflies, and one due to abandonment. This study suggests that the reproductive success of P. superciliaris is intermediate compared to the other species of Tyrannidae that have been studied and closer to the lower limit of the 40%-80% range which is characteristic of tyrant _ flycatcher species that breed in temperate regions.

SUPPLEMENTATION PLANS FOR DEVELOPMENT OF NELLORE HEIFERS, EFFECTS OF CREEP-FEEDING ON THE LACTATING DAM AND DIETARY STRATEGIES FOR NELLORE COWS IN THE LAST THIRD OF GESTATION

A reprodução é o componente econômico individual de maior importância em sistemas de produção de carne bovina e a baixa taxa de desfrute observada no rebanho brasileiro reflete a baixa taxa de fertilidade de vacas e a elevada idade à puberdade das novilhas de reposição. Com o intuito de fornecer mais informações sobre estratégias nutricionais para desenvolver novilhas e melhorar o desempenho de matrizes, dois estudos foram realizados e são aqui apresentados na forma de três artigos. Cinquenta novilhas Nelore com 131,8 ± 9,9 kg de peso corporal (PC) médio e 138 ±19 dias de idade foram suplementadas dos 4 aos 14 meses para avaliar os efeitos de alto (A) e baixo (B) níveis de suplementação durante as fases de amamentação e recria sobre o desempenho e as respostas endócrina, metabólica e reprodutiva. Os animais foram distribuídos em cinco planos de suplementação: AA as novilhas receberam suplemento na quantidade de 6 g/kg do PC durante a amamentação e recria; AB as novilhas receberam 6 g/kg do PC na fase de amamentação e 3 g/kg do PC durante a recria; BA as novilhas receberam 3 g/kg do PC durante a amamentação e 6 g/kg do PC durante a recria; BB as novilhas receberam 3 g/kg do PC durante a amamentação e recria; e CC controle, nenhum suplemento foi oferecido, apenas sal mineral. Interação entre os níveis fornecidos na amamentação e recria não foram significativos para nenhuma das variáveis de desempenho avaliadas (P > 0,10). O nível de suplementação oferecido durante a amamentação não apresentou efeito sobre as variáveis de desempenho avaliadas posteriormente, na fase de recria (P > 0,10). Houve efeito significativo da suplementação e do nível de suplementação na recria sobre o ganho médio diário (GMD) na recria e PC final (P < 0,05). O GMD total foi também afetado apenas pela suplementação e nível de suplementação utilizado na recria (P < 0,05), animais que receberam 6 g/kg do PC após o desmame tiveram maior GMD total. O diâmetro folicular foi também maior para os animais que receberam 6 g/kg do PC na recria (P < 0,05). Na fase de amamentação, houve uma tendência para maiores níveis de hormônio do crescimento (GH) nas novilhas que receberam 6 g/kg do PC (P < 0,10), e na recria os níveis de GH foram menores para as novilhas suplementadas (P < 0,05). Não houve diferença entre os tratamentos com relação aos níveis de insulina durante a amamentação (P > 0,10), entretanto, os níveis de insulina foram afetados pelo nível de x suplementação utilizado na recria (P < 0,05). A maioria dos metabólitos não foi afetada pelo nível de suplementação utilizado durante a amamentação (P > 0,10). Não houve diferença nos níveis de colesterol total, HDL e LDL entre os tratamentos durante a amamentação (P > 0,10). Todos os metabólitos relacionados com o metabolismo da gordura reduziram na recria em relação à fase de amamentação, mas apenas o LDL diferiu significativamente entre os tratamentos (P < 0,05). Houve um efeito positivo do nível de suplementação sobre a concentração de proteína total no soro durante a recria (P < 0,05). A suplementação também aumentou os níveis de albumina na recria (P < 0,05) e, entre os animais suplementados, animais que receberam alta quantidade de suplemento durante a recria apresentaram níveis mais elevados de albumina (P < 0,05). Mas não houve diferença significativa nas concentrações de globulinas (P > 0,10). Em resumo, o desempenho e variáveis endócrina, metabólica e reprodutiva foram incrementados pelo nível de suplementação fornecido na recria, novilhas que receberam suplemento na quantidade de 6 g/kg do PC na recria apresentaram melhores respostas de forma independente do nível recebido anteriormente, durante a amamentação. Os mesmos cinquenta pares vaca-bezerra utilizados no estudo descrito no primeiro artigo foram também utilizados para avaliar os efeitos de alto e baixo níveis de suplementação para bezerras Nelore sobre o desempenho, a produção de leite e o perfil metabólico de suas mães apresentado no segundo artigo. Os mesmos tratamentos avaliados durante a fase de amamentação do artigo anterior foram também aqui avaliados: 0 - controle, nenhum suplemento foi fornecido às bezerras; 3 as bezerras receberam suplemento em quantidade de 3 g/kg do PC; 6 - as bezerras receberam suplemento em quantidade de 6 g/kg do PC. Não houve efeito significativo do nível de suplementação fornecido à prole sobre o PC, escore de condição corporal e espessura de gordura subcutânea da vaca ao desmame (P > 0,10). O nível de suplementação das bezerras não afetou significativamente a produção de leite corrigida para 4% de gordura (P > 0,10). Os teores de gordura, proteína, lactose e sólidos totais do leite também não diferiram entre os níveis de suplementação (P > 0,10). O nível de suplemento fornecido à prole não influenciou os teores de glicose, colesterol total, HDL, LDL, triglicerídeos, proteínas totais, albumina e globulinas (P > 0,10). Em conclusão, a suplementação de bezerras lactentes nas quantidades de 3 ou 6 g/kg do PC diariamente não afeta o desempenho da matriz lactante. No segundo estudo, apresentado no terceiro artigo, foram realizados dois experimentos com o objetivo de avaliar os efeitos de estratégias de fornecimento de suplemento para vacas de corte no terço final da gestação. No Experimento 1, delineado para avaliar o desempenho e as respostas reprodutivas, 35 vacas Nelore gestantes xi foram distribuídas em delineamento experimental inteiramente casualizado com quatro tratamentos: controle - os animais receberam apenas sal mineral durante todo o experimento; 30d os animais receberam suplementação durante os últimos 30 dias de gestação na quantidade de 3.0 kg/d; 60d os animais receberam suplementação durante os últimos 60 dias de gestação na quantidade de 1.5 kg/d e; 90d os animais receberam suplementação durante os últimos 90 dias de gestação na quantidade de 1.0 kg/d. Todos os tratamentos suplementados receberam a mesma quantidade total de suplemento ao longo do experimento (90 kg; 20% de proteína bruta). O Experimento 2 do terceiro artigo foi delineado com o objetivo de avaliar os efeitos das quantidades que foram diariamente fornecidas para as vacas do Experimento 1 sobre o consumo e metabolismo. Para tanto, quatro vacas Nelore multíparas e gestantes foram utilizadas em delineamento quadrado latino 4 × 4, com 4 períodos experimentais de 15 dias cada. Houve efeito linear de estratégia de suplementação sobre o PC ao parto (P < 0,05) e efeito quadrático sobre a variação de peso pós-parto (P < 0,05), vacas na estratégia 60d perderam menos peso do parto até os 31 dias pós-parto. Nenhuma diferença significativa foi encontrada no PC da prole ao nascimento (P > 0,10). Houve uma tendência quadrática sobre a taxa de gestação na primeira inseminação artificial em tempo fixo (IATF; P < 0,10), mais vacas da estratégia 60d conceberam na primeira IATF, embora nenhuma diferença estatística nas taxas de gestação total tenha sido observada (P > 0,10). O nível de suplementação utilizado não afetou o consumo de forragem ou a digestibilidade da fibra em detergente neutro (P > 0,10). A excreção de N através da urina tendeu a aumentar linearmente com o nível de suplementação (P < 0,10). Conclui-se, portanto, que o fornecimento de 1,5 kg de suplemento durante os últimos 60 dias de gestação melhora o desempenho reprodutivo de vacas de corte na estação de monta subsequente sem nenhum efeito negativo sobre o consumo de forragem.

Reproduction is the single most important economic component in any beef production system and the low offtake rate observed in the Brazilian herd reflects the low fertility rate of cows and the late age at puberty of replacement heifers. In order to provide more information about nutritional strategies to better develop Nellore heifers and to improve dams performance, two studies were conducted and the results are here presented in three papers. In the first paper, fifty Nellore heifers with 131.8 ± 9.9 kg average body weight (BW) and 138 ± 19 d of age were supplemented from 4 to 14 months to evaluate the effects of high (H) and low (L) supplementation levels pre and post-weaning on performance, endocrine, metabolic and reproductive responses of heifers. Heifers were distributed in five supplementation plans: HH animals received 6 g/kg of BW pre and post-weaning; HL animals received 6 g/kg of BW of supplement pre-weaning and 3 g/kg of BW post-weaning; LH animals received 3 g/kg of BW pre-weaning and 6 g/kg of BW post-weaning; LL animals received 3 g/kg of BW pre and post-weaning; and CC control, no supplement was fed. Interactions between level fed pre and post-weaning were not significant for any performance variables evaluated (P > 0.10). Level of supplement fed pre-weaning did not affect any of the performance variables evaluated at the end of the experiment (P > 0.10). There was a significant effect of supplementation and level of supplementation offered post-weaning on average daily gain (ADG) in the post-weaning phase and final BW (P < 0.05). Overall ADG was also affected only by supplementation and level of supplement fed post-weaning (P < 0.05) with animals receiving 6 g/kg of BW post-weaning gaining more. Follicular diameter was greater for animals receiving 6 g/kg of BW post-weaning (P < 0.05). Growth hormone tended to be higher for heifers receiving 6 g/kg of BW pre-weaning (P < 0.10) and in the post-weaning phase, growth hormone was lower for heifers receiving supplementation (P < 0.05). No difference in insulin levels was observed in the pre-weaning phase (P > 0.10) and insulin levels post-weaning were affected only by level of supplementation offered in that phase (P < 0.05). Most metabolites were not affected by pre-weaning treatment (P > 0.10). There was no difference in total cholesterol, HDL and LDL levels among treatments pre-weaning (P > 0.10). All metabolites related to fat metabolism reduced after weaning but only LDL was significantly different among treatments (P < 0.05). There was a positive effect of level of vii supplementation post-weaning on serum total protein concentration (P < 0.05). Supplementation increased albumin levels (P < 0.05) and animals receiving high amount of supplement had higher albumin levels as well (P < 0.05). There was no significant difference in globulins concentrations (P > 0.10). In summary, performance, endocrine, metabolic and reproductive variables evaluated were improved by level of supplement fed post-weaning, with heifers receiving 6 g/kg of BW having greater responses, independently of level received pre-weaning. The same fifty pairs used in the study described for the previous paper were used in the second paper to evaluate the effects of high and low supplementation levels for Nellore heifer calves on performance, milk production and metabolic prolife of their dams. The same treatments evaluated during the pre-weaning phase of the previous paper were also here evaluated: 0 control, no supplement was fed to calves; 3 - calves received supplement in the amount of 3 g/kg of BW; 6 - calves received supplement in the amount of 6 g/kg of BW. There was no significant effect level of supplementation offered to offspring on cow BW, BCS and subcutaneous fat thickness (P > 0.10). Level of supplementation of heifer calves did not significantly affect milk production corrected to 4% of fat (P > 0.10). Fat, protein, lactose and total solids of the milk also did not differ among supplementation strategies (P > 0.10). Level of supplement fed to calves had no effect on cows glucose, total cholesterol, HDL, LDL, triglycerides, total protein and albumin levels (P > 0.10). In conclusion, creep-feeding calves in the amounts of 3 or 6 g/kg of BW daily has no major impact on dams performance. In the second study, presented in the third paper, two experiments were conducted aiming to evaluate the effects of supplementation strategies for beef cows on the last third of gestation. In Experiment 1, to evaluate performance and reproductive responses, thirty-five pregnant Nellore cows were assigned to a completely randomized design with 4 treatments: control, which received no supplement; supplementation for the last 30 d of gestation (30d; 3.0 kg/d); supplementation for the last 60 d of gestation (60d; 1.5 kg/d); or supplementation for the last 90 d of gestation (90d; 1.0 kg/d). All supplemented treatments received the same total amount of supplement (20% of crude protein) throughout the experiment, 90 kg. Experiment 2 was delineated aiming to evaluate the effects of the amounts fed for cows in Experiment 1 on intake and metabolism. Four multiparous pregnant Nellore cows were assigned to a 4 × 4 Latin square design, with 4 experimental periods of 15 d each. There was a linear effect of days of supplementation on calving body weight (BW; P < 0.05) and a quadratic effect on BW change from parturition to d 31 post-calving (P < 0.05), with cows on the 60d strategy loosing less BW. No difference viii was found in offspring birth BW (P > 0.10). The 60d strategy tended to have higher pregnancy rate in the first fixed time artificial insemination (FTAI; P < 0.10), but there was no difference in the overall pregnancy rates (P > 0.10). Level of supplementation did not affect forage intake or neutral detergent fiber digestibility (P > 0.10). Nitrogen excreted through urine tended to increase linearly with level of supplementation (P < 0.10). We conclude that providing 1.5 kg of supplement during the last 60 d of gestation improves cow reproductive performance in the following breeding season with no negative effect on forage intake.

Identificação de marcadores moleculares relacionados à severidade de sintomas da ferrugem marrom em painel associativo de cana-de-açúcar (Saccharum spp.)

Associações entre marcadores moleculares e caracteres agronômicos importantes constituem uma ferramenta valiosa em programas de melhoramento, uma vez que podem identificar indivíduos superiores, ainda em fases juvenis, e, consequentemente, acelerar o processo de desenvolvimento de cultivares. Neste contexto, este trabalho teve por finalidade estabelecer associações entre marcadores moleculares (AFLP e SSR) e resistência e/ou suscetibilidade à ferrugem marrom (Puccinia melanocephala) da cana-de-açúcar, por meio da abordagem de mapeamento associativo. Os dados fenotípicos foram obtidos de experimentos conduzidos em Ribeirão Preto, durante março de 2010 e janeiro de 2012, em delineamento de blocos casualizados completos, DBC, com três repetições. Oitenta e três genótipos de cana-de-açúcar, incluindo cultivares comerciais e clones IAC, foram avaliados quanto a resistência à ferrugem marrom, sob condições de infecção natural. As plantas foram fenotipadas aos 10 meses após o plantio e 7 meses após o primeiro corte. A maioria dos genótipos avaliados (>71%) apresentou reação de resistência à ferrugem marrom; sendo o ciclo de cana-planta mais suscetível ao ataque do fungo do que a soqueira. A resistência à ferrugem marrom apresentou elevada herdabilidade, superior a 0,7. O painel associativo foi caracterizado com 79 pares de primer SSR e 20 combinações de AFLP, os quais detectaram 1015 marcas polimórficas. Os marcadores SCC60.8, SCA31.3, M56/E35 e M56/E37 foram correlacionados à suscetibilidade, enquanto SCB14.9 e M56/E33, ligados à resistência à ferrugem marrom. O efeito individual das marcas oscilou entre -0.37 (R2 = 0.05) e 0.24 (R2 = 0.08). Os marcadores moleculares associados à severidade à ferrugem marrom serão validados, visando explorá-los dentro do programa de melhoramento genético para identificar materiais resistentes ou mesmo eliminar alelos desfavoráveis, e, assim, acelerar os ganhos genéticos

Associations between markers and agriculturally important traits are a valuable tool for breeding programs, since they can identify superior individuals still in the initial developmental stages, and thus accelerate the cultivars development. In this context, the work aimed to establish associations between molecular markers (AFLP and SSR) and resistance and/or susceptibility to brown rust (Puccinia melanocephala) in sugarcane, using association mapping approach. The phenotypic data were obtained from field trials in Ribeirão Preto, during March 2010 and January 2012 in a randomized complete block design, DBC, with three replications. Eighty-three sugarcane genotypes, including commercial cultivars and IAC clones, were evaluated for resistance to brown rust under natural infection. The plants were phenotyped at 10 months after planting and 7 months after the first cut. Most of the evaluated genotypes (>71%) presented rust resistance reaction, with the plant cane crop cycle more susceptible to the fungus attack than the rattoon cane. Brown rust resistance showed high heritability, greater than 0,7. The whole panel was genotyped with 79 SSR primer pairs and 20 AFLP primer combinations, resulting in 1015 polymorphic markers. Markers SCC60.8, SCA31.3, M56/E35 and M56/E37 were correlated with susceptibility, while SCB14.9 and M56/E33 were associated to brown rust resistance. The individual marker effect ranged from -0.37 (R2 = 0.05) to 0.24 (R2 = 0.08). The molecular markers associated with the severity of brown rust should be validated, to be exploited in the breeding program to identify resistant materials or even eliminate unfavorable alleles, and thus accelerate the genetic gain