Muestra de saliva para diagnóstico de SARS-CoV-2 por RT-qPCR en población ambulatoria / Saliva sample for the diagnosis of SARS-CoV-2 by RT-qPCR in an outpatient population

En El Salvador a la fecha, la técnica utilizada por el sistema nacional de salud para la obtención de la muestra para realizar PCR para SARS-CoV-2 es hisopado nasofaríngeo, diferentes investigadores han descrito la muestra de saliva como una muestra biológica útil para la detección de SARS-Cov-2, por esta razón se observa la oportunidad de aplicarla como una alternativa disponible para el diagnóstico de esta enfermedad. Evaluar la autotoma de muestra de saliva y secreción nasofaríngea por pacientes no hospitalizados como una alternativa de menor riesgo biológico y de menor costo que los hisopados nasofaríngeos convencionales. Se procesaron las muestras de una mezcla de saliva y secreción faríngea obtenida por carraspeo autotomada por el paciente; la amplificación se realizó por RT-qPCR de los genes E y RdRp. Las muestras positivas se reevaluaron desde su extracción para confirmar la estabilidad de material genético de SARS-CoV-2 en la saliva y secreción nasofaríngea. Resultados. El promedio de resultados positivos fue de 7,05 por cada 100 pruebas COVID-19 realizadas con hisopado, este resultado es similar al 8 % de positividad durante el mismo período de estudio utilizando como muestra saliva y secreción faríngea autotomada por el paciente. Las ocho muestras positivas mantuvieron su reactividad para los genes E y RdRp al primer, tercer y quinto mes posdiagnóstico inicial para los dos protocolos utilizados. De igual forma, los eluidos de ARN positivos iniciales se mantuvieron positivos al primer, tercer y quinto mes. Conclusión. La muestra de saliva y secreción faríngea y su utilización para el diagnóstico de infección por SARSCoV-2 podría ser una alternativa de bajo costo, no invasiva, al menos de igual utilidad que el hisopado nasofaríngeo para el estudio de población sintomática ambulatoria o con exposición a nivel comunitario

In El Salvador to date, the technique used by the national health system to obtain the sample to perform PCR for SARS-CoV-2 is nasopharyngeal swab, different researchers have described the saliva sample as a useful biological sample for the detection of SARS-Cov-2, for this reason the opportunity to apply it as an available alternative for the diagnosis of this disease is observed. To evaluate self-sampling of saliva and nasopharyngeal secretion by non-hospitalized patients as an alternative with lower biological risk and lower cost than conventional nasopharyngeal swabs. Samples of a mixture of saliva and pharyngeal secretion obtained by clearing the patient's throat were processed; amplification was carried out by RT-qPCR of the E and RdRp genes. Positive samples were re-evaluated from extraction to confirm the stability of SARS-CoV-2 genetic material in saliva and nasopharyngeal secretion. Results. The average of positive results was 7.05 per 100 COVID-19 tests performed with swabs, this result is similar to the 8% positivity during the same study period using saliva and pharyngeal secretion self-collected by the patient as a sample. The eight positive samples maintained their reactivity for the E and RdRp genes at the first, third and fifth month after initial diagnosis for the two protocols used. Similarly, the initial positive RNA eluates remained positive at the first, third, and fifth months. Conclution. The sample of saliva and pharyngeal secretion and its use for the diagnosis of infection by SARSCoV-2 could be a low-cost, non-invasive alternative, at least as useful as the nasopharyngeal swab for the study of the outpatient symptomatic population or those with exposure to community level

Primeras seis secuencias del genoma completo de SARS-CoV-2 por NGS en El Salvador / First six sequences of the complete SARS-CoV-2 genome by NGS in El Salvador

En este trabajo se describen las primeras secuencias completas del genoma de SARS-CoV-2 a partir de muestras de pacientes salvadoreños. Objetivo. Reportar las primeras secuencias completas del genoma del SARS-CoV-2 de casos procedentes de El Salvador. Metodología. Se realizó una secuenciación masiva en la plataforma MiniSeq Illumina a partir de muestras de secreción nasofaríngea. Resultados. El análisis filogenético determinó que estas muestras pertenecen al clado 20C secundario de 20A que tiene en común la variante de la mutación D614G de la glicoproteína espícula. La mutación S: D614G fue encontrada en las seis secuencias de SARS-CoV-2. En la plataforma GISAID, las secuencias mostraron pertenecer al clado GH linaje pangolín B.1.2 y B.1.370; ambos linajes están presentes en Estados Unidos. Conclusión. El análisis filogenético evidenció que estas seis muestras pertenecen al clado 20C, clado secundario de 20A, que tiene en común la variante de la mutación D614G de la glicoproteína espícula

This work describes the first complete sequences of the SARS-CoV-2 genome from samples of Salvadoran patients. Objective. Report the first complete sequences of the SARS-CoV-2 genome from cases from El Salvador. Methodology. Massive sequencing was performed on the MiniSeq Illumina platform from samples of nasopharyngeal secretion. Results. Phylogenetic analysis determined that these samples belong to the secondary 20C clade of 20A which has in common the variant of the spike glycoprotein D614G mutation. The S: D614G mutation was found in all six SARS-CoV-2 sequences. In the GISAID platform, the sequences were shown to belong to the clade GH pangolin lineage B.1.2 and B.1.370; both lineages are present in the United States. Conclusion. Phylogenetic analysis showed that these six samples belong to clade 20C, a secondary clade of 20A, which has in common the variant of the spike glycoprotein D614G mutation

Análisis de la mutación D614G en secuencia del genoma completo de SARS-CoV-2 en El Salvador / Analysis of the D614G mutation in the sequence of the complete SARS-CoV-2 genome in El Salvador

El 18 de marzo se reporta el primer caso de infección por SARS- CoV-2 confirmado en El Salvador y durante el mes de octubre de 2020 se logra secuenciar el genoma de SARS-CoV-2 a partir de muestras obtenidas en el país. Objetivo. Analizar in silico las mutaciones detectadas en las secuencias aisladas en El Salvador. Metodología. Se utilizó la plataforma SOPHiA-DDM-V5.7.10., para la determinación de las variantes por mutaciones con sentido erróneo. Se utilizó la plataforma Nexclade beta v0.8.1.; se visualizó y comparó la proteína S silvestre (D614: PDB ID: 6VXX) y de la variante mutada (D614G: PDB ID: 6XS6). Para el modelamiento y generación de imágenes de los detalles moleculares de las proteínas se utilizó Pymol-v1.7.2.3. Resultados. Los cristales de la proteína S silvestre y mutada muestra diferencias a nivel molecular, incluyendo la pérdida de interacciones entre el residuo G614 del dominio S1 y la treonina 859 de dominio S2, favoreciendo de esta manera la conformación abierta de la proteína S, la cual es necesaria para la interacción de S con el receptor ACE2. Conclusión. Los hallazgos confirman el predominio de la variante D614G en este grupo de secuencias, lo cual probablemente favorece su transmisibilidad, que puede explicarse por la configuración de los sitios de unión con receptor ACE2. El predominio mundial de la D614G y las evidencias de laboratorio y bioinformáticas publicadas hasta la fecha, apuntan hacia una posible mayor infectividad y transmisibilidad

On March 18, the first confirmed case of SARS-CoV-2 infection was reported in El Salvador and during the month of October 2020, the SARS-CoV-2 genome was sequenced from samples obtained in the country. Objective. To analyze in silico the mutations detected in the sequences isolated in El Salvador. Methodology. The SOPHiA-DDM-V5.7.10. Platform was used for the determination of variants due to missense mutations. The Nexclade beta v0.8.1 platform was used; The wild-type protein S (D614: PDB ID: 6VXX) and the mutated variant (D614G: PDB ID: 6XS6) were visualized and compared. For the modeling and generation of images of the molecular details of the proteins, Pymol-v1.7.2.3 was used. Results. The crystals of wild and mutated protein S show differences at the molecular level, including the loss of interactions between residue G614 of domain S1 and threonine 859 of domain S2, thus favoring the open conformation of protein S, which is necessary for the interaction of S with the ACE2 receptor. Conclusion. The findings confirm the predominance of the D614G variant in this group of sequences, which probably favors its transmissibility, which can be explained by the configuration of the ACE2 receptor binding sites. The worldwide prevalence